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标题: gromacs做表面活性剂在油水界面动力学中控压设置怎么做？ [打印本页]

作者
Author: gaosimeng2001 时间: 2021-1-5 15:56
标题: gromacs做表面活性剂在油水界面动力学中控压设置怎么做？
求助sob老师，我想做表面活性剂在油水界面的动力学，做完能量极小化后，直接跑npt，总是出现油分子和表面活性剂断层的问题，控压的设置用的是pcoupltype = semiisotropic  您的培训教材上写，这个设置需要对compressibility ,ref-p 在xy  ,z两个方向上分别设置第一个问题是两个方向的数值怎么设置？我下面的设置对吗？第二个问题，我加了模拟退火后，表面活性剂跑到了水中一部分，是不是对于这样的界面体系的平衡动力学不适合做模拟退火？
第三个问题，我做完npt有必要做一下nvt吗？

define =-DFLEXIBLE
integrator = md
dt       = 0.002
nsteps    = 8000000
comm-grps  = system
energygrps =
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 15000
nstenergy =15000
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps  = system

pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb    = 1.0
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.0
DispCorr    = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t = 0.2
tc_grps = system
ref_t = 300
;
Pcoupl    = Berendsen
pcoupltype = semiisotropic
tau_p = 0.5
ref_p = 1.01325 1.01325
compressibility = 4.5e-5 0
;
gen_vel  = no
gen_temp = 300
gen_seed = -1

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-5 18:49
为什么要在z方向可压缩系数设为0？垂直于界面就没法控压了。如果初始的z方向尺寸不合理，很容易出现真空区

我不知道你怎么做的退火，先把上面的问题解决了再说其它问题。

没有特殊理由一律不需要做NVT

作者
Author: gaosimeng2001 时间: 2021-1-5 19:47
卢老师，z方向的可压缩系数设置成多少合适呢？也要设置成4.5e-5 吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-16 08:34

gaosimeng2001 发表于 2021-1-5 19:47
卢老师，z方向的可压缩系数设置成多少合适呢？也要设置成4.5e-5 吗？

是

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