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标题: 求助：共价结合的蛋白和配体可以进行分子动力学模拟吗？ [打印本页]

作者
Author: chensy 时间: 2021-1-5 17:54
标题: 求助：共价结合的蛋白和配体可以进行分子动力学模拟吗？
想问一下大家，如果配体和蛋白是共价结合的话，可以进行amber的分子动力学模拟吗？与非键作用的有什么不同吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-5 18:44
显然可以，配体和蛋白质之间多了成键作用项而已

作者
Author: chensy 时间: 2021-1-6 14:05

sobereva 发表于 2021-1-5 18:44
显然可以，配体和蛋白质之间多了成键作用项而已

老师，这个有教程吗。我在网上找了很多，但还是没有找到教程

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-7 00:21

chensy 发表于 2021-1-6 14:05
老师，这个有教程吗。我在网上找了很多，但还是没有找到教程

相当于非标准残基。amber官网上的教程就有模拟非标准残基的例子，举一反三

作者
Author: sia 时间: 2021-10-26 14:35
请问蛋白中与小分子共价相连的氨基酸应该如何处理呢？也当作非标准氨基酸处理，xleap添加缺失原子？感谢

作者
Author: Mengo 时间: 2021-12-10 13:59

sobereva 发表于 2021-1-7 00:21
相当于非标准残基。amber官网上的教程就有模拟非标准残基的例子，举一反三

请问sob老师，如何把共价抑制剂当作非标准残基，是将所连接的亲核残基和共价小分子一起构建成一个非标准残基么？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-12-10 18:34

Mengo 发表于 2021-12-10 13:59
请问sob老师，如何把共价抑制剂当作非标准残基，是将所连接的亲核残基和共价小分子一起构建成一个非标准 ...

整个作为非标准残基，改个名字加进去

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-11 05:01

Mengo 发表于 2021-12-10 13:59
请问sob老师，如何把共价抑制剂当作非标准残基，是将所连接的亲核残基和共价小分子一起构建成一个非标准 ...

这是标准做法

作者
Author: Mengo 时间: 2022-8-24 22:07

sobereva 发表于 2021-1-7 00:21
相当于非标准残基。amber官网上的教程就有模拟非标准残基的例子，举一反三

请问sob老师，进行动力学之后，有什么好的方法可以计算结合能么？感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-25 09:13

Mengo 发表于 2022-8-24 22:07
请问sob老师，进行动力学之后，有什么好的方法可以计算结合能么？感谢！

如果你是指蛋白质-配体的，MMPBSA、MMGBSA、TI/FEP

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-8-25 14:07

Mengo 发表于 2022-8-24 22:07
请问sob老师，进行动力学之后，有什么好的方法可以计算结合能么？感谢！

方法多的很，主要3类

1.基于普通的平衡动力学轨迹的，包括MM-PBSA和MM-GBSA，这两个区别就是计算溶解自由能静电项的方法，PB原理上更准一下但是慢很多。这类方法只需要正常跑MD即可，但是精度不好

2.基于集合坐标增强采样的方法，包括SMD，US，Metadynamics，ABF几类，核心思想就是构造一条解离路径，通过外加偏置势/力的方式强制让体系沿设定的反应坐标模型解离，然后通过得到解离自由能面计算结合能。这类方法结果是比较准确的，但是需要设定反应坐标模型，这里面有很多技巧/经验/运气，再就是使用比较复杂，而且是对体系有一定限制，结合口袋较深/需要受体(蛋白)构象做较大变化才能解离等情况无法使用，最后就是需要模拟的时间长度远远大于1类方法，使用增强采样的时候模拟速度也会有一些限制

3.基于炼金术的方法，包括TI和FEP，原理比较接近，通过逐渐打开/关闭体系中部分相互作用的计算来连接两个态(结合和解离)，是现在想准确计算结合自由能的主流方法，设置和数据后处理比较复杂，构造的路径无视化学原理，几乎没什么限制，但是算准需要分较细的窗口，耗时很高

作者
Author: 团团团子zzz 时间: 2023-2-16 22:53

sobereva 发表于 2021-1-5 18:44
显然可以，配体和蛋白质之间多了成键作用项而已

sob老师，请问分子动力学模拟能否模拟共价键的形成呢？就已知药物和蛋白是共价结合的，在蛋白和配体都是free的情况下开始模拟，能形成共价键吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-17 02:51

团团团子zzz 发表于 2023-2-16 22:53
sob老师，请问分子动力学模拟能否模拟共价键的形成呢？就已知药物和蛋白是共价结合的，在蛋白和配体都是f ...

描述模拟过程中出现成键，需要做从头算动力学或者反应力场的动力学。用普通力场模拟必须在模拟之前就人为设定好所有的共价键。

作者
Author: 0A0 时间: 2023-4-18 14:29

sobereva 发表于 2021-12-11 05:01
这是标准做法

请问sob老师，将小分子和小分子所共价连接的氨基酸残基共同作为非标准残基的话，处理时力场参数一般选择amber的还是gaff呢？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2023-4-18 18:30
本帖最后由喵星大佬于 2023-4-18 18:32 编辑

0A0 发表于 2023-4-18 14:29
请问sob老师，将小分子和小分子所共价连接的氨基酸残基共同作为非标准残基的话，处理时力场参数一般选择a ...

成键参数原来氨基酸部分可以继续用amber，后面的小分子部分gaff，原子的非键参数是一样的，电荷自己拟合resp

作者
Author: 0A0 时间: 2023-4-26 16:08

喵星大佬发表于 2023-4-18 18:30
成键参数原来氨基酸部分可以继续用amber，后面的小分子部分gaff，原子的非键参数是一样的，电荷自己拟合r ...

好的，谢谢大佬。我的处理方式是antechamber先用Amber力场，然后parmchk的时候先用对应的amber力场，再用gaff2去获取剩余参数，请问这样可以吗

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2023-4-26 17:44
成键参数可以，电荷的话可以对局部总电荷做约束获取resp电荷

作者
Author: Mengo 时间: 2023-5-25 16:12

sobereva 发表于 2022-8-25 09:13
如果你是指蛋白质-配体的，MMPBSA、MMGBSA、TI/FEP

sob老师，请问如果是通过使用非标准残基进行动力学后，不是只有整个复合物的参数么，这样怎么计算MMPB/GBSA呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-26 04:49

Mengo 发表于 2023-5-25 16:12
sob老师，请问如果是通过使用非标准残基进行动力学后，不是只有整个复合物的参数么，这样怎么计算MMPB/GB ...

有没有标准残基和能不能做MMPBSA/GBSA没有任何直接关系。原理上，只要能做全原子MD，并且涉及的所有原子类型做GB或PB用的参数都有，就能做

作者
Author: Mengo 时间: 2023-6-1 16:22

sobereva 发表于 2023-5-26 04:49
有没有标准残基和能不能做MMPBSA/GBSA没有任何直接关系。原理上，只要能做全原子MD，并且涉及的所有原子 ...

sob老师，我没有太懂，我平常amber用的多一点，这样的话要做哪些参数啊，怎么做抑制剂的参数啊（要包含主链么？），感谢sob老师

作者
Author: 熊猫黑又白 时间: 2023-12-9 11:10

喵星大佬发表于 2023-4-18 18:30
成键参数原来氨基酸部分可以继续用amber，后面的小分子部分gaff，原子的非键参数是一样的，电荷自己拟合r ...

请问老师，如果氨基酸部分用charmm，有机分子部分用cgenff，如何将两部分合并到同一个itp中？

作者
Author: Melody_cxy 时间: 2024-1-3 10:39
请问老师们，把小分子和共价连接的氨基酸残基看做一个整体构建了力场参数之后，氨基酸残基部分怎么和蛋白骨架连接呢？

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