计算化学公社

标题: 将小分子插入指定的盒子中，为何小分子的双键没了？ [打印本页]

作者
Author: 黑择明 时间: 2021-1-6 17:47
标题: 将小分子插入指定的盒子中，为何小分子的双键没了？
我从ATB网站上传小分子，得到了优化后的小分子文件（是带有双键的），在GROMACS中输入命令：gmx insert-molecules -ci ZQU8.pdb -nmol 60 -box 10 10 10 -o ZQU8_box.pdb 建立一个带有六十个小分子的10*10*10的盒子，用pymol看小分子的双键就消失了。求问大神，这个问题该怎么解决？

作者
Author: 牧生 时间: 2021-1-6 17:51
我以前也有这个疑问，见

谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-7 00:51
不同可视化程序有不同的判断成键形式的规则，这跟你的MD模拟没关系，不需要管这个

作者
Author: 黑择明 时间: 2021-1-7 15:28

牧生发表于 2021-1-6 17:51
我以前也有这个疑问，见

谈谈原子间是否成键的判断问题

好的，我仔细看看，感谢您的回复！

作者
Author: 黑择明 时间: 2021-1-7 15:29

sobereva 发表于 2021-1-7 00:51
不同可视化程序有不同的判断成键形式的规则，这跟你的MD模拟没关系，不需要管这个

好的，谢谢sob老师的解答！

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