计算化学公社

标题: 计算苯-苯弱相互作用求指导！ [打印本页]

作者
Author: 浤羽 时间: 2015-11-13 21:56
标题: 计算苯-苯弱相互作用求指导！
老师您好！我在用gamess计算并苯分子体系的极化能，从二苯到五苯分子，分别计算其三聚体能量，我选用B3LYP/6-311G*的方法，结果计算的不好，由其是三聚体中性分子的能量，求老师给出建议！

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-11-13 22:00
http://sobereva.com/214

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-14 00:41
苯分子之间根据相对朝向不同，可以是静电主导（比如T型、平行位错）也可以是色散主导（pi-pi堆积）。静电主导时B3LYP勉勉强强还能定性正确，色散主导时B3LYP彻底没法用，结果完全错误，这早已是众所周知的事。必须加D3校正才行。

用什么方法合适在这些文章中有讨论
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214

你用M06-2X-D3/6-311+G**可以得到不错的结果。

作者
Author: 浤羽 时间: 2015-11-14 08:43

sobereva 发表于 2015-11-14 00:41
苯分子之间根据相对朝向不同，可以是静电主导（比如T型、平行位错）也可以是色散主导（pi-pi堆积）。静电主 ...

非常感谢sob老师！sob老师你说的对，在计算三聚体能量时，平行排布结构的三聚体用B3LYP/6-311G*的方法计算的和amoeba计算的结果还比较接近，结果较好，而对于人字形堆积的三聚体结构，这个方法计算结果就不对，尤其是并四苯和并五苯的三聚体能量，错误明显。老师那您推荐的M06-2X-D3/6-311+G**的方法，算我的体系里面可以加弥散吗？我之前用B3LYP/6-311+G的方法算结果不好。。还是b3lyp的关系？

作者
Author: 浤羽 时间: 2015-11-14 08:44

liyuanhe211 发表于 2015-11-13 22:00
http://sobereva.com/214

非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-14 17:22

浤羽发表于 2015-11-14 08:43
非常感谢sob老师！sob老师你说的对，在计算三聚体能量时，平行排布结构的三聚体用B3LYP/6-311G*的方法计 ...

你仔细看了博文就知道了
6-311+G**已经有弥散了啊
B3LYP根本描述不了色散作用，博文已经说了。

作者
Author: 浤羽 时间: 2015-11-15 11:16

sobereva 发表于 2015-11-14 17:22
你仔细看了博文就知道了
6-311+G**已经有弥散了啊
B3LYP根本描述不了色散作用，博文已经说了。

好的老师，我好好看下。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-11-15 15:26

浤羽发表于 2015-11-14 08:43
非常感谢sob老师！sob老师你说的对，在计算三聚体能量时，平行排布结构的三聚体用B3LYP/6-311G*的方法计 ...

6-311+G这是简写了还是就这样，用极化换掉弥散也会好很多吧

作者
Author: feixu381 时间: 2016-1-4 11:21
你好，请教一下：不知道你的体系中含重原子吗？重原子在gamess中6-311g*基组怎么设定的，我的体系含Br和I，EMSL中对Br和I来说没有ECP部分，我的出错总是说输入有误。谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-4 12:58

feixu381 发表于 2016-1-4 11:21
你好，请教一下：不知道你的体系中含重原子吗？重原子在gamess中6-311g*基组怎么设定的，我的体系含Br和I， ...

6-311G*对于第5周期没有定义，对于第四周期有定义并且从EMSL上可以查到，但是GAMESS-US里没有内置，但可以从EMSL上拷来定义用。
6-311G*本身就是全电子基组，没有对应的赝势。

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