计算化学公社

标题: Guassian09怎么使用IPCM溶剂化模型 [打印本页]

作者
Author: 303103263 时间: 2021-1-7 10:21
标题: Guassian09怎么使用IPCM溶剂化模型
最近看了篇文献，想重复他的计算结果，里面的溶剂化用的是IPCM。然后自己定义溶剂化的介电常数和isodensity。
我查看了高斯的帮助文档，说得不是很清楚。

%nprocshared=24
  %chk=1-SMD.chk
#p sp rhf/6-31+g(d,p) scrf(read,IPCM,solvent=generic)

  26255

  -1 1
  B                0.00000000 0.00000000 0.00000000
  F                -0.80631400 -0.80631400 0.80631400
F                0.80631400 0.80631400 0.80631400
F                -0.80631400 0.80631400 -0.80631400
F                0.80631400 -0.80631400 -0.80631400

69 0.001

上面是我自己写的，最后两行定义溶剂参数。我发现似乎溶剂参数并没有被程序读取，无论我怎么修改介电常数，计算出来的BF4的能量都是一样的。有哪位大佬知道，IPCM模型应该怎么定义溶剂么？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-1-7 10:29
自定义溶剂看sob老师这篇博文即可《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》http://sobereva.com/327
另外，sp不用写。原作者总不至于用rhf/6-31+g(d,p)吧。。。除非是十几年前的文章，不然这算出来也没啥意义。

作者
Author: 303103263 时间: 2021-1-7 10:34

zjxitcc 发表于 2021-1-7 10:29
自定义溶剂看sob老师这篇博文即可《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》http://sobereva.co ...

看过sob老师的博文了。里面没有详细说IPCM模型怎么定义介电常数，手册里也说得很简略。
14年的文献了，主要是和实验结果符合得很好，比较有工程意义，准不准的先不在乎了，能重复出来并预测我们的实验结果就好

作者
Author: korone 时间: 2021-1-7 20:53
关键词
scrf=(ipcm,solvent=generic,read)

溶剂参数
EPS= （静态介电常数，高斯手册中查找）
EpsInf= （动态介电常数，折射率的平方）
通常来说这样就可以了

作者
Author: snljty 时间: 2021-1-7 22:39

303103263 发表于 2021-1-7 10:34
看过sob老师的博文了。里面没有详细说IPCM模型怎么定义介电常数，手册里也说得很简略。
14年的文献了， ...

这个说法很奇怪。用HF方法稍有计算常识的审稿人一定会怼回去重算。就算碰巧了对某个体系和实验符合，也不代表对下一个体系就符合。HF会有一系列明显的系统误差，而且经常定性错误。这么小的体系单点能只用2-zeta基组也说不过去。Gaussian默认的是最好的PCM模型IEFPCM，通常没有理由切换成别的PCM模型。这不叫有工程意义。哪些方法适合哪些体系早就有无数的Benchmark，哪怕是哪些方法因为误差抵消通常系统误差较小，也不会是这种方法。如果你看计算的文章，别说14年，04年都不可能有合理的文章用HF算的。94年之后这种情况用HF算其实已经不合适了。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-8 00:39
我拿你的输入文件跑了一下，没发现有问题
(, 下载次数 Times of downloads: 10)

IPCM是一个如今没有任何实用价值的完全过时的溶剂模型。需要迭代更新孔洞，在IPCM下算一个单点等于默认的IEFPCM模型下算N次单点，而且实际结果又不比普通的基于原子球叠加构建孔洞的PCM类溶剂模型更好，所以如今根本没人用，谁用这个谁是异类，会被懂溶剂模型的内行人严重吐槽。后来的SCIPCM比IPCM强得多，耗时大幅降低。

注意正确拼写Gaussian

作者
Author: 303103263 时间: 2021-1-11 17:35

snljty 发表于 2021-1-7 22:39
这个说法很奇怪。用HF方法稍有计算常识的审稿人一定会怼回去重算。就算碰巧了对某个体系和实验符合，也不 ...

受教了，我得考虑考虑这篇文章的实际意义了

作者
Author: 303103263 时间: 2021-1-11 17:39

sobereva 发表于 2021-1-8 00:39
我拿你的输入文件跑了一下，没发现有问题

明白了。由于要计算大量的有机溶剂体系，很多溶剂只能查到静态介电常数，SMD模型要考虑很多其它的参数。这种情况下用PCM模型是否可行？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-12 07:24

303103263 发表于 2021-1-11 17:39
明白了。由于要计算大量的有机溶剂体系，很多溶剂只能查到静态介电常数，SMD模型要考虑很多其它的参数。 ...

看具体情况
非极性部分哪怕考虑得不那么准确，用一个类似体系的参数，往往也比彻底忽视了强
如果被研究的问题本身与非极性部分无关，那就完全没必要刻意用SMD

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