计算化学公社

标题: 求助关于离子液体和苯酚的氢键作用计算 [打印本页]

作者
Author: dengjj 时间: 2021-1-7 20:28
标题: 求助关于离子液体和苯酚的氢键作用计算
各位老师好，我是个小白，最近在研究水中的离子液体和苯酚间氢键作用相关的计算，想请教一下大家，离子液体是BmimTF2N,我想用gaussian计算键长，用rdg等值面图和散点图表现氢键大小，
具体过程如下，1.先画出阴阳离子和苯酚分子，再进行gaussian结构优化和频率计算，关键词是# opt freq b3lyp scrf=(smd,solvent=water) def2tzvp em=gd3bj out=wfn
2.再将优化好的阴阳离子放在一起，优化和频率计算+关键词同1
3.计算苯酚和优化好的离子液体的单点能；关键词M062X em=gd3bj 6-311+g(d,p) scrf=(smd,solvent=water) out=wfn
4.将优化好的苯酚和离子液体放在一起结构优化和频率计算，关键词同1
5计算优化好的复合物的单点能，关键词同3
6计算bsse
7用multiwfn画图
请问大家这个过程有哪些问题呀，刚接触计算化学，太多不懂得，希望大家多多批评

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-1-7 21:03
需要对复合物做一些构型搜索，以确保找到了最稳定的复合物构型。另外最好加一些显式的水分子。
计算方法方面，def2tzvp比6-311+g(d,p)还要大，把这两个基组调换一下还差不多。另外M062X只能用GD3不能用GD3BJ。

作者
Author: dengjj 时间: 2021-1-7 21:24

wzkchem5 发表于 2021-1-7 21:03
需要对复合物做一些构型搜索，以确保找到了最稳定的复合物构型。另外最好加一些显式的水分子。
计算方法方 ...

好的，明白，谢谢您！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-8 00:18
帖子标题里别用那么多叹号，显得吓人。给你去掉了，以后注意

opt freq用6-31+G*足够了
单点建议用ma-TZVP
给def2以ma-方式加弥散函数的Gaussian格式的基组定义文件（含所有def2支持的元素）
http://sobereva.com/509（http://bbs.keinsci.com/thread-14370-1-1.html）

opt freq过程不建议用SMD，而建议用scrf关键词默认的IEFPCM，因为SMD做优化容易因为数值问题难收敛，有虚频。

离子液体+苯酚会有多种结合构型，你自己手摆的最终优化到能量最低构型的几率是较低的。如果你希望结果尽可能有意义、过程尽量严谨，应当做构型搜索，找到最稳定构型，这样RDG分析、结合能才适合说事。构型搜索可以用genmer+molclus，或者xtb跑动力学+molclus轻易实现，参看下文。可以用PM7或者GFN-xTB用于初筛，之后在前述opt freq级别对初筛得到的有希望的结构再进一步refine

使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

作者
Author: dengjj 时间: 2021-1-8 09:03

sobereva 发表于 2021-1-8 00:18
帖子标题里别用那么多叹号，显得吓人。给你去掉了，以后注意

opt freq用6-31+G*足够了

好的，明白，谢谢sob老师的解答

作者
Author: dengjj 时间: 2021-1-8 09:53

sobereva 发表于 2021-1-8 00:18
帖子标题里别用那么多叹号，显得吓人。给你去掉了，以后注意

opt freq用6-31+G*足够了

社长，我还有一个问题，计算单点能的时候溶剂模型可以使用SMD吗，这样优化和能量计算的溶剂模型不一样是否会影响结果？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-1-8 10:59

dengjj 发表于 2021-1-8 09:53
社长，我还有一个问题，计算单点能的时候溶剂模型可以使用SMD吗，这样优化和能量计算的溶剂模型不一样是 ...

这个没什么问题，可以这样用
如果被审稿人质疑，就说SMD算结构优化有数值问题难收敛，IEFPCM算单点不够准

作者
Author: dengjj 时间: 2021-1-8 15:29

wzkchem5 发表于 2021-1-8 10:59
这个没什么问题，可以这样用
如果被审稿人质疑，就说SMD算结构优化有数值问题难收敛，IEFPCM算单点不够 ...

嗯嗯明白了谢谢您

作者
Author: GoldenBaby 时间: 2022-5-27 13:59

sobereva 发表于 2021-1-8 00:18
帖子标题里别用那么多叹号，显得吓人。给你去掉了，以后注意

opt freq用6-31+G*足够了

Sob老师，我最近用xtb跑离子液体的动力学，发现一些小阴离子（比如氯离子）跑的时候会明显远离离子液体阳离子，请问这种情况应该怎么解决呢？好像也不是降低跑动力学温度就能解决的。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-27 16:10

GoldenBaby 发表于 2022-5-27 06:59
Sob老师，我最近用xtb跑离子液体的动力学，发现一些小阴离子（比如氯离子）跑的时候会明显远离离子液体阳 ...

加了溶剂模型了吗？

作者
Author: GoldenBaby 时间: 2022-5-28 01:32

wzkchem5 发表于 2022-5-27 16:10
加了溶剂模型了吗？

加了，用的是GBSA。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-5-28 01:57

GoldenBaby 发表于 2022-5-27 18:32
加了，用的是GBSA。

那是正常的，因为离子液体里面本来离子就不是待在一起的，本来就会电离开。
如果要不让离子跑太远，可以加一个限制势，离子碰到限制势的壁就会反弹回来。但是限制势的空间分布范围必须远大于离子尺寸，因为如果限制得太严了（让离子没办法跑开得比较远），得到的结果是不真实的。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-28 02:09

GoldenBaby 发表于 2022-5-27 13:59
Sob老师，我最近用xtb跑离子液体的动力学，发现一些小阴离子（比如氯离子）跑的时候会明显远离离子液体阳 ...

说明具体细节，结构什么样（给截图），运行的命令行是什么等等
诸如如果你用隐式水溶剂，溶剂会显著稳定化离子，解离了才是正常的

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