计算化学公社

标题: 请教gaussian中关键词volume的使用 [打印本页]

作者
Author: bomsaude 时间: 2015-11-14 01:55
标题: 请教gaussian中关键词volume的使用
本帖最后由 bomsaude 于 2015-11-13 17:58 编辑

在用volume关键词求spherical cavity的半径a0时，为什么同一个输入文件，连续算几次得到的推荐的a0值总是在变化？这些变化是在误差范围内正常波动吗？谢谢！

Box volume = 3552.131 fraction occupied=0.164
Integrated density= 2.5713354603541291D+01 error=-6.2866453964587095D+00
Molar volume =  582.317 bohr**3/mol ( 51.965 cm**3/mol)
Recommended a0 for SCRF calculation =  3.52 angstrom (  6.65 bohr)

Box volume = 3552.131 fraction occupied=0.180
Integrated density= 3.7351186384205803D+01 error= 5.3511863842058034D+00
Molar volume =  640.548 bohr**3/mol ( 57.162 cm**3/mol)
Recommended a0 for SCRF calculation = 3.61 angstrom (  6.83 bohr)

Box volume = 3552.131 fraction occupied=0.187
Integrated density= 1.6890827756730474D+01 error=-1.5109172243269526D+01
Molar volume =  663.841 bohr**3/mol ( 59.240 cm**3/mol)
Recommended a0 for SCRF calculation = 3.65 angstrom (  6.90 bohr)

Box volume = 3552.131 fraction occupied=0.193
Integrated density= 2.2472383789469383D+01 error=-9.5276162105306170D+00
Molar volume =  687.134 bohr**3/mol ( 61.319 cm**3/mol)
Recommended a0 for SCRF calculation =  3.69 angstrom (  6.97 bohr)

Box volume = 3552.131 fraction occupied=0.170
Integrated density= 3.5019231662773066D+01 error= 3.0192316627730662D+00
Molar volume =  605.609 bohr**3/mol ( 54.044 cm**3/mol)
Recommended a0 for SCRF calculation = 3.56 angstrom (  6.72 bohr)

Box volume = 3552.131 fraction occupied=0.157
Integrated density= 7.9823732727014711D+00 error=-2.4017626727298527D+01
Molar volume =  559.024 bohr**3/mol ( 49.887 cm**3/mol)
Recommended a0 for SCRF calculation = 3.48 angstrom (  6.57 bohr)

作者
Author: michaelm 时间: 2015-11-14 03:58
高斯里计算这个用的是蒙特卡罗法，就是随机抽取点计算，根据这个估算体积，所以每次都不一样。默认是20点每单位体积。IOp(6/45=20)。提高到100会靠谱些。
那个a0是把这个体积再当成球体，换算成半径，再加上0.5。所以不要太计较，用来构建溶剂模型足够用了。

作者
Author: bomsaude 时间: 2015-11-14 04:17

michaelm 发表于 2015-11-13 19:58
高斯里计算这个用的是蒙特卡罗法，就是随机抽取点计算，根据这个估算体积，所以每次都不一样。默认是20点 ...

非常感谢您的解释和指点！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-14 05:57
这里有极为详细的讨论
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102

作者
Author: bomsaude 时间: 2015-11-15 16:29

sobereva 发表于 2015-11-13 21:57
这里有极为详细的讨论
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102

非常感谢！

作者
Author: liaorongbao 时间: 2022-1-7 15:11
本帖最后由 liaorongbao 于 2022-1-14 17:59 编辑

michaelm 发表于 2015-11-14 03:58
高斯里计算这个用的是蒙特卡罗法，就是随机抽取点计算，根据这个估算体积，所以每次都不一样。默认是20点 ...

michaelm老师，你说：“a0是把这个体积再当成球体，换算成半径，再加上0.5”。那么针对楼主的第一个单分子体积数据582.317 bohr**3，可得对应的球半径是5.18波尔或者2.74埃。那么再加上0.5埃就是3.24埃。这个数据与3.52埃对不上啊。求解答.

第一组数据粘贴如下：
Box volume = 3552.131 fraction occupied=0.164
Integrated density= 2.5713354603541291D+01 error=-6.2866453964587095D+00
Molar volume = 582.317 bohr**3/mol ( 51.965 cm**3/mol)
Recommended a0 for SCRF calculation = 3.52 angstrom ( 6.65 bohr)

补充1：核对后发现，输出的6.65波尔比计算的5.18波尔多了大约1.478波尔(相当于0.782埃)。同时，输出的3.52埃比计算的2.74埃多出了0.78埃。
还有个相关的帖子：http://bbs.keinsci.com/thread-6216-1-1.html
补充2：Sobereva老师回复了我的求助帖http://bbs.keinsci.com/thread-27437-1-1.html#pid185942后，再做个补充。
Sobereva老师说：“Gaussian输出的Onsager半径计算方式是：(V/pi)**(1/3) + 0.5，其中V是电子密度0.001 a.u.等值面内包围的以埃^3为单位的分子体积”
现给出体积582.317bohr^3和半径6.65 bohr之间的关系
0.945bohr+(582.317/3.1415926535)^(1/3)=6.65bohr。这个追加的0.945bohr相当于0.5埃。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)