计算化学公社

标题: 稀土与氧RE-O配位键成键分析求助 [打印本页]
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-1-8 15:30
标题: 稀土与氧RE-O配位键成键分析求助
老师们好，在阅读了Sob老师的部分博文后，总结出对稀土离子和氧离子成键分析的方法：先用AIM中拓扑分析与IRI作图来共同确定是否成键，再进一步用ALIE的极小值大小对比和PM-Mulliken轨道定域化对成键强度与成键贡献、键极性等进行分析，结构为以水，硝酸根，及一个三齿有机配体为配体的80个原子的体系，Gaussian计算级别为PBE0-D3(BJ)，N O基组为def-TZVP 稀土离子为SDD，不知道以上方法是否合理，想听听老师们的意见。另：是否可以利用ADCH电荷进行原子电荷分析来侧面反映成键强弱？
作者
Author: sobereva    时间: 2021-1-9 04:26
如果你是对整个体系算ALIE，这和成键强度没有直接关系，对配体单独计算的配位的位点处的分子表面ALIE极小点倒有可能和成键强度能找出一定关系。

原子电荷和成键强弱没必然关系，没有前提条件时没法直接通过原子电荷判断键的强弱。顶多是对于类似物，你或许可以拟合一个键的强度与原子电荷的相关性关系。

别忘了用Mayer键级讨论。另外，柔性键力常数也可以拿来讨论
通过柔性力常数考察键的强度
http://sobereva.com/364（http://bbs.keinsci.com/thread-5175-1-1.html）

计算级别没问题。
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-1-9 09:18
sobereva 发表于 2021-1-9 04:26
如果你是对整个体系算ALIE，这和成键强度没有直接关系，对配体单独计算的配位的位点处的分子表面ALIE极小点 ...

谢谢社长！您说的对比配体结合前与配体结合后ALIE极小点是进行定量比较还是定性比较呢？
另：您能给一些用ALIE极小点来判断成键强度的paper来学习一下吗
作者
Author: sobereva    时间: 2021-1-10 02:22
hdhxx123 发表于 2021-1-9 09:18
谢谢社长！您说的对比配体结合前与配体结合后ALIE极小点是进行定量比较还是定性比较呢？
另：您能给一些 ...

对不同的配体，对配体单体（孤立状态下）的ALIE进行对比
也可以用于讨论同一个配体分子不同位点配位的有限级
手头没有相关paper。举个简单例子，为什么CO是用C这边配位而不是氧，从ALIE直接就能得到答案。对配体单体的表面静电势也可以这么讨论

(, 下载次数 Times of downloads: 72)
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-1-10 09:13
sobereva 发表于 2021-1-10 02:22
对不同的配体，对配体单体（孤立状态下）的ALIE进行对比
也可以用于讨论同一个配体分子不同位点配位的有 ...

谢谢社长，另外我在IGM的介绍博文中看到您说“δg 函数在某种程度上与 DORI 有相同的价值，即可以体现出体系中任何类型的相互作用，但是 δg 还可以把强度差异体现出来，而 DORI 不反映这一点。"那么IRI分析是不是可以用δg代替呢？想问下您哪个更合适一点
作者
Author: sobereva    时间: 2021-1-11 02:58
hdhxx123 发表于 2021-1-10 09:13
谢谢社长，另外我在IGM的介绍博文中看到您说“δg 函数在某种程度上与 DORI 有相同的价值，即可以体现出 ...

δg只是能把强度相差很悬殊的作用差异体现出来，但是对于强度相仿佛的作用，不要指望这个函数能真实地反映强度的差异，毕竟其原理相当粗糙，根本都没考虑真实电子结构。
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-1-11 09:00
sobereva 发表于 2021-1-11 02:58
δg只是能把强度相差很悬殊的作用差异体现出来，但是对于强度相仿佛的作用，不要指望这个函数能真实地反 ...

学习了！谢谢社长！
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-1-22 17:11
sobereva 发表于 2021-1-9 04:26
如果你是对整个体系算ALIE，这和成键强度没有直接关系，对配体单独计算的配位的位点处的分子表面ALIE极小点 ...

老师您好，想问一下，稀土配合物体系是否适用于BOD及NAdO分析？
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-1-22 17:16
以及在进行模糊空间分析时您是否有推荐的原子空间划分方式？
作者
Author: sobereva    时间: 2021-1-23 06:38
hdhxx123 发表于 2021-1-22 17:11
老师您好，想问一下，稀土配合物体系是否适用于BOD及NAdO分析？

可以用。就用默认的Becke或者Hirshfeld
用Hirshfeld-I也可以，原理上更好，不过目前版本的Multiwfn没有自带镧系的径向密度文件，需要自行产生。以后版本可能会加上
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-1-23 08:45
sobereva 发表于 2021-1-23 06:38
可以用。就用默认的Becke或者Hirshfeld
用Hirshfeld-I也可以，原理上更好，不过目前版本的Multiwfn没有 ...

谢谢老师，我已经计算了镧系三价离子的wfn文件，级别是PBE0 SDD，不过不知道是需要计算离子的还是原子的
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-1-23 08:50
因为我的体系中镧系都是三价离子形态存在的，在用Hirshfeld时我提供的是上面附件里的三价离子，但是Hirshfeld-I我不知道是需要哪些文件（体系后续有150个原子，也不知道Hirshfeld-I算不算得动）
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-1-23 08:59
另外，对成键部分情况我挑选了中心稀土离子与关注的氧及其完整配位体计算得到NAdO,想问问老师如果我仅对NAdO部分进行 AIM 中拓扑分析、IRI 以及 PM-Mulliken 轨道定域化、Mayer键级等等分析是否具有合理性？
作者
Author: sobereva    时间: 2021-1-23 10:36
hdhxx123 发表于 2021-1-23 08:50
因为我的体系中镧系都是三价离子形态存在的，在用Hirshfeld时我提供的是上面附件里的三价离子，但是Hirshfe ...

Multiwfn手册3.9.13节写明了，其中还专门有一小节Manually generate .rad files说了这事
作者
Author: sobereva    时间: 2021-1-23 10:36
hdhxx123 发表于 2021-1-23 08:59
另外，对成键部分情况我挑选了中心稀土离子与关注的氧及其完整配位体计算得到NAdO,想问问老师如果我仅对NAd ...

合理
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-1-23 11:03
sobereva 发表于 2021-1-23 10:36
合理

老师，我进行了尝试，实际分析时发现进行IRI分析时原先明显的配位作用在用NAdO.wfn进行IRI分析时均变为范德华作用，即存在明显的相互作用强度降低的情况，图形上也无法用原有的色彩刻度轴合理表示，这是否意味着NAdO的选取对RE-O配位键的强度有较大的损失，即意味着当前体系不适合用NAdO进行分析？
作者
Author: sobereva    时间: 2021-1-23 15:15
不可能是范德华作用，顶多是静电作用起主要成分，导致轨道相互作用看起来不明显
NAdO对任何体系都是适用的，这是你解释的问题
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-1-23 19:02
sobereva 发表于 2021-1-23 15:15
不可能是范德华作用，顶多是静电作用起主要成分，导致轨道相互作用看起来不明显
NAdO对任何体系都是适用的 ...

好的，谢谢老师
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-2-1 12:17
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-2-2 10:15 编辑
sobereva 发表于 2021-1-9 04:26
如果你是对整个体系算ALIE，这和成键强度没有直接关系，对配体单独计算的配位的位点处的分子表面ALIE极小点 ...

老师，我尝试了以上的方法，发现Mayer键级无法体现(键级小于0.05)一些明显存在配位作用的键（柔性力常数相对大即键强较大，IRI分析显示存在配位作用，AIM拓扑分析存在BCP与键径），不知道是不是对当前这种强极性体系不适用，想问下老师有没有别的推荐？
作者
Author: sobereva    时间: 2021-2-1 20:41
hdhxx123 发表于 2021-2-1 12:17
老师，我尝试了以上的方法，发现Mayer键级无法体现(键级小于0.05)一些明显存在配位作用的键（柔性力常数 ...

对于强极性键并没什么问题，只不过接近离子键的程度，Mayer键级一般都会很小。Mayer键级本质上体现的是原子间贡献电子对数，近乎离子键的话就没什么贡献电子了。如果你就是要说有没有化学键的话，用IRI，或者Multiwfn中计算原子配位数的功能都可以体现。

Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471（http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html）

• 基于键长的分析
在《谈谈原子间是否成键的判断问题》（http://sobereva.com/414）中笔者谈到了如何基于共价半径、键长的关系十分粗略地判断是否成键，但这种做法完全依赖于阈值，人为任意性太强。在DFT-D3原文中提出了一种计算原子配位数的方法，笔者将之改造成了基于键长和原子共价半径判断原子连接性的函数I，在Multiwfn里可以用主功能100的子功能9直接计算，见手册3.100.9节的介绍。当原子间距离大致等于或小于两个原子的共价半径和的时候，这个函数接近1.0。当键长进一步增加，此函数会逐渐平滑降低，到距离达到共价半径和两倍时，此函数几乎为0。I函数不能作为键级来用，因为不体现单键、双键之类，但很适合用于考察键的存在性、完整性（或者说被破坏的百分比）。由于这种分析只依赖于几何结构，所以xyz、pdb、mol等任何Multiwfn支持的含有坐标信息的文件都可以当输入文件。

作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-2-2 10:15
sobereva 发表于 2021-2-1 20:41
对于强极性键并没什么问题，只不过接近离子键的程度，Mayer键级一般都会很小。Mayer键级本质上体现的是原 ...

谢谢老师，我尝试过用100.9的配位数等方法，但是它们会把N-RE也判断成键，而IRI分析发现N-RE间并无配位作用，两个指标存在冲突，因此不知道靠IRI分析、AIM拓扑分析和柔性力常数分析会不会稍显单薄？想听下您的意见
作者
Author: sobereva    时间: 2021-2-3 05:58
hdhxx123 发表于 2021-2-2 10:15
谢谢老师，我尝试过用100.9的配位数等方法，但是它们会把N-RE也判断成键，而IRI分析发现N-RE间并无配位作 ...

不给个IRI的具体图像，凭空说说不清楚
不显得单薄。另外还可以加上轨道定域化讨论。
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-2-3 10:38
sobereva 发表于 2021-2-3 05:58
不给个IRI的具体图像，凭空说说不清楚
不显得单薄。另外还可以加上轨道定域化讨论。

好的，谢谢老师，做了AIM拓扑分析后发现N-RE间无键径，可以判定两者无明显相互作用
作者
Author: sobereva    时间: 2021-2-4 03:18
hdhxx123 发表于 2021-2-3 10:38
好的，谢谢老师，做了AIM拓扑分析后发现N-RE间无键径，可以判定两者无明显相互作用

如果IRI也没相应的等值面，可以基本这么判定
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-2-4 21:01
sobereva 发表于 2021-2-4 03:18
如果IRI也没相应的等值面，可以基本这么判定

谢谢老师，IRI无等值面而AIM无键径，二者匹配了，这样看来100.9配位数判定与其相悖了，几何因素判断配位数面对复杂电子结构体系还是会存在较大问题
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-3-25 07:26
sobereva 发表于 2021-2-4 03:18
如果IRI也没相应的等值面，可以基本这么判定

老师您好，我想对稀土离子水合物（即配体仅有溶剂分子的体系）分析其反应活性，成键也是以离子键为主，想通过AIM拓扑分析的BCP的CP property分析寻找其中最易离去基团，请问输出的CPprop.txt文件中哪几个量来研究是较为推荐的呢？
作者
Author: sobereva    时间: 2021-3-25 07:55
hdhxx123 发表于 2021-3-25 07:26
老师您好，我想对稀土离子水合物（即配体仅有溶剂分子的体系）分析其反应活性，成键也是以离子键为主，想 ...

如果你已经已知离去能力，电子密度、能量密度、eta指数、|V|/G都可以试试
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-3-25 08:14
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-3-25 08:16 编辑
sobereva 发表于 2021-3-25 07:55
如果你已经已知离去能力，电子密度、能量密度、eta指数、|V|/G都可以试试

老师，我理解为同种配体(即基团)间，可以尝试用这几种指标来比较其离去能力，以对应其反应活性对吗？
作者
Author: sobereva    时间: 2021-3-25 17:26
hdhxx123 发表于 2021-3-25 08:14
老师，我理解为同种配体(即基团)间，可以尝试用这几种指标来比较其离去能力，以对应其反应活性对吗？

不一定都有很好的关系，实测发现哪个关系好就拿哪个说事
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-3-25 19:41
sobereva 发表于 2021-3-25 17:26
不一定都有很好的关系，实测发现哪个关系好就拿哪个说事

了解，谢谢老师
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-3-25 21:26
sobereva 发表于 2021-3-25 17:26
不一定都有很好的关系，实测发现哪个关系好就拿哪个说事

老师，我对体系的离去能力没有一个很好的把握，相对来说只有Mayer键级与中心离子和配位O之间的ADCH原子电荷差可以去侧面体现离去能力（氢键耦合较多，柔性力常数不太方便），不知这样是否合适？
作者
Author: sobereva    时间: 2021-3-26 09:30
hdhxx123 发表于 2021-3-25 21:26
老师，我对体系的离去能力没有一个很好的把握，相对来说只有Mayer键级与中心离子和配位O之间的ADCH原子电 ...

BCP属性也可以讨论，而且比Mayer键级受基组影响小
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-3-28 07:32
sobereva 发表于 2021-3-26 09:30
BCP属性也可以讨论，而且比Mayer键级受基组影响小

谢谢老师，想咨询一下您，如果想要定量得到某个键的离子键（电荷作用）成分比例和共价键（作用）成分比例有什么比较好的方法吗？
作者
Author: sobereva    时间: 2021-3-28 10:26
hdhxx123 发表于 2021-3-28 07:32
谢谢老师，想咨询一下您，如果想要定量得到某个键的离子键（电荷作用）成分比例和共价键（作用）成分比例 ...

用Multiwfn做轨道定域化分析，查看两个原子对描述二者成键的定域化轨道成份贡献的差值，是一种可行的做法
Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比
http://sobereva.com/380（http://bbs.keinsci.com/thread-6053-1-1.html）
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-3-28 10:35
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-3-28 10:38 编辑
sobereva 发表于 2021-3-28 10:26
用Multiwfn做轨道定域化分析，查看两个原子对描述二者成键的定域化轨道成份贡献的差值，是一种可行的做法 ...

谢谢老师，有一个实际问题是，稀土离子成键情况下电子结构比较复杂且成键范围广，PM定域化后的轨道也较为“离域”即一个轨道常常包含了不止一个键，且这些键对轨道总贡献还有点相近，不便于忽略或分开讨论，不知道该如何处理？
作者
Author: sobereva    时间: 2021-3-28 10:47
hdhxx123 发表于 2021-3-28 10:35
谢谢老师，有一个实际问题是，稀土离子成键情况下电子结构比较复杂且成键范围广，PM定域化后的轨道也较为 ...

用NBO看看，如果对应的键的NBO用Multiwfn画出图形形状看着还合理，并且占据数不是偏离整数太严重，拿原子对NBO的贡献来算也可以
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-3-28 15:24
sobereva 发表于 2021-3-28 10:47
用NBO看看，如果对应的键的NBO用Multiwfn画出图形形状看着还合理，并且占据数不是偏离整数太严重，拿原子 ...

好的，谢谢老师
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-3-29 13:25
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-3-29 13:54 编辑
sobereva 发表于 2021-3-28 10:47
用NBO看看，如果对应的键的NBO用Multiwfn画出图形形状看着还合理，并且占据数不是偏离整数太严重，拿原子 ...

老师您好，我想用ZA*ZB/rAB^2的方式来表征键的离子键（电荷作用）强度，拉普拉斯键级表征键的共价强度，Mayer键级表征总强度，(1-拉普拉斯键级/Mayer键级)为离子键成分，Z为原子电荷，rAB为原子空间距离，请问原子电荷的选择是推荐使用RESP还是ADCH呢？以及这样处理是否合理？
作者
Author: sobereva    时间: 2021-3-29 18:06
hdhxx123 发表于 2021-3-29 13:25
老师您好，我想用ZA*ZB/rAB^2的方式来表征键的离子键（电荷作用）强度，拉普拉斯键级表征键的共价强度，M ...

ZA*ZB/rAB^2这种形式太粗糙了，没法用，只有对弱相互作用距离范畴的情况大多适合。如果对静电作用成份关注，可以用GAMESS-US里LMOEDA做能量分解分析
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-3-29 19:36
sobereva 发表于 2021-3-29 18:06
ZA*ZB/rAB^2这种形式太粗糙了，没法用，只有对弱相互作用距离范畴的情况大多适合。如果对静电作用成份关 ...

谢谢老师，但是之前没有用过GAMESS，请问老师有推荐的学习手册吗？
作者
Author: sobereva    时间: 2021-3-30 13:06
hdhxx123 发表于 2021-3-29 19:36
谢谢老师，但是之前没有用过GAMESS，请问老师有推荐的学习手册吗？

手册在官网上直接就能下
本论坛量化版的GAMESS-US分类里有一半的帖子都是讨论能量分解的事的，看看就懂
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-3-30 13:43
sobereva 发表于 2021-3-30 13:06
手册在官网上直接就能下
本论坛量化版的GAMESS-US分类里有一半的帖子都是讨论能量分解的事的，看看就懂

好的，谢谢老师！
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-5-1 07:46
sobereva 发表于 2021-3-29 18:06
ZA*ZB/rAB^2这种形式太粗糙了，没法用，只有对弱相互作用距离范畴的情况大多适合。如果对静电作用成份关 ...

Sob老师，在用Mayer键级研究键强时存在键级与键长背离的情况，即键长第二短的键级最小，请问可能是什么原因呢
作者
Author: sobereva    时间: 2021-5-1 22:44
hdhxx123 发表于 2021-5-1 07:46
Sob老师，在用Mayer键级研究键强时存在键级与键长背离的情况，即键长第二短的键级最小，请问可能是什么原 ...

看具体情况，有不同可能原因。
如果两个键键长、Mayer键级相差甚微，不要过度解释
有时候可能是由于位阻之类作用，导致有的键被迫很近
也有时候可能Mayer键级计算有问题，诸如基组带有一定弥散特征的函数，也可以尝试基于NAO的Wiberg键级
等等，结合实际情况考察
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-5-2 07:14
sobereva 发表于 2021-5-1 22:44
看具体情况，有不同可能原因。
如果两个键键长、Mayer键级相差甚微，不要过度解释
有时候可能是由于位 ...

谢谢老师，请问镧系SDD+N、O defTZVP需要考虑基组存在弥散特征吗？
作者
Author: sobereva    时间: 2021-5-2 18:02
hdhxx123 发表于 2021-5-2 07:14
谢谢老师，请问镧系SDD+N、O defTZVP需要考虑基组存在弥散特征吗？

算不上有明显的弥散特征。拿这个算Mayer键级原理上没问题。

作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-5-12 22:19
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-5-31 21:24 编辑

作者
Author: sobereva    时间: 2021-5-13 07:25
hdhxx123 发表于 2021-5-12 22:19
老师您好，Wiberg十分符合键级趋势，但是我不知道符合键级趋势到底有没有意义，因为键级趋势和结合能趋势 ...

“Wiberg十分符合键级趋势”语义不明。本来Wiberg键级就是一种键级计算方法，什么叫符合键级趋势
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-5-13 09:04
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-5-13 09:11 编辑
sobereva 发表于 2021-5-13 07:25
“Wiberg十分符合键级趋势”语义不明。本来Wiberg键级就是一种键级计算方法，什么叫符合键级趋势

不好意思老师，笔误，是键级与键长的趋势一致即符合键级越大键长越短的规律 ，但是结合能与键长没有明显相关性，是否考察键级或键长的行为对于表征该体系中不同的水是否易离去没有实际意义？
有这样的疑问是因为之前一直认为键级和键长都是在电子密度充分弛豫下的综合效应的体现，考察O-Ce键级或键长应当可以体现该体系中Ce第一配位层中不同的水的离去能力，但基于目前的情况看并不理想，所以想咨询一下老师
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-5-13 09:12
sobereva 发表于 2021-5-13 07:25
“Wiberg十分符合键级趋势”语义不明。本来Wiberg键级就是一种键级计算方法，什么叫符合键级趋势

另：想请问老师，Wiberg键级较Mayer键级更符合键级越大键长越短的规律，其原因可能是什么呢？
作者
Author: sobereva    时间: 2021-5-13 19:13
hdhxx123 发表于 2021-5-13 09:04
不好意思老师，笔误，是键级与键长的趋势一致即符合键级越大键长越短的规律 ，但是结合能与键长没有明显 ...

结合能还牵扯到裂解后电子结构的弛豫造成的能量变化，所以键能/结合能被一些文章认为不是分子体系中内在结合强度的判据

单纯看是否容易离去，最严格的判据是解离对应的自由能变化
作者
Author: sobereva    时间: 2021-5-13 19:14
hdhxx123 发表于 2021-5-13 09:12
另：想请问老师，Wiberg键级较Mayer键级更符合键级越大键长越短的规律，其原因可能是什么呢？

如果Wiberg键级是你用Multiwfn基于对称正交化的基函数算的，这个现象也没有什么必然的、可解释的原因，和体系、基组都有一定关系。本身这两种键级对基组都比较敏感，相当于用了不同的基函数来算，相差是否做对称正交化过程，而对称正交化并没有什么物理意义
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-5-13 19:19
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-5-13 19:23 编辑
sobereva 发表于 2021-5-13 19:13
结合能还牵扯到裂解后电子结构的弛豫造成的能量变化，所以键能/结合能被一些文章认为不是分子体系中内在 ...

老师您的意思是要做freq后看△G是吗？
“结合能还牵扯到裂解后电子结构的弛豫造成的能量变化”是指结合能即用电子能量的方法在定性（排序）体现同一体系同种配体（如都是水时）离去能力时可能会导致不合理结果吗？
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-5-13 19:20
sobereva 发表于 2021-5-13 19:14
如果Wiberg键级是你用Multiwfn基于对称正交化的基函数算的，这个现象也没有什么必然的、可解释的原因，和 ...

学习了，谢谢老师
作者
Author: sobereva    时间: 2021-5-14 08:32
hdhxx123 发表于 2021-5-13 19:19
老师您的意思是要做freq后看△G是吗？
“结合能还牵扯到裂解后电子结构的弛豫造成的能量变化[/backcolor ...

是。溶剂应当考虑溶解自由能

如果都是水的话通常还算可以对比，但不如自由能变化氧
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-5-14 08:43
sobereva 发表于 2021-5-14 08:32
是。溶剂应当考虑溶解自由能

如果都是水的话通常还算可以对比，但不如自由能变化氧

明白了，谢谢老师
作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-5-31 21:32
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-5-31 21:35 编辑

作者
Author: hdhxx123    时间: 2021-6-1 12:21
sobereva 发表于 2021-5-13 19:14
如果Wiberg键级是你用Multiwfn基于对称正交化的基函数算的，这个现象也没有什么必然的、可解释的原因，和 ...

另外，老师我发现在NO3-作为双齿配体时由于O-N-O结构会存在一定的位阻作用，在IRI的cub文件用VMD打开后会由于这种红色的位阻效应而会掩盖N与中心离子之间较弱的相互作用，而如果修改波函数时把Ln3+与这个N单独留下，又不知道是不是一种充分考虑N-Ln作用的方法，会不会存在某些相互作用没有被考虑，如NO3-作为整体与Ln3+之间的成键的pi成分等
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Author: sobereva    时间: 2021-6-1 14:59
hdhxx123 发表于 2021-6-1 12:21
另外，老师我发现在NO3-作为双齿配体时由于O-N-O结构会存在一定的位阻作用，在IRI的cub文件用VMD打开后会 ...

N和Ln不会有什么明显的相互作用，没必要考虑

值得一提的是，可以用Multiwfn对NO3片段和Ln之间做NAdO分析，可以把键级的贡献分解为不同的轨道，这样或许能讨论得更充分。参考下文二茂铁的例子
使用键级密度(BOD)和自然适应性轨道(NAdO)图形化研究化学键
http://sobereva.com/535（http://bbs.keinsci.com/thread-16453-1-1.html）
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Author: hdhxx123    时间: 2021-6-1 15:04
sobereva 发表于 2021-6-1 14:59
N和Ln不会有什么明显的相互作用，没必要考虑

值得一提的是，可以用Multiwfn对NO3片段和Ln之间做NAdO分 ...

谢谢老师，基于上面Wiberg键级的数据我认为N-Ln之间作用应该接近中等强度氢键的作用，想考察一下它们之间的弱相互作用，我尝试一下用NAdO考察轨道相互作用，但是不知道静电作用或者总相互作用应当如何处理
作者
Author: sobereva    时间: 2021-6-1 15:06
hdhxx123 发表于 2021-6-1 15:04
谢谢老师，基于上面Wiberg键级的数据我认为N-Ln之间作用应该接近中等强度氢键的作用，想考察一下它们之间 ...

我不认为会有什么值得讨论的弱相互作用
从原子电荷上来看，不会有什么静电吸引作用；其色散吸引相对于配位作用来说也是微乎其微。没什么可分析的



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