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标题: charmm力场，用x2top生成氧化石墨烯的拓扑文件一直出错，应该怎么解决？ [打印本页]

作者
Author: suzhou 时间: 2021-1-9 11:48
标题: charmm力场，用x2top生成氧化石墨烯的拓扑文件一直出错，应该怎么解决？
各位老师好，我在用x2top工具生成氧化石墨烯的top文件时，报错如下：
atom 611
Can not find forcefield for atom C-8 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom C-12 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom C-14 with 5 bonds
Can not find forcefield for atom C-50 with 5 bonds
Can not find forcefield for atom C-70 with 5 bonds
Can not find forcefield for atom C-94 with 5 bonds
Can not find forcefield for atom C-98 with 5 bonds
Can not find forcefield for atom C-105 with 5 bonds
Can not find forcefield for atom C-123 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom C-132 with 5 bonds

我的n2t文件如下：
C CA 0.00 12.0110 1 C 0.14
C CA 0.00 12.0110 2 C 0.14 C 0.14
C CA 0.00 12.0110 3 C 0.14 C 0.14 C 0.14
C CT 0.00 12.0110 4 C 0.14 C 0.14 C 0.14 C 0.156
C CT 0.196  12.0110 4 C 0.14 C 0.14 C 0.14 O 0.146
C CL 0.7 12.0110 3 C 0.156 O 0.1198  O 0.133
O OH1 0.329  15.9990 2 C 0.146 H 0.9726
O OCL -0.9 15.9990 1 C 0.1988
O OS -0.393 15.9990 2 C 0.139 C 0.138
H H    0.329  1.008    1 O 0.9726

希望各位老师能指点一下。

作者
Author: liuyuje714 时间: 2021-1-9 13:06
如果你加了-pbc选项，那多半是因为模型的边界处盒子大小不对，应该在xy方向恰好保持原子间距0.142 nm恰好成键，z方向则应当适当大，避免程序判断成pbc

作者
Author: suzhou 时间: 2021-1-10 16:06
老师我用的氧化石墨烯分子模型是用网上的在线小工具创建得到的，盒子大小也没有修改过，您说的z方向应适当大，请问有具体的大小吗？

作者
Author: liuyuje714 时间: 2021-1-10 16:24

suzhou 发表于 2021-1-10 16:06
老师我用的氧化石墨烯分子模型是用网上的在线小工具创建得到的，盒子大小也没有修改过，您说的z方向应适当 ...

我大致知道你用的谁的工具创建的。z方向盒子弄大点，直接修改gro最后一行的最后一个数，比如改成1.0就行了

作者
Author: suzhou 时间: 2021-1-10 16:41
老师我修改之后还是出现这种错误：
Can not find forcefield for atom O-646 with 5 bonds
Can not find forcefield for atom O-647 with 9 bonds
Can not find forcefield for atom H-648 with 6 bonds
Can not find forcefield for atom O-650 with 4 bonds
Can not find forcefield for atom O-651 with 5 bonds
Can not find forcefield for atom H-652 with 7 bonds
Can not find forcefield for atom C-653 with 4 bonds

作者
Author: liuyuje714 时间: 2021-1-10 17:01
本帖最后由 liuyuje714 于 2021-1-10 17:21 编辑

suzhou 发表于 2021-1-10 16:41
老师我修改之后还是出现这种错误：
Can not find forcefield for atom O-646 with 5 bonds
Can not find ...

模型不具体，怎样的功能化都没说，还有我先前都问了你是不是用了-pbc选项你也没回答，而且如果是OH和COOH混合的那种体系，用x2top不够精确(显然你的报错已经提醒了你，一个O不可能和9个其他原子相连接，要么初始模型结构有问题，比如几个cooh挨在了一起，自己vmd打开检查；要么边界处盒子大小没设置好；要么是我说的这种混合体系，使得模型整体结构复杂度提升，x2top没办法全部识别正确)。对于你而言，我觉得更改程序判断标准应该不现实(我以前就更改过 x2top这部分的code)，如果你的是这种混合体系且功能化覆盖度高，我建议你直接更改gro部分的原子名(比如区分COOH和-OH的氧)，然后相应更改n2t中的原子名。
我总结的原始x2top不够好的地方:
1.判断成键的误差范围10%太大了
2.比对原子名仅限于第一个字母，这使得匹配精度降低
3.力场函数类型问题。目前它内置的一套标准是如果力场文件选择的是oplsaa.ff，则默认的bonds, angles,dihedrals类型分别是1 1 3，否则就是适用于gromos力场的1 1 1。你这里用的charmm力场可要自己弄清楚它的标准

作者
Author: suzhou 时间: 2021-1-10 17:43
抱歉，老师。我的模型是有OH和COOH混合的体系，我是想把这个模型当做孤立的分子的，选择了-nopbc，非常感谢老师您的回复，我第一次做这种分子的模拟，经验比较少，请老师多多指教。

作者
Author: xiangmohuafeng 时间: 2021-7-4 09:40
楼主要是做好了，可以在这里发一个教程么？

作者
Author: zll 时间: 2021-9-22 14:59
请问楼主解决了吗

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