计算化学公社

标题: 求助，关于用gromacs计算界面聚合物分子受流动剪切的问题 [打印本页]

作者
Author: l12332145665 时间: 2021-1-10 22:13
标题: 求助，关于用gromacs计算界面聚合物分子受流动剪切的问题
界面流动剪切的施加方式是把最上层4nm层水分子设置为加速度组，但计算出来的聚合物受剪切变形方向却和施加的加速度方向相反，这明显不太合理，可视化结果详见下图。

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我也计算了盒子内的水分子在X方向的运动速度，如下图所示，x轴表示的是盒子Z方向，y轴是水分子运动速度方向。
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能看出来，加速度组还是正常朝着x方向运动，但靠近下壁面的水分子却有着很小的负方向运动，有做过类似的大佬帮忙看看，是否是我参数设置出现了问题？还是其他什么原因呢？
我的mdp文件如下。
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作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-11 03:10
把comm-mode设none试试

顺带一提，建议把上方4nm的水加上z方向限制势，免得在z方向扩散开来

作者
Author: dazhong_jl 时间: 2021-1-11 13:25
想请教一下，这个界面聚合物加水的结构是怎么搭的？

作者
Author: l12332145665 时间: 2021-1-11 18:14

sobereva 发表于 2021-1-11 03:10
把comm-mode设none试试

顺带一提，建议把上方4nm的水加上z方向限制势，免得在z方向扩散开来

多谢社长指点，按照您说的设置我又算了一下，结果变得正常了

作者
Author: l12332145665 时间: 2021-1-11 18:16

dazhong_jl 发表于 2021-1-11 13:25
想请教一下，这个界面聚合物加水的结构是怎么搭的？

这个模型比较好建立，我是先做一个二氧化硅基地，然后把聚合物放在上面。我这个体系对二氧化硅基底和聚合物顶端碳原子进行了冻结。最后通过gromacs进行加盒子加水就行了

作者
Author: dazhong_jl 时间: 2021-1-12 09:04

l12332145665 发表于 2021-1-11 18:16
这个模型比较好建立，我是先做一个二氧化硅基地，然后把聚合物放在上面。我这个体系对二氧化硅基底和聚合 ...

谢谢你的回复！还想请问，基底加聚合物是用Packmol实现的吗？

作者
Author: l12332145665 时间: 2021-1-12 19:04

dazhong_jl 发表于 2021-1-12 09:04
谢谢你的回复！还想请问，基底加聚合物是用Packmol实现的吗？

packmol应该是可以做的，或者更简单点，调整好方向和坐标，手动复制粘贴

作者
Author: dazhong_jl 时间: 2021-1-13 08:17

l12332145665 发表于 2021-1-12 19:04
packmol应该是可以做的，或者更简单点，调整好方向和坐标，手动复制粘贴

嗯！感谢回复

作者
Author: liuxdhs 时间: 2022-6-14 09:56

l12332145665 发表于 2021-1-11 18:16
这个模型比较好建立，我是先做一个二氧化硅基地，然后把聚合物放在上面。我这个体系对二氧化硅基底和聚合 ...

你好，我想请问一下你这个体系聚合物和二氧化硅分别用什么力场呢？

作者
Author: l12332145665 时间: 2022-6-14 10:59

liuxdhs 发表于 2022-6-14 09:56
你好，我想请问一下你这个体系聚合物和二氧化硅分别用什么力场呢？

charmm36

作者
Author: 13607155646 时间: 2023-11-25 15:58
请问您一下，gromacs要怎么才能想您这样，切片测速度呀，需要自己写脚本吗

作者
Author: jurat 时间: 2024-5-9 17:03
请教一下大佬，这个沿z轴的速度剖面是如何生成的呀

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