计算化学公社

标题: 请问大家如何使用gromacs进行隐式溶剂模型的模拟呀？ [打印本页]

作者
Author: BBBcf 时间: 2021-1-11 17:34
标题: 请问大家如何使用gromacs进行隐式溶剂模型的模拟呀？
各位如题奥，我在跑一段100 aa. 左右的蛋白质模拟，想用隐式溶剂模型，但是进行能量极小化的时候报错惹

steep.mdp设置如下：
; steep.mdp
integrator          = steep
emtol = 500.0
emstep             = 0.01
nsteps = 50000
nstlist    = 10
cutoff-scheme    = Verlet
rlist          = 1.2
coulombtype    = PME
rcoulomb          = 1.2
vdwtype          = cutoff
vdw-modifier    = force-switch
rvdw-switch       = 1.0
rvdw          = 1.2
pbc                   = xyz
DispCorr          = EnerPres
;
constraints = none
implicit_solvent = GBSA
gb-algorithm = OBC
rgbradii = 1.2
gb-epsilon-solvent = 80

但是报如下错误：
Command line:
  gmx grompp -f steep.mdp -c nw.gro -p topol.top -o steep.tpr

Ignoring obsolete mdp entry 'gb-algorithm'
Ignoring obsolete mdp entry 'rgbradii'
Ignoring obsolete mdp entry 'gb-epsilon-solvent'

ERROR 1 [file steep.mdp, line 24]:
  Invalid enum 'GBSA' for variable implicit-solvent, using 'no'
  Next time use one of: 'no'

-------------------------------------------------------
Program:    gmx grompp, version 2020.4-MODIFIED
Source file: src/gromacs/fileio/readinp.cpp (line 245)

Fatal error:
There was 1 error in input file(s)

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------

从ERROR信息来看似乎2020的gmx不再支持隐式溶剂模型了吗...还是我的用法有问题呀？期待大佬解答！！！

作者
Author: liuyuje714 时间: 2021-1-11 17:38
2019版本开始就已经把隐式溶剂剁了，你要用只能使用2018和之前版本的gromacs

作者
Author: BBBcf 时间: 2021-1-11 17:54

liuyuje714 发表于 2021-1-11 17:38
2019版本开始就已经把隐式溶剂剁了，你要用只能使用2018和之前版本的gromacs

天呐，没想到那么早就砍掉惹！还是谢谢大佬解答～

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-12 07:38
GB模型跑蛋白质动力学很容易被质疑，而且gmx的GB模型支持的也都是比较老的，不建议你尝试折腾这个。真要想用GB模型的话建议你用amber，支持较新也更好的GB模型，而且GPU加速跑GB模型的动力学很快。

作者
Author: BBBcf 时间: 2021-1-16 13:42

sobereva 发表于 2021-1-12 07:38
GB模型跑蛋白质动力学很容易被质疑，而且gmx的GB模型支持的也都是比较老的，不建议你尝试折腾这个。真要想 ...

嗯嗯，多谢老师解答，我试试用amber跑

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