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标题: OPLSAA力场模拟苯，No default proper dih. types 求助 [打印本页]

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Author: fwan1006 时间: 2021-1-13 13:44
标题: OPLSAA力场模拟苯，No default proper dih. types 求助
我想用OPLSAA力场模拟苯的一些性质，苯的itp和top文件使用MKTOP工具生成的，
但是使用gromacs的grompp命令时，报错说
ERROR 1 [file benzene_HF_Vac_GMX_OPLS.itp, line 118]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 2 [file benzene_HF_Vac_GMX_OPLS.itp, line 119]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 3 [file benzene_HF_Vac_GMX_OPLS.itp, line 120]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 4 [file benzene_HF_Vac_GMX_OPLS.itp, line 121]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 5 [file benzene_HF_Vac_GMX_OPLS.itp, line 122]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 6 [file benzene_HF_Vac_GMX_OPLS.itp, line 123]:
  No default Proper Dih. types

看了一下itp文件里的这6行是苯环的6个非正常二面角，
请问出现这个报错的原因是OPLSAA力场里的ffbonded.itp文件里没有这样的非正常二面角吗？怎么解决呢？
谢谢大家了！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-15 06:15
不推荐使用mktop。尝试用ligpargen
以后问和拓扑文件有关的问题时都把拓扑文件上传，省得别人猜

作者
Author: fwan1006 时间: 2021-1-23 11:50

sobereva 发表于 2021-1-15 06:15
不推荐使用mktop。尝试用ligpargen
以后问和拓扑文件有关的问题时都把拓扑文件上传，省得别人猜

谢谢老师，如果只是单纯的把这些非正常二面角删除掉对模拟结果影响大吗

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-23 15:19

fwan1006 发表于 2021-1-23 11:50
谢谢老师，如果只是单纯的把这些非正常二面角删除掉对模拟结果影响大吗

如果有普通二面角项且势垒足够高，也能维持苯分子的平面性，就不需要improper项。实际跑起来看看便能检验

作者
Author: fwan1006 时间: 2021-3-2 16:53

sobereva 发表于 2021-1-15 06:15
不推荐使用mktop。尝试用ligpargen
以后问和拓扑文件有关的问题时都把拓扑文件上传，省得别人猜

SOB老师你好，我尝试用网页上的ligpargen生成了拓扑文件，但是我看它给处的itp文件里原子类型都是在opls_800 - 900之间的原子类型，然后我看oplsaa.ff力场文件里ffnonbonded.itp文件里原子类型是缺少从opls_198 - 899之间的原子类型的，这样还能跑起来吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-3 01:34

fwan1006 发表于 2021-3-2 16:53
SOB老师你好，我尝试用网页上的ligpargen生成了拓扑文件，但是我看它给处的itp文件里原子类型都是在opls_ ...

ffnonbonded.itp里有797及之前的
800多的那是ligpargen额外弄的原子类型，top里面直接给了[atomtypes]的定义

作者
Author: fwan1006 时间: 2021-3-3 13:20
本帖最后由 fwan1006 于 2021-3-3 13:25 编辑

sobereva 发表于 2021-3-3 01:34
ffnonbonded.itp里有797及之前的
800多的那是ligpargen额外弄的原子类型，top里面直接给了[atomtypes]的 ...

确实是这样哈，谢谢SOB老师。我现在尝试了用MKTOP和ligpargen都生成了异丁烷的拓扑文件，在MKTOP生成的拓扑文件里，它把所有的C归结为同一原子类型，所有的H也归为同一原子类型，即使是异丁烷中间的那个C明显不同于周围的3个C。而在ligpargen生成的拓扑文件里，所有的C和H都是不相同的原子类型，感觉就在两个极端上，请问一下我用哪个会比较好一点呢？我想模拟体系的密度、粘度、扩散系数这些性质。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-4 01:10

fwan1006 发表于 2021-3-3 13:20
确实是这样哈，谢谢SOB老师。我现在尝试了用MKTOP和ligpargen都生成了异丁烷的拓扑文件，在MKTOP生成的拓 ...

ligpargen毕竟是OPLS-AA作者自己搞的东西，比其它的更可信

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