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标题: 求助：单个小分子MD [打印本页]

作者
Author: BabysBreath 时间: 2021-1-13 17:16
标题: 求助：单个小分子MD
各位老师好，我在做单个小分子的时候遇到了如下报错，感觉还是我的top文件写的有问题，所以想麻烦各位老师帮忙看一下原因，以及如果可以的话，有做单个小分子动力学模拟的教程或帖子推荐嘛？谢谢各位老师~

; eri_GMX.top created by acpype (v: 2020-10-24T12:16:34CEST) on Sun Dec 13 09:30:50 2020

[ defaults ]
; nbfunc       comb-rule    gen-pairs    fudgeLJ fudgeQQ
1             2             yes          0.5    0.8333

; Include forcefield parameters
#include "./amber14sb_parmbsc1.ff/forcefield.itp"

; Include eri_GMX.itp topology
#include "eri_GMX.itp"
#include "./amber14sb_parmbsc1.ff/tip3p.itp"

[ system ]
eri in water

[ molecules ]
; Compound       nmols
eri             1
SOL             700

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-15 06:28
你自己写[ defaults ]干嘛，本身amber14sb_parmbsc1.ff/forcefield.itp里就已经有这个字段。报错提示写明了，这个字段不能出现两次

作者
Author: BabysBreath 时间: 2021-1-15 09:55

sobereva 发表于 2021-1-15 06:28
你自己写[ defaults ]干嘛，本身amber14sb_parmbsc1.ff/forcefield.itp里就已经有这个字段。报错提示写明了 ...

好哒，我试一下，谢谢社长~

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