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标题: 如何解决做npt加了冻结后提示Triclinic box is too skewed？ [打印本页]

作者
Author: gaosimeng2001 时间: 2021-1-13 23:29
标题: 如何解决做npt加了冻结后提示Triclinic box is too skewed？
请教各位做动力学的老师，我想做表面活性剂在油水界面的动力学模拟，参照文献方法，做了能量极小化后，先冻结了水分子和亲水头基跑npt，刚开始跑就出现了报错，报错信息如下，请问有人遇到相似的问题吗？如何解决的？
Warning: Triclinic box is too skewed.
      Box (3x3):
         Box[ 0]={-5.69126e+23,  0.00000e+00, -0.00000e+00}
         Box[ 1]={-0.00000e+00, -5.69318e+23, -0.00000e+00}
         Box[ 2]={-0.00000e+00, -0.00000e+00, -8.99474e+24}
      Can not fix pbc.

Warning: Triclinic box is too skewed.
      Box (3x3):
         Box[ 0]={-5.69126e+23,  0.00000e+00, -0.00000e+00}
         Box[ 1]={-0.00000e+00, -5.69318e+23, -0.00000e+00}
         Box[ 2]={-0.00000e+00, -0.00000e+00, -8.99474e+24}
      Can not fix pbc.

控制文件如下：
define =-DFLEXIBLE
integrator = md
dt       = 0.002
nsteps    = 8000000
comm-grps  = system
energygrps =
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 15000
nstenergy =15000
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps  = system
;
annealing = single
annealing_npoints = 22
annealing_time =  0 500 1000 1500 2000 2500 3000 3500 4000 4500 5000 5500 6000 6500 7000 7500 8000 8500 9000 9500 10000 10500
annealing_temp =500 500 480 480 460 460 440 440 420 420 400 400 380 380 360 360 340 340 320 320 300 300
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb    = 1.0
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.0
DispCorr    = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t = 0.2
tc_grps = system
ref_t = 300
;
Pcoupl    = Berendsen
pcoupltype = semiisotropic
tau_p = 0.5
ref_p = 1.01325 1.01325
compressibility = 4.5e-5 4.5e-5
;
gen_vel  = no
gen_temp = 300
gen_seed = -1
;

freezegrps  = SOL S1_O2_O58_O59_O60
freezedim = Y Y Y Y Y Y
constraints = hbonds

作者
Author: sun666 时间: 2021-1-14 23:20
SOL S1_O2_O58_O59_O60 是你设置的组名称吗
freezedim 应该Y Y Y吧
我也不是很清楚

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-15 05:57
用NPT时候建议用位置限制势而不要用冻结，这里提了
解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://sobereva.com/10

而且三个方向都冻结也完全莫名其妙。如果是怕水层有分子扩散到表面活性剂区域，顶多在垂直于界面方向上增加限制势就够了。

写-DFLEXIBLE莫名其妙，没有特殊情况不要在MD过程中用柔性水

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