计算化学公社

标题: 求助—Gromacs盒子内坐标转化为真实坐标问题 [打印本页]

作者
Author: Sasuke 时间: 2021-1-15 16:14
标题: 求助—Gromacs盒子内坐标转化为真实坐标问题
在mdp文件里我在三个坐标方向都设置了周期性边界条件pbc=xyz，所以输出的每一帧xtc轨迹文件中的原子坐标不是真实坐标吧？即在盒子内的坐标，这样如果用自己写的C程序分析一些物理量的时候就会造成误差甚至错误，比如说某条分子链的头穿过盒子边界出而现在边界另一侧，这样在计算头尾距离的时候会偏离真实值，请问怎么让输出的每一帧坐标为真实坐标呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-16 02:00
如果你所谓的真实坐标是指运动过程中不考虑PBC，trjconv结合-pbc nojump处理轨迹就完了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)