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标题: gromacs2018.8编译问题 [打印本页]

作者
Author: HZW 时间: 2021-1-15 21:10
标题: gromacs2018.8编译问题
使用社长的gromacs-2018教程编译gromacs2018,编译出来的gromacs能运行但是总觉得有问题。
命令如下：
export CMAKE_PREFIX_PATH=/share/home/fftw-3.3.8

cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/share/home/hzw/gromacs-2018.8-colvars  -DGMX_SIMD=AVX2_256

make install -j 10

编译出来gmx -version 显示如下：
GROMACS version: 2018.8-dev
Precision:       single
Memory model:    64 bit
MPI library:       thread_mpi
OpenMP support:    enabled (GMX_OPENMP_MAX_THREADS = 64)
GPU support:       disabled
SIMD instructions:  AVX2_256
FFT library:       fftw-3.3.9-sse2-avx-avx2-avx2_128
RDTSCP usage:    enabled
TNG support:       enabled
Hwloc support:    disabled
Tracing support: disabled
Built on:          2021-01-14 14:30:26
Built by:          @node4 [CMAKE]
Build OS/arch:    Linux 3.10.0-862.el7.x86_64 x86_64
Build CPU vendor: Unknown
Build CPU brand: Unknown
Build CPU family: 0 Model: 0 Stepping: 0
Build CPU features: Unknown
C compiler:       /usr/bin/cc GNU 4.8.5
C compiler flags: -march=core-avx2 -Wundef -Wextra -Wno-missing-field-initializers -Wno-sign-compare -Wpointer-arith -Wall -Wno-unused -Wunused-value -Wunused-parameter  -O3 -DNDEBUG -funroll-all-loops -fexcess-precision=fast  -Wno-array-bounds
C++ compiler:    /usr/bin/c++ GNU 4.8.5
C++ compiler flags:  -march=core-avx2 -std=c++11  -Wundef -Wextra -Wno-missing-field-initializers -Wpointer-arith -Wmissing-declarations -Wall  -O3 -DNDEBUG -funroll-all-loops -fexcess-precision=fast  -Wno-array-bounds

作者
Author: 北纬18° 时间: 2021-1-15 21:36
try to add:
-DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 \
-DFFTWF_LIBRARY="/path/to/lib/libfftw3f.so" \
-DFFTWF_INCLUDE_DIR="/path/to/include"

作者
Author: HZW 时间: 2021-1-16 00:28
好的，谢谢我明天试试重新编译，

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-16 01:40
有什么问题？
fftw都已经在编译中被利用了，提示中也已经体现了，FFTW没有什么问题

作者
Author: HZW 时间: 2021-1-16 09:28

sobereva 发表于 2021-1-16 01:40
有什么问题？
fftw都已经在编译中被利用了，提示中也已经体现了，FFTW没有什么问题

社长，感谢您的答疑，fftw编译时已经利用了。但是对比之前编译的版本信息，之前编译的Hwloc support: enabled，而且build CPU信息都有的，这个会影响后面gromacs的使用吗？

作者
Author: HZW 时间: 2021-1-16 09:29

sobereva 发表于 2021-1-16 01:40
有什么问题？
fftw都已经在编译中被利用了，提示中也已经体现了，FFTW没有什么问题

这样算编译成功了吗

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-17 06:57

HZW 发表于 2021-1-16 09:28
社长，感谢您的答疑，fftw编译时已经利用了。但是对比之前编译的版本信息，之前编译的Hwloc support: ...

你在什么CPU、操作系统下编译的？是否是虚拟机？

作者
Author: liuyuje714 时间: 2021-1-17 11:20
不影响使用。自己cat /proc/cpuinfo看一下cpu的实际信息，编译gmx的时候是从这个里面读取信息的

作者
Author: HZW 时间: 2021-1-17 14:55

liuyuje714 发表于 2021-1-17 11:20
不影响使用。自己cat /proc/cpuinfo看一下cpu的实际信息，编译gmx的时候是从这个里面读取信息的

好的。谢谢刘玉杰老师。

作者
Author: HZW 时间: 2021-1-17 15:01

sobereva 发表于 2021-1-17 06:57
你在什么CPU、操作系统下编译的？是否是虚拟机？

我们学院的集群服务器。32个节点的。

作者
Author: HZW 时间: 2021-1-17 15:04

sobereva 发表于 2021-1-17 06:57
你在什么CPU、操作系统下编译的？是否是虚拟机？

LSB Version: :core-4.1-amd64:core-4.1-ia32:core-4.1-noarch:cxx-4.1-amd64:cxx-4.1-noarch:desktop-4.1-amd64:desktop-4.1-noarch:languages-4.1-amd64:languages-4.1-noarch:printing-4.1-amd64:printing-4.1-ia32:printing-4.1-noarch
Distributor ID: CentOS
Description: CentOS Linux release 7.5.1804 (Core)
Release:       7.5.1804
Codename:    Core

processor    : 38
vendor_id    : GenuineIntel
cpu family    : 6
model          : 85
model name    : Intel(R) Xeon(R) Gold 5115 CPU @ 2.40GHz
stepping       : 4
microcode    : 0x200005e
cpu MHz       : 1000.488
cache size    : 14080 KB
physical id    : 1
siblings       : 20
core id       : 11
cpu cores    : 10
apicid       : 55
initial apicid  : 55
fpu          : yes
fpu_exception : yes
cpuid level    : 22
wp             : yes
flags          : fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm pbe syscall nx pdpe1gb rdtscp lm constant_tsc art arch_perfmon pebs bts rep_good nopl xtopology nonstop_tsc aperfmperf eagerfpu pni pclmulqdq dtes64 monitor ds_cpl vmx smx est tm2 ssse3 sdbg fma cx16 xtpr pdcm pcid dca sse4_1 sse4_2 x2apic movbe popcnt tsc_deadline_timer aes xsave avx f16c rdrand lahf_lm abm 3dnowprefetch epb cat_l3 cdp_l3 intel_ppin intel_pt mba tpr_shadow vnmi flexpriority ept vpid fsgsbase tsc_adjust bmi1 hle avx2 smep bmi2 erms invpcid rtm cqm mpx rdt_a avx512f avx512dq rdseed adx smap clflushopt clwb avx512cd avx512bw avx512vl xsaveopt xsavec xgetbv1 cqm_llc cqm_occup_llc cqm_mbm_total cqm_mbm_local ibpb ibrs stibp dtherm ida arat pln pts hwp hwp_act_window hwp_epp hwp_pkg_req pku ospke spec_ctrl intel_stibp
bogomips       : 4805.66
clflush size : 64
cache_alignment : 64
address sizes : 46 bits physical, 48 bits virtual
power management:

processor    : 39
vendor_id    : GenuineIntel
cpu family    : 6
model          : 85
model name    : Intel(R) Xeon(R) Gold 5115 CPU @ 2.40GHz
stepping       : 4
microcode    : 0x200005e
cpu MHz       : 1001.367
cache size    : 14080 KB
physical id    : 1
siblings       : 20
core id       : 12
cpu cores    : 10
apicid       : 57
initial apicid  : 57
fpu          : yes
fpu_exception : yes
cpuid level    : 22
wp             : yes
flags          : fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm pbe syscall nx pdpe1gb rdtscp lm constant_tsc art arch_perfmon pebs bts rep_good nopl xtopology nonstop_tsc aperfmperf eagerfpu pni pclmulqdq dtes64 monitor ds_cpl vmx smx est tm2 ssse3 sdbg fma cx16 xtpr pdcm pcid dca sse4_1 sse4_2 x2apic movbe popcnt tsc_deadline_timer aes xsave avx f16c rdrand lahf_lm abm 3dnowprefetch epb cat_l3 cdp_l3 intel_ppin intel_pt mba tpr_shadow vnmi flexpriority ept vpid fsgsbase tsc_adjust bmi1 hle avx2 smep bmi2 erms invpcid rtm cqm mpx rdt_a avx512f avx512dq rdseed adx smap clflushopt clwb avx512cd avx512bw avx512vl xsaveopt xsavec xgetbv1 cqm_llc cqm_occup_llc cqm_mbm_total cqm_mbm_local ibpb ibrs stibp dtherm ida arat pln pts hwp hwp_act_window hwp_epp hwp_pkg_req pku ospke spec_ctrl intel_stibp
bogomips       : 4805.66
clflush size : 64
cache_alignment : 64
address sizes : 46 bits physical, 48 bits virtual
power management

作者
Author: HZW 时间: 2021-1-17 15:07

sobereva 发表于 2021-1-17 06:57
你在什么CPU、操作系统下编译的？是否是虚拟机？

用的节点4编译的

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