计算化学公社

标题: ATB中smiles字符的输入问题求助 [打印本页]

作者
Author: 一个小瓜皮 时间: 2021-1-16 19:10
标题: ATB中smiles字符的输入问题求助
我想请问下各位老师，弟弟想用smiles字符在ATB中输入结构，然后让ATB输出TOPOL文件。现在发现输入SMILES字符太长就会有问题，这是我第一个SMILES字符(c1cc2ccc3ccc(c4ccc(c1)c2c34)C(=O)c1cc(C(=O)c2ccc3ccc4cccc5ccc2c3c45)cc(c1)OCC(=O)N[C@@H](Cc1c[nH]cn1)C(=O)N[C@@H](Cc1c[nH]cn1)C(=O)N[C@@H](Cc1c[nH]cn1)C(=O)N[C@@H](Cc1c[nH]cn1)C(=O)N[C@@H](Cc1c[nH]cn1)C(=O)N[C@@H](Cc1c[nH]cn1)C(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](C(=O)O)CCCCNC(=O)CCOCCOCCOCCO),ATB网站就可以识别。我延长PEG，c1cc2ccc3ccc(c4ccc(c1)c2c34)C(=O)c1cc(C(=O)c2ccc3ccc4cccc5ccc2c3c45)cc(c1)OCC(=O)N[C@@H](Cc1c[nH]cn1)C(=O)N[C@@H](Cc1c[nH]cn1)C(=O)N[C@@H](Cc1c[nH]cn1)C(=O)N[C@@H](Cc1c[nH]cn1)C(=O)N[C@@H](Cc1c[nH]cn1)C(=O)N[C@@H](Cc1c[nH]cn1)C(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](C(=O)O)CCCCNC(=O)CCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOC，ATB网站就会出现这个，识别不了，请问下如何解决这个问题呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-17 04:19
本身ATB对原子数上限就有限制。就算你用比如OpenBabel先基于SMILES建立建构，然后再提交给ATB，大体系照样算不了。

作者
Author: 一个小瓜皮 时间: 2021-1-22 10:24

sobereva 发表于 2021-1-17 04:19
本身ATB对原子数上限就有限制。就算你用比如OpenBabel先基于SMILES建立建构，然后再提交给ATB，大体系照样 ...

谢谢老师的回复，那如果我想建立这种分子数较大的力场，该用什么方法呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-22 12:19

一个小瓜皮发表于 2021-1-22 10:24
谢谢老师的回复，那如果我想建立这种分子数较大的力场，该用什么方法呢？

如果是单体聚合而成的，对每个单体弄参数，写入rtp，通过pdb2gmx产生

非要直接搞的话，用x2top（恰当编辑n2t文件），或者用没有显著原子数限制的程序搞

作者
Author: 一个小瓜皮 时间: 2021-1-24 16:43

sobereva 发表于 2021-1-22 12:19
如果是单体聚合而成的，对每个单体弄参数，写入rtp，通过pdb2gmx产生

非要直接搞的话，用x2top（恰当 ...

谢谢老师解答，我好好找找这些程序。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)