计算化学公社

标题: 关于不能交换轨道的问题（我也不知道怎么描述） [打印本页]

作者
Author: 王晓东 时间: 2021-1-16 21:10
标题: 关于不能交换轨道的问题（我也不知道怎么描述）
本帖最后由王晓东于 2021-1-18 15:16 编辑

问题：加上{multi; occ,14; closed,9; rotate, 9,10}后仍然不能交换9和10的轨道，用的是多参考态方法计算乙醛中将甲基上的一个H拉长的情况。求各位老师救救孩子吧。以下是输入文件：
gprint,orbitals
memory, 200, M
Angstrom

geom={
C1
C2                C1          B1
H3                C1          B2 C2          A1
H4                C2          B3 C1          A2 H3          D1
H5                C2          B4 C1          A3 H3          D2
H6                C2          B5 C1          A4 H3          D3
O7                C1          B6 C2          A5 H5          D4
}

B1 =       1.49922308
B2 =       1.10829885
B3    =       1.09254615
B4 =       1.08706806
B5 =       1.09254350
B6 =       1.20793598
A1 =    115.24928791
A2 =    109.36034132
A3 =    110.89252875
A4 =    109.36107951
A5 =    124.65601184
D1 =       58.30387156
D2 =    -179.99688412
D3 =    -58.29539732
D4 =       0.00287994

basis = cc-pvdz
rhf
B5 = 2.5
{multi; occ,14; closed,9; wf,24,1,2}    ! 6e,5o
B5=1.1
{multi; occ,14; closed,9; wf,24,1,0}
{multi; occ,14; closed,9; rotate, 9,10}
put, molden, before1.molden

作者
Author: pwzhou 时间: 2021-1-16 21:16
这种情况说明你想要的活化空间不合理，所以程序会自动把不合理的轨道踢出去。你可以说一下你的目前的活化空间都有哪些轨道，再具体看看是什么问题

作者
Author: 王晓东 时间: 2021-1-16 21:44
本帖最后由王晓东于 2021-1-16 21:48 编辑

pwzhou 发表于 2021-1-16 21:16
这种情况说明你想要的活化空间不合理，所以程序会自动把不合理的轨道踢出去。你可以说一下你的目前的活化空 ...

我想选的轨道是：C-O之间的pai键及其反键轨道，O孤对电子的p轨道，C-HZ之间的成键及其反键轨道
9和10轨道交换一下就可以得到想选的活化空间了，11-14的轨道都是我想要的，9是O孤对电子的p轨道
问题是：我加了交换9和10的命令之后还没有变化，是不是系统选的就是对的？不用自己改呢？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-1-16 21:56
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-1-16 22:02 编辑

MOKIT算37s就搞定了，不用看、挑任何轨道。假设你装好了MOKIT（免费开源，https://gitlab.com/jxzou/mokit可下载），会调用高斯，GAMESS（免费开源），PySCF（免费开源）, Molpro四个量化软件（假设你已经装好了）。

输入文件，以C-H键2.5A为例。

%mem=2GB
%nprocshared=2
#p CASSCF/cc-pVDZ
mokit{casscf_prog=molpro}
0 1
C 0.00000000 0.00000000 0.00000000
C 0.00000000 0.00000000 1.49922308
H 1.00241247 0.00000000 -0.47275319
H 0.54157865 0.87702310 1.86141106
H -1.01559440 -0.00005523 1.88688914
H 1.23954924 -2.00664069 2.32802391
O -0.99362501 -0.00000409 -0.68689058

复制代码

运行

automr methanol_2.5_cc-pVDZ.gjf >& methanol_2.5_cc-pVDZ.out &

复制代码

结果：过程中自动检测为CASSCF(4,4)

...
Enter subroutine do_cas...
CASSCF(4,4) using program molpro
doubly_occ= 10 nvir= 48
No. of active alpha/beta e = 2/2
E(CASCI) = -152.83274534 a.u.
E(CASSCF) = -152.83416525 a.u.
Leave subroutine do_cas at Sat Jan 16 21:37:03 2021

复制代码

文件名_NO.fch文件，内含CASSCF自然轨道和轨道占据数，直接用GaussView或Multiwfn+VMD可观看（附件）。看后可知，是被拉长的C-H键成键、反键，C=O pi键成键、反键，合计(4,4)。

(, 下载次数 Times of downloads: 18)

你要是想算CASPT2，就把#p行的关键词改为CASPT2, 中间改为mokit{CASPT2_prog=molpro}即可。有了波函数文件，你后续还想做结构优化读取它就是了。

作者
Author: 王晓东 时间: 2021-1-16 22:28

zjxitcc 发表于 2021-1-16 21:56
MOKIT算37s就搞定了，不用看、挑任何轨道。假设你装好了MOKIT（免费开源，https://gitlab.com/jxzou/mokit ...

感谢感谢，我试一试

作者
Author: pwzhou 时间: 2021-1-16 22:48

王晓东发表于 2021-1-16 21:44
我想选的轨道是：C-O之间的pai键及其反键轨道，O孤对电子的p轨道，C-HZ之间的成键及其反键轨道
9和10轨 ...

孤对电子的应该是n轨道，你这个只算了基态，和n轨道没什么关系，除非多算几个激发态，把npi*态包含进来，否则n轨道肯定会被踢出去。后面的回复你可以看到，默认猜测的是（4，4），正好没有你这个n轨道。

作者
Author: 王晓东 时间: 2021-1-17 11:13

pwzhou 发表于 2021-1-16 22:48
孤对电子的应该是n轨道，你这个只算了基态，和n轨道没什么关系，除非多算几个激发态，把npi*态包含进来， ...

好的，谢谢您
也就是活化空间只用考虑四个轨道是吗

作者
Author: biogon 时间: 2021-1-17 12:02

pwzhou 发表于 2021-1-16 21:16
这种情况说明你想要的活化空间不合理，所以程序会自动把不合理的轨道踢出去。你可以说一下你的目前的活化空 ...

molpro还能把选的不合适的轨道踢出去？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-1-17 15:10

王晓东发表于 2021-1-17 11:13
好的，谢谢您
也就是活化空间只用考虑四个轨道是吗

对于基态这就够了。对于激发态未必，取决于具体情况。

作者
Author: pwzhou 时间: 2021-1-17 17:47

biogon 发表于 2021-1-17 12:02
molpro还能把选的不合适的轨道踢出去？

明显不合理的轨道，一般程序都会踢出去的。有些不那么合理的就未必，但是最后的电子占据数会接近于2（占据轨道）或者0（非占据轨道），这个时候检查以后自己手动调整即可。

作者
Author: 王晓东 时间: 2021-1-17 21:53

pwzhou 发表于 2021-1-17 17:47
明显不合理的轨道，一般程序都会踢出去的。有些不那么合理的就未必，但是最后的电子占据数会接近于2（占 ...

好的，非常谢谢您

作者
Author: 王晓东 时间: 2021-1-17 21:54

zjxitcc 发表于 2021-1-17 15:10
对于基态这就够了。对于激发态未必，取决于具体情况。

非常谢谢您的回复

作者
Author: Freeman 时间: 2021-1-18 13:43
“不能交换轨道”的具体症状是什么？

作者
Author: 王晓东 时间: 2021-1-22 10:24

Freeman 发表于 2021-1-18 13:43
“不能交换轨道”的具体症状是什么？

用波函数可视化软件查看轨道，发现轨道排列跟预期的不一致，想通过交换轨道强制使其与预期轨道排列一致
不过目前已经解决，如上所述，只考虑四个轨道作为活化空间

作者
Author: Freeman 时间: 2021-1-22 13:25

王晓东发表于 2021-1-22 10:24
用波函数可视化软件查看轨道，发现轨道排列跟预期的不一致，想通过交换轨道强制使其与预期轨道排列一致
...

这是官网手册上关于rotate的用法：（不好意思，Adobe没了之后我的浏览器就不能贴截图了）
ROTATE,iorb1.sym,iorb2,angle
Will perform 2×2 rotation of orbitals iorb1 and iorb2 in symmetry sym by the specified angle (in degree). angle=0 means to swap the orbitals (equivalent to angle=90) These vectors must be supplied before by ORBITAL and MOVE or ADD directives.
这里要指定轨道的不可约表示（不可约表示sym下的第iorb个轨道）和旋转角度。你的问题可能出在这个格式上。

作者
Author: hhwang 时间: 2021-7-25 23:04

zjxitcc 发表于 2021-1-16 21:56
MOKIT算37s就搞定了，不用看、挑任何轨道。假设你装好了MOKIT（免费开源，https://gitlab.com/jxzou/mokit ...

老师，我安装了您上述提到的几个软件和mokit，在上交超算提交作业需要用到slurm脚本，我测试了mokit软件，直接在登录节点提交的输出文件有图片所示这些，可以正常运行，但是超算是禁止在节点上提交作业的。
如果用脚本提交则无法得到输出文件，也没有报错信息，脚本文件输入为：
#!/bin/bash

#SBATCH -J mokit_test
#SBATCH -p small
#SBATCH -n 2
#SBATCH -v
#SBATCH -o %j.out
#SBATCH -e %j.err
#SBATCH --ntasks-per-node=2

automr methanol_2.5_cc-pVDZ.gjf >& methanol_2.5_cc-pVDZ.out &

有一个问题是，老师，请问脚本这样写有什么问题吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-7-25 23:11
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-7-25 23:13 编辑

hhwang 发表于 2021-7-25 23:04
老师，我安装了您上述提到的几个软件和mokit，在上交超算提交作业需要用到slurm脚本，我测试了mokit软件 ...

“超算是禁止在节点上提交作业的”不够准确，应该是禁止在登录节点（主节点）提交计算任务。

你试试把
automr methanol_2.5_cc-pVDZ.gjf >& methanol_2.5_cc-pVDZ.out &
中最后一个&符号去掉。还不行的话再贴出你的输入文件、脚本内容等（注意仔细寻找报错信息，屏幕上、队列系统输出文件、automr输出文件等，总共就几秒，多盯一会，没有更多信息肯定是没法解决问题的，必然会有其他信息的，只是你可能没注意）

另外，你的截图是没给全？还是没算完？咋没看见CASSCF相关文件，你算的是CASSCF么？

作者
Author: hhwang 时间: 2021-7-25 23:48
本帖最后由 hhwang 于 2021-7-26 00:01 编辑

zjxitcc 发表于 2021-7-25 23:11
“超算是禁止在节点上提交作业的”不够准确，应该是禁止在登录节点（主节点）提交计算任务。

你试试 ...

不好意思呀老师，上面笔误。
谢谢老师，把 & 去掉之后能够计算了，我用的您上面给的输入文件进行的测试，但是methanol_2.5_cc-pVDZ.out出现了下述报错：
ERROR in subroutine read_gvb_energy_from_gms: no GVB energy found in
file methanol_2.5_cc-pVDZ_uhf_uno_asrot2gvb9.gms. You can open this file and check
whether the SCF oscillates. If yes, reducing the number of processors and re-run
may do dome help.
打开methanol_2.5_cc-pVDZ_uhf_uno_asrot2gvb9.gms文件之后报错信息如下：
The GAMESS executable gamess.01.x or else the DDIKICK executable ddikick.x could not be found in directory /lustre/home/acct-mezzy/mezzy/SOFTWARE/gamess/gamess, or else they did not properly link to executable permission.
我检查了一下gamess的环境变量，就写了一行：
export GMS=/lustre/home/acct-mezzy/mezzy/SOFTWARE/gamess/gamess/rungms 检查 /lustre/home/acct-mezzy/mezzy/SOFTWARE/gamess/gamess文件夹，发现缺少了gamess.01.x，我的文件夹里是gamess.00.x，
老师，是我的gamess安装存在问题吗？还是其他的问题，请问该怎么解决呀？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-7-26 00:07

hhwang 发表于 2021-7-25 23:48
不好意思呀老师，上面笔误。
谢谢老师，把 & 去掉之后能够计算了，我用的您上面给的输入文件进行的测试 ...

看手册4.4.10节，MOKIT程序手册就在doc/目录下。

作者
Author: hhwang 时间: 2021-7-26 01:35

zjxitcc 发表于 2021-7-26 00:07
看手册4.4.10节，MOKIT程序手册就在doc/目录下。

老师，现在又出现了下面问题，没有找到具体原因，请问为什么会有下面报错？
E(GVB) = -152.92114156 a.u.
dat2fch: error while loading shared libraries: libmkl_rt.so: cannot open shared object file: No such file or directory
ERROR in subroutine do_gvb: failed to call utility dat2fch.
Did you delete it or forget to compile it?

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-7-26 09:37
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-7-26 09:39 编辑

hhwang 发表于 2021-7-26 01:35
老师，现在又出现了下面问题，没有找到具体原因，请问为什么会有下面报错？
E(GVB) = -152.9211415 ...

表层原因：找不到动态库文件libmkl_rt.so
深一层原因：MKL库环境变量没写或没写对；或者在编译MOKIT时加载了Intel编译器（一般内含MKL）环境变量、但运行时忘记在脚本里加上加载Intel编译器环境变量的指令。

例如，集群一般使用module load intelxxxx加载指定版本的Intel编译器，你可能编译时加载了，但没将其写进~/.bashrc，导致退出重登就失效了；你可能也没写进slurm脚本里，所以系统已经忘记你的Intel编译器环境变量了。

作者
Author: hhwang 时间: 2021-7-26 19:14

zjxitcc 发表于 2021-7-26 09:37
表层原因：找不到动态库文件libmkl_rt.so
深一层原因：MKL库环境变量没写或没写对；或者在编译MOKIT时 ...

老师，现在在脚本和环境变量中加上了Intel编译器，但还是提醒
sh: dat2fch: command not found
ERROR in subroutine do_gvb: failed to call utility dat2fch.
Did you delete it or forget to compile it?
是缺少了dat2fch.sh文件吗？这个文件需要自己编译吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-7-26 21:24
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-7-26 21:29 编辑

hhwang 发表于 2021-7-26 19:14
老师，现在在脚本和环境变量中加上了Intel编译器，但还是提醒
sh: dat2fch: command not found
ERROR i ...

不是，是缺少dat2fch可执行程序。这个报错不太可能，你上面dat2fch: error while loading shared libraries说明已存在dat2fch可执行程序，但缺Intel动态库；而你现在连dat2fch都找不到了，说明你的环境变量很有问题，要么他人、要么你自己随意更改了MOKIT环境变量，连dat2fch都找不到了；又或者是你编译MOKIT时压根没成功，你没注意看屏幕上有错误。

正常执行make all编译完，是有dat2fch可执行程序的。

作者
Author: hhwang 时间: 2021-7-26 22:58

zjxitcc 发表于 2021-7-26 21:24
不是，是缺少dat2fch可执行程序。这个报错不太可能，你上面dat2fch: error while loading shared librari ...

老师，重新安装了mokit，methanol_2.5_cc-pVDZ.out文件结尾显示Normal termination of AutoMR at Mon Jul 26 22:52:21 2021，给出了活化空间CASSCF(4,4) ，这样应该是正常结束了。非常感谢您！！！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)