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标题: 差分电荷密度的2D图怎么能画成蓝白红呢 [打印本页]
作者
Author: qwe1832518773    时间: 2021-1-16 21:54
标题: 差分电荷密度的2D图怎么能画成蓝白红呢
如何能画出下图这周蓝白红色彩的差分电荷密度图呢？ (, 下载次数 Times of downloads: 81)

本来自己画2D的差分电荷密度图就是用VESTA的2D data display功能，但是VESTA默认的color scale只有没几种，不是蓝绿红就是黄蓝紫，或者索性就是灰度，引入大规模的绿色真的很丑。
(, 下载次数 Times of downloads: 63)
记得之前用过的Multiwfn里的color scale有整整18种，能用Multiwfn来画差分电荷密度2D图吗？


作者
Author: rpestana94    时间: 2021-1-16 23:58
Sure you can use Multiwfn, here is a tutorial http://sobereva.com/113
作者
Author: sobereva    时间: 2021-1-17 03:51
Multiwfn显然可以，下文2.3节末尾的那个密度差图就是Multiwfn直接画的

全面探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征
http://sobereva.com/572（http://bbs.keinsci.com/thread-19660-1-1.html）
作者
Author: qwe1832518773    时间: 2021-1-17 10:30
rpestana94 发表于 2021-1-16 23:58
Sure you can use Multiwfn, here is a tutorial http://sobereva.com/113

感谢回复！
作者
Author: qwe1832518773    时间: 2021-1-18 00:58
sobereva 发表于 2021-1-17 03:51
Multiwfn显然可以，下文2.3节末尾的那个密度差图就是Multiwfn直接画的

全面探究18碳环独特的分子间相互 ...

Sob老师，我看了http://sobereva.com/113里的例子，但是我一楼绿色的图使用VASP计算并用脚本处理了tot-a-b的电荷得到了一个diff.cube文件，这个文件放入VESTA或者VMD都可以得到3D的差分电荷密度等值面。但是放入Multiwfn里用主功能4-1得到的图并不是想要的差分电荷。我也试过将VASP计算完的tot、a、b都导出成cube文件，在Multiwfn里进行tot-a-b这样的操作，但也得不到正确的差分电荷密度。我该怎么做才能让Multiwfn识别出正确的cube文件等值面呢？
作者
Author: qwe1832518773    时间: 2021-1-18 01:01
rpestana94 发表于 2021-1-16 23:58
Sure you can use Multiwfn, here is a tutorial http://sobereva.com/113

老师您好，我在一楼可能没有说清楚，我是用VASP计算完，然后处理了tot-a-b的电荷得到的差分电荷密度文件diff.cube，这个文件在VESTA和VMD里打开都是正常的等值面，但是Multiwfn里用5-1或者4-1直接打开这个cube文件都不能识别到正确的等值面。
对于这种情况，我该如何用Multiwfn来绘制VASP任务得到的差分电荷密度图像呢？
作者
Author: 卡开发发    时间: 2021-1-19 08:46
直接替换图的颜色。

  1. #作者：卡开发发
  2. #使用方法: python BGR2BWR.py $name.png
  3. import cv2
  4. import numpy as np
  5. import sys

  7. #通过opencv打开图像文件
  8. data=cv2.imread(sys.argv[1])
  9. #获取宽高，第三位为RGB
  10. h,w,_=data.shape
  11. #循环每个像素
  12. for i in range(h):
  13.     for j in range(w):
  14.         d=data[i][j]
  15.         #黑色边框和白色背景不进行任何处理
  16.         if ((d==np.array([0,0,0])).all()) \
  17.                 or ((d==np.array([255,255,255])).all()):
  18.             continue
  19.         #蓝色通道先255->0，之后绿色通道再0->255
  20.         #因此，要让颜色从蓝色渐变到白色，
  21.         #红色和绿色通道应当取(绿色通道值-蓝色通道值+255)//2
  22.         if d[0]>0:
  23.             data[i][j][2]=(255+d[1]-d[0])//2
  24.             data[i][j][1]=(255+d[1]-d[0])//2
  25.             data[i][j][0]=255
  26.             #更改完红色通道非0值，要跳过后续处理
  27.             continue
  28.         #类似蓝色通道的处理
  29.         if d[2]>=0:
  30.             data[i][j][0]=(255+d[1]-d[2])//2
  31.             data[i][j][1]=(255+d[1]-d[2])//2
  32.             data[i][j][2]=255
  33.             continue
  34. #显示
  35. cv2.imshow(sys.argv[1],data)
  36. #按任意键退出
  37. cv2.waitKey(0)
复制代码
作者
Author: adong    时间: 2021-1-19 11:19
这个脚本很好用！需要安装 numpy；cv2 ： pip install numpy； pip install opencv-python;
显示语句后面可以添加保存代码：
cv2.imwrite("./out_JPG.jpg", data, [int(cv2.IMWRITE_JPEG_QUALITY), 100])
cv2.imwrite("./out_PNG.png", data, [int(cv2.IMWRITE_PNG_COMPRESSION), 0])
#按任意键退出
cv2.waitKey(0)
cv2.destroyAllWindows()
作者
Author: 卡开发发    时间: 2021-1-19 11:26
adong 发表于 2021-1-19 11:19
这个脚本很好用！需要安装 numpy；cv2 ： pip install numpy； pip install opencv-python;
显示语句后面 ...

没有加入后续写入的原因是因为在show的那个显示过程可以直接右键另存为，这样的操作可能更简单。
作者
Author: sobereva    时间: 2021-1-22 12:46
qwe1832518773 发表于 2021-1-18 01:01
老师您好，我在一楼可能没有说清楚，我是用VASP计算完，然后处理了tot-a-b的电荷得到的差分电荷密度文件d ...

本来cube文件就不给Multiwfn提供波函数信息，Multiwfn自然也就没法计算电子密度，看
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379（http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html）

应当把Multiwfn的settings.ini里的iuserfunc设为-1（线性插值）或-3（B-spline插值），然后作图的函数选择100 User-defined function，这样被考虑的函数就是读入的cube文件里的数据插值的函数了
作者
Author: qwe1832518773    时间: 2021-1-22 14:17
sobereva 发表于 2021-1-22 12:46
本来cube文件就不给Multiwfn提供波函数信息，Multiwfn自然也就没法计算电子密度，看
详谈Multiwfn支持的 ...

好的sob老师，我试试看
作者
Author: fafa    时间: 2021-11-26 21:57
你好，我想问一下这个是差分电荷密度图的切面吗？我的差分电荷图切面总显示空白可能是什么原因呢



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