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标题: 平衡相切换到产生相求助：cpt文件以及continuation的作用 [打印本页]

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Author: jimulation 时间: 2021-1-22 14:15
标题: 平衡相切换到产生相求助：cpt文件以及continuation的作用
本帖最后由 jimulation 于 2021-1-22 14:16 编辑

体系经EM和NPT预平衡，准备长时间MD模拟，指令gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p w.top -o md.tpr，提交到超算上遇到如下错误：
Fatal error: Step 100: The total potential energy is nan, which is not finite. The LJ and electrostatic contributions to the energy are 0 and 0, respectively. A non-finite potential energy can be caused by overlapping interactions in bonded interactions or very large or Nan coordinate values. Usually this is caused by a badly- or non-equilibrated initial configuration, incorrect interactions or parameters in the topology.
随后发现，如果只采用一个rank，关闭域分解，则可以正常运行，就是速度较慢，因为超算上每个结点的4块GPU只能利用1块。
如果去掉-t npt.cpt，gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -p w.top -o md.tpr，则产生的tpr可以在超算上以任何并行方式完全正常运行。

以上问题和发现，想请教大家：
1.生成产生相的tpr文件时，加不加平衡相的cpt文件，对结果有影响吗？因为平衡相产生的gro文件是带有速度的，cpt文件中是否有其他信息需要代入MD阶段？
2.md.mdp中的continuation一直不太明白，我看论坛中有说不需要设为yes，这个选项什么时候要用yes？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-22 17:46
1 cpt里还有压浴、热浴的信息，用PR压浴、NH热浴精确延续的话需要cpt
2 不涉及到drude计算的时候yes还是no无所谓

作者
Author: jimulation 时间: 2021-1-22 22:22

sobereva 发表于 2021-1-22 17:46
1 cpt里还有压浴、热浴的信息，用PR压浴、NH热浴精确延续的话需要cpt
2 不涉及到drude计算的时候yes还是no ...

多谢sob老师解答！请问第1点中的延续，是指后续模拟的热浴(NH)或压浴(PR)与先前的计算一致吗？平衡相我用v-rescale热浴+berendsen压浴；产生相用v-rescale热浴，压浴切换为PR。这种情况下，产生相的tpr并不需要平衡相的cpt，对不？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-23 06:45

jimulation 发表于 2021-1-22 22:22
多谢sob老师解答！请问第1点中的延续，是指后续模拟的热浴(NH)或压浴(PR)与先前的计算一致吗？平衡相我用 ...

可以不用cpt
不过cpt还一个好处是坐标、速度都是全精度记录的，而gro保留的位数比较有限。不过倒不是大问题

作者
Author: jimulation 时间: 2021-1-23 11:13

sobereva 发表于 2021-1-23 06:45
可以不用cpt
不过cpt还一个好处是坐标、速度都是全精度记录的，而gro保留的位数比较有限。不过倒不是大 ...

明白了，感谢sob老师

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