计算化学公社

标题: 求助：利用antechamber生成TFSI-阴离子力场报错 [打印本页]

作者
Author: 不明嚼栗子 时间: 2021-1-19 11:07
标题: 求助：利用antechamber生成TFSI-阴离子力场报错
老师同学们好，我想请教一个问题，我用命令 acpype_noopt.py -di tfsi-.mol2 -n -1想要得到TFSI-阴离子的力场文件，但是遇到报错
Weird atomic valence (2) for atom (ID: 1, Name: N1).
Possible open valence.
ACPYPE FAILED: [Errno 2] No such file or directory: 'tmp'

想请教大家这个报错该怎么解决啊，万分感谢！！_(:c」∠)_

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-20 05:05
大抵是N连着两个键的情况太特殊，antechamber考虑不了所致
对中性的N上带质子的情况用antechamber搞，之后再自行修改拓扑信息。需要自己搞N(-)相关的参数。

作者
Author: h840473807 时间: 2021-1-20 08:45
两个N-S 设成1个双键1个单键；或两个ar键，即可，之前建过这个离子的top。

作者
Author: 一条君 时间: 2021-8-30 16:48

sobereva 发表于 2021-1-20 05:05
大抵是N连着两个键的情况太特殊，antechamber考虑不了所致
对中性的N上带质子的情况用antechamber搞，之后 ...

（1）请问老师#3楼(h840473807)的方法原理上正确吗？会导致错误的参数吗
（2）不太清楚#2您的方法 N(-)参数怎么设置，涉及哪些元素，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-31 13:33

一条君发表于 2021-8-30 16:48
（1）请问老师#3楼(h840473807)的方法原理上正确吗？会导致错误的参数吗
（2）不太清楚#2您的方法 N(-) ...

1 可以跑跑动力学看看，如果结构维持得没问题就可以用
2 元素是你已知的。缺乏合适参数的情况，用Gaussian做优化和振动分析，得到平衡结构，Hessian交给http://www.keinsci.com/research/forcefit/获得力常数参数

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)