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标题: 求助—gromacs二面角势能函数9 [打印本页]

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Author: Sasuke 时间: 2021-1-22 10:00
标题: 求助—gromacs二面角势能函数9
本帖最后由 Sasuke 于 2021-1-22 10:07 编辑

想用文献里给出的力场里的二面角势如下图1和图2，如果用gromacs是要用二面角势函数9的形式来写嘛？它在[ dihedraltypes ]里的具体形式，想问下是如下图3我写的这样嘛？
文献中torsion1 2 3分别为图1中的二面角2 3 5 1，3 5 1 2，5 1 2 3；

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-22 12:15
写法不对。gmx里func 9表达式是这个，看手册
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显然k只能是正值

作者
Author: 大头攒毛 时间: 2022-10-1 22:56

sobereva 发表于 2021-1-22 12:15
写法不对。gmx里func 9表达式是这个，看手册

请问sober老师，二面角势函数func 1的表示式是什么？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-2 04:53

大头攒毛发表于 2022-10-1 22:56
请问sober老师，二面角势函数func 1的表示式是什么？

看手册便知
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作者
Author: JUN_UPL 时间: 2025-3-13 20:33
楼主这个问题有解决吗？因为我看参考文献确实有这种写法，k存在负值，对比sobtop中的函数形式与参考文献也是匹配的。我按照参考文献换算的值保留负号在后续仿真中也并没有报错。

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