计算化学公社

标题: 固体和表面的非共价相互作用分析 [打印本页]
作者
Author: 欧拉角    时间: 2021-1-22 13:30
标题: 固体和表面的非共价相互作用分析
管理员Sobereva 2021-Feb-27注：本论坛现在还有一篇介绍Multiwfn+CP2K联用便利地实现NCI分析的教程，见《使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法图形化考察固体和表面的弱相互作用》（http://bbs.keinsci.com/thread-21742-1-1.html）


本文原创非首发，未经同意不得转载内容。

引言

约化密度梯度（reduced density gradient, RDG）是密度泛函理论中用来描述电子非均匀性的无量纲参量[注1]，其表达式为
(, 下载次数 Times of downloads: 82)
2010年，杨伟涛教授提出基于RDG的非共价相互作用（noncovalent interactions, NCI）[1]分析方法，可以用来归属原子间或分子间的相互作用。虽然电子定域化函数（electron localization function，ELF）和分子中的原子（atoms-in-molecules, AIM）理论等能够用来分析化学键，但是对氢键、空间位阻、π-π堆叠等非共价相互作用的讨论有一定的局限性，而NCI分析则可以作为揭示这些非共价相互作用强有力的工具。因为分子的电子密度呈现指数衰减，所以在远离分子处RDG呈现很大值；相反，在相互作用的区域RDG的值则很小，其中非共价相互作用区域的电子密度和RDG都比较低。由于氢键和空间位阻区域的电子密度和RDG很接近而难以进行区分，所以需要再借助通过电子密度Hessian矩阵的第二大本征值的正负号（sign(λ2)）来进一步判断[注2]；电子密度大小则可以反映出相互作用的强度，一般认为vdW作用的区域ρ<0.005，因此可以通过对RDG等值面进行sign(λ2)ρ填色或者做RDG vs sign(λ2)ρ的散点图来讨论所研究体系的相互作用类型。在Sobereva的博文中已经介绍了RDG相关的概念和使用Multiwfn对非周期边界系进行NCI分析的详细过程[2]。但固体和表面以及牵扯过渡金属的体系的NCI讨论较少。因此，本文将通过若干实例的计算和相应的分析，对这些体系使用Quantum ESPRESSO（QE）计算RDG的过程和NCI分析方法进行介绍。

准备工作

本文所采用的计算程序如下：
1. Quantum ESPRESSO 6.7 [3]
实际上QE在5.1.0版本就已经支持NCI分析，所以即使正在使用旧版本的用户也不必担心无法完成本文的工作。
2. VESTA 3.1.8 [4]
个别新版本有bug，所以本文采用旧版本。
测试体系为：
1. 来源于Materials Project [5]的结构
MoS2（mp-2815）和Ni(OH)2（mp-27912）
2. H2O2@PMCS来源于文献[6]
计算参数选择的依据：从文献[7]测试结果来看，vdW-DF3-opt2在S22×5和S66×8的表现都还不错，原文中所使用的是GBRV超软赝势[8]，该赝势本身也有很好的可靠性和可移植性[9,10]。建议密度截断（ecutrho）选取充分以保证计算结果可靠以及避免RDG计算过程产生噪声。

计算参数

交换相关泛函vdW-DF3-opt2
赝势
GBRV
动能截断40 Ry
密度截断480 Ry
k网格MoS2    9×9×3
Ni(OH)2（Ni U=6.2 eV）    9×9×3
H2O2@PMCS    2×2×1
展宽 Gaussian    0.02 Ry


计算过程和数据处理

A1 使用PW模块
进行结构优化，并进行自洽计算产生波函数以及电子密度
  1. mpirun -np QE安装目录/bin/pw.x < MoS2.pw.in > MoS2.pw.out &
复制代码
A2 通过PW/tools/pwo2xsf将out文件转换为xsf格式[注3]，如
  1. QE安装目录/PW/tools/pwo2xsf -oc MoS2.pw.out > MoS2.xsf
复制代码
A3 使用PP模块进行后处理，通过plot_num=19产生RDG格点，以及 output_format=5来产生xsf文件
  1. mpirun -np QE安装目录/bin/pp.x < MoS2.pp.in > MoS2.pp.out &
复制代码
A4 类似过程A3，使用PP模块通过plot_num=20产生sign(λ2)ρ的xsf文件，但建议提前将文件夹拷贝一份或者通过fileout更改xsf输出格点文件的名称避免上一步的结果被覆盖。
B1 打开VESTA程序，将A2中out文件产生的xsf文件拖入VESTA窗体
(, 下载次数 Times of downloads: 86)
B2菜单栏中Edit->Edit Data->Volumetric Data，分别点击Isosurface和Surface coloring旁的Import分别导入RDG网格和sign(λ2)ρ的xsf文件。
(, 下载次数 Times of downloads: 74)
B3 菜单栏中Objects->Properties->Isosurfaces，将Isosurfaces中的Isosurface level改为0.5，以及将Surface coloring中的Saturation level的Max改为0.02，Min改为-0.04，这样能够和文献[1]较好符合。
(, 下载次数 Times of downloads: 74)
B4 调整其他显示部分，比如菜单中去除勾选Objects-> Volumetric Data->Show Sections，以及在Objects->Properties->Atoms对原子颜色进行调整，在Edit->Bonds对显示成键的判断进行调整，使得作图更加美观，但具体调整的细节这里不进行赘述。如果对操作过程有问题也欢迎大家讨论。

案例
(, 下载次数 Times of downloads: 83)
MoS2是层状结构材料，MoS2层间出现了RDG等值面围成的区域，且层间S……S连线的区域呈现淡绿色（ρ<0.005），证明了层间存在相互作用，且通过vdW作用相结合并主要是以层间S……S的相互作用为主导；而层内的三个Mo原子之间显示为红色，表现出位阻效应。
(, 下载次数 Times of downloads: 69)
Ni(OH)2与MoS2情况类似，但Ni(OH)2层间作用以O-H……O-H的氢键作用为主导；层内的Ni原子之间也呈现出位阻效应。在Ni-O键中形成的蓝色环形区域是因为Ni-O之间相互作用比较强，而pp.x程序在处理RDG的时候将ρ>0.05的网格直接设置为100[注4]，导致共价键或离子键在图中不被显示。
(, 下载次数 Times of downloads: 86)
H2O2@PMCS这一类结构常见于单原子催化过程中。文献[6]给出的吸附能为-0.45 eV，仅从吸附能来看可能是物理吸附。尽管本文采用的方法与文献不同，但给出了-0.47 eV的结果与文献[6]十分接近。为了进一步确定H2O2与基底相互作用的类型，我们进行了NCI分析，结果表明过氧化氢与Zn-N4的相互作用却是是非共价相互作用，其中H2O2中一个O-H与Zn-N4中的N原子形成了氢键；而另一个O-H的O与Zn原子产生了静电作用，这种静电作用从颜色上看要更强于氢键作用，因此可以认为H2O2在PMCS的吸附作用是由这种静电作用所主导的物理吸附。

Promolecule近似

Promolecule近似就是将球对称的自由原子密度直接进行叠加，即
(, 下载次数 Times of downloads: 71)
Promolecule近似下的密度通常可以作为自洽场的初始猜测，也能够用于大体系的定性计算。在QE中也能实现Promolecule近似的计算，这是因为QE中UPF格式的赝势文件中已经存有自由原子的电子密度。在自洽场计算过程中，我们只进行初始猜测而不做自洽过程，因此将electron_maxstep设置为0，且startingwfc设置为’atomic’，就可以得到Promolecule近似下的密度。
(, 下载次数 Times of downloads: 71)
由于Promolecule近似做NCI分析也能给出定性可靠的结果[1]，因此在处理更大的体系时可以使用这种方法。这里仍然以H2O2@PMCS体系为例，展示Promolecule近似下NCI分析的结果，下图表明Promolecule近似（等值面取0.035）与自洽计算后的差距并不大。

散点图

由于非共价相互作用区域电子密度和RDG都比较低，且λ2的符号为负，通常在散点图中呈现为一个或多个尖峰（spike）。如H2O2@PMCS的散点图中，左下角横坐标位于-0.04~0.02的spike就对应于H2O2中OH与N的氢键。
(, 下载次数 Times of downloads: 83)
而promolecule近似下的散点图与上图的结果较为接近
(, 下载次数 Times of downloads: 78)
那么如何绘制这样的散点图呢？我在这里提供了一个自己写的脚本nci_scatter.py (, 下载次数 Times of downloads: 38) 能够直接绘制散点图。需要预先安装python 3.x，调用到的python组件有numpy和matplotlib，只要通过pip install就能够进行安装。只要执行nci_scatter.py脚本按照每一步的提示用鼠标拖入对应的xsf文件就能够直接画出上面的散点图。

鸣谢

感谢我的朋友卡开发发@卡开发发 对QE源码和python脚本编写方面的讨论和交流。

总结

Quantum ESPRESSO是一款功能十分强大且开源免费的第一性原理计算程序，NCI分析也是一种强大的非共价相互作用分析方法。QE已经内置了RDG的计算，但却很少有人写QE做NCI分析的教程，本文以固体和表面中的一些常见体系为案例，对实现过程和分析进行了一些叙述讨论，更多的理论基础和分析细节还是建议大家多研读文献。希望本文能够为大家的科研工作助力添彩，同时也欢迎大家共同参与讨论互相进步。

注释

[1] RDG是无量纲参量，这是因为 (, 下载次数 Times of downloads: 71) 而 (, 下载次数 Times of downloads: 76) 。
[2] 这些概念来源于AIM理论，电子密度的Hessian矩阵是一个3×3的矩阵，对角化后得到三个本征值λ1>λ2>λ3。若λ2<0意味着λ3也小于0，对应于键临界点（bond critical point，BCP）；若λ2>0意味着λ1也大于0，对应于环临界点（ring critical point, RCP）。
[3] pwo2xsf的作用是将pw计算得到的out文件转化为xsf文件，可选选项有
-ic 初始结构
-lc 最终结构
-oc 最优结构
-a 将轨迹转化为AXSF
[4] 严谨起见，我们检查了QE的pp.x程序的源代码，发现在QE 6.x版本分析磁性体系的sign(λ2)ρ和ELF时，电子密度存在bug（这是因为自旋极化的计算中，QE 6.x版本的电子密度不是按照spin up和spin down进行存储的，而是按照total和spin进行存储的，但sign(λ2)ρ和ELF这两段代码忘记进行修改）。这点我们已经向QE官方提交了这个bug并得到了确认，所以先建议大家不要分析磁性体系，后续版本会进行改进。本文中的案例Ni(OH)2的结果展示是我们使用修改后的程序，因此结果可靠。

参考资料

[1] Johnson E R, Keinan S, Mori-Sánchez P, et al. Revealing noncovalent interactions[J]. Journal of the American Chemical Society, 2010, 132(18): 6498-6506.
DOI: 10.1021/ja100936w
[2] http://sobereva.com/68
[3] https://github.com/QEF/q-e/releases
[4] http://www.jp-minerals.org/vesta/en/download.html
[5] https://www.materialsproject.org
[6] Xu B, Wang H, Wang W, et al. A Single〢tom Nanozyme for Wound Disinfection Applications[J]. Angewandte Chemie, 2019, 131(15): 4965-4970.
DOI: 10.1002/anie.201813994
[7] Chakraborty D, Berland K, Thonhauser T. Next-Generation Nonlocal van der Waals Density Functional[J]. Journal of Chemical Theory and Computation, 2020, 16(9): 5893-5911.
DOI: 10.1021/acs.jctc.0c00471
[8] Garrity K F, Bennett J W, Rabe K M, et al. Pseudopotentials for high-throughput DFT calculations[J]. Computational Materials Science, 2014, 81: 446-452.
DOI: 10.1016/j.commatsci.2013.08.053
[9] Marsman M, Marzari N, Nitzsche U, et al. Reproducibility in density functional theory calculations of solids[J]. Science, 2016, 351: 6280.
DOI: 10.1126/science.aad3000
[10] https://molmod.ugent.be/deltacodesdft
作者
Author: 卡开发发    时间: 2021-1-22 13:47
这活整的有意思，也算是造福大家了，毕竟之前对固体方面讨论RDG的帖子不多见。说不上感谢，有些问题我也是请教@978142355。

实际上那天讨论完我发现VMD也是可以直接绘制RDG的等值面填色图，VMD自身就支持xsf文件的读取，另外需要指定一个pbc box -color black也能画出来差不多的图，不过实际上看上去效果差距不是很大。

另外，QE的sign(lambda2)rho和ELF问题我已经和QE官方做了反映，看看下个版本也许可能会改进。
作者
Author: granvia    时间: 2021-1-22 14:10
支持VASP吗？毕竟VASP用户也是个大族群
作者
Author: 欧拉角    时间: 2021-1-22 14:16
granvia 发表于 2021-1-22 14:10
支持VASP吗？毕竟VASP用户也是个大族群

这个工作是用QE的pp.x实现的。VASP要实现需要自己编写程序或者修改代码，虽然能做但是在这边公开分享不是太合适。
作者
Author: sobereva    时间: 2021-1-22 17:41
Multiwfn可以载入CP2K的molden文件，回头我把代码改改支持考虑PBC，使得Multiwfn可以对CP2K的波函数做RDG分析而不需要考虑buffer区域

顺带一提，对于任意第一性原理程序优化出来的周期性结构，Multiwfn可以基于结构文件（xyz、pdb、mol2...）直接做基于promolecular近似的RDG分析

2021-Feb-27补充：相应帖子已经写好，见
使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法图形化考察固体和表面的弱相互作用
http://sobereva.com/588（http://bbs.keinsci.com/thread-21742-1-1.html）

作者
Author: ggdh    时间: 2021-1-22 18:40
sobereva 发表于 2021-1-22 17:41
Multiwfn可以载入CP2K的molden文件，回头我把代码改改支持考虑PBC，使得Multiwfn可以对CP2K的波函数做RDG分 ...

如果某个作用跨胞了，那Multiwfn默认是不支持这种作用的RDG分析吧，
这种情况下应该建立超胞然后用Multiwfn？
作者
Author: 卡开发发    时间: 2021-1-22 18:40
sobereva 发表于 2021-1-22 17:41
Multiwfn可以载入CP2K的molden文件，回头我把代码改改支持考虑PBC，使得Multiwfn可以对CP2K的波函数做RDG分 ...

非正交的格子可能还是这样的方式方便一些。
作者
Author: granvia    时间: 2021-1-22 20:55
对于DFT-D级别的计算，色散作用也属于非共价作用，这个NCI分析应该没法处理了吧？
作者
Author: 欧拉角    时间: 2021-1-22 22:01
granvia 发表于 2021-1-22 20:55
对于DFT-D级别的计算，色散作用也属于非共价作用，这个NCI分析应该没法处理了吧？

我们测试过PBE-D3，对结果的影响并不是很显著。
作者
Author: sobereva    时间: 2021-1-23 06:41
granvia 发表于 2021-1-22 20:55
对于DFT-D级别的计算，色散作用也属于非共价作用，这个NCI分析应该没法处理了吧？

一般意义的NCI是基于电子密度做的，DFT-D不影响密度分布
至于诸如VV10那种可以在迭代过程中影响密度的色散校正，对密度影响微乎其微
作者
Author: sobereva    时间: 2021-1-23 06:43
ggdh 发表于 2021-1-22 18:40
如果某个作用跨胞了，那Multiwfn默认是不支持这种作用的RDG分析吧，
这种情况下应该建立超胞然后用Multi ...

目前如此。我近期打算在计算密度时显式地考虑PBC，免得先扩胞了
作者
Author: renzhogn424    时间: 2021-1-23 08:17
太好了，非常详细的教程，欧拉老师能否提供一下 MoS2.pw.in  文件，好让我们这些想入门的人能够按照教程操练一下？
作者
Author: 欧拉角    时间: 2021-1-23 09:17
renzhogn424 发表于 2021-1-23 08:17
太好了，非常详细的教程，欧拉老师能否提供一下 MoS2.pw.in  文件，好让我们这些想入门的人能够按照教程操 ...


需要注意的是，vdW-DF3-opt2应该只有QE新版本能使用，如上面所述实际用PBE-D3BJ差异也不太大。 (, 下载次数 Times of downloads: 36)
作者
Author: granvia    时间: 2021-1-23 11:50
sobereva 发表于 2021-1-23 06:41
一般意义的NCI是基于电子密度做的，DFT-D不影响密度分布
至于诸如VV10那种可以在迭代过程中影响密度的色 ...

那是不是说基于电子密度的分析并不能用于解释色散作用？
作者
Author: sobereva    时间: 2021-1-23 15:18
granvia 发表于 2021-1-23 11:50
那是不是说基于电子密度的分析并不能用于解释色散作用？

基于电子密度做RDG分析，是可以图形化展现弱相互作用区域和强度的（只是“图形化展现”，不是“解释”本质）

从DFT原理上来讲，通过基态电子密度也是可以严格计算色散作用的，不过这和RDG不是一个范畴的事
作者
Author: renzhogn424    时间: 2021-1-23 16:59
欧拉角 发表于 2021-1-23 09:17
需要注意的是，vdW-DF3-opt2应该只有QE新版本能使用，如上面所述实际用PBE-D3BJ差异也不太大。

谢谢！了解，我用的就是6.7版本。待会上机试试
作者
Author: 只怪自己不聪明    时间: 2021-1-28 15:35
欧拉角 发表于 2021-1-22 14:16
这个工作是用QE的pp.x实现的。VASP要实现需要自己编写程序或者修改代码，虽然能做但是在这边公开分享不是 ...

大牛，可私信，期待大佬的成果共享，能够直接写进程序里
作者
Author: 风飞    时间: 2021-1-31 19:42
老师，您好，按照您的操作，我绘制了我体系的图，如下图所示，请问怎样才能不显示晶胞中的等值面呢？注：我在使用pwo2xsf将out文件转换成.xsf文件时出错了，所以是使用xcrysden 将out文件转换成xsf文件的
(, 下载次数 Times of downloads: 72)

作者
Author: 风飞    时间: 2021-1-31 19:54
sobereva 发表于 2021-1-22 17:41
Multiwfn可以载入CP2K的molden文件，回头我把代码改改支持考虑PBC，使得Multiwfn可以对CP2K的波函数做RDG分 ...

老师，请问关于Multiwfn做promolecular近似的RDG分析帖子的链接是？
作者
Author: 欧拉角    时间: 2021-1-31 23:12
风飞 发表于 2021-1-31 19:42
老师，您好，按照您的操作，我绘制了我体系的图，如下图所示，请问怎样才能不显示晶胞中的等值面呢？注：我 ...

pwo2xsf的设计不是很完善，如果-oc没办法转化可以试试-lc来从中取出最后一帧的结构，单点能计算有可能需要使用-ic来取出第一帧的结构才行。我在写这篇文章的时候没有考虑到要屏蔽区域。我的想法是这样的，也许可以把你关注的区域抠出来做promolecule的密度，然后写个python脚本根据这个密度数据范围来保留RDG的区域，但这不是唯一的做法。
作者
Author: 风飞    时间: 2021-2-1 11:06
欧拉角 发表于 2021-1-31 23:12
pwo2xsf的设计不是很完善，如果-oc没办法转化可以试试-lc来从中取出最后一帧的结构，单点能计算有可能需 ...

老师，您好，请问可以将plot_number=19和plot_number=20的输出文件保存为cube文件吗？然后使用http://bbs.keinsci.com/thread-16243-1-1.html  这个帖子中的方法来画？
作者
Author: 欧拉角    时间: 2021-2-1 11:31
风飞 发表于 2021-2-1 11:06
老师，您好，请问可以将plot_number=19和plot_number=20的输出文件保存为cube文件吗？然后使用http://bbs ...

可以的，output_format=6可以输出cube，但是我不能保证帖子的做法放到非正交的周期边界下一定可行。
作者
Author: sobereva    时间: 2021-2-1 20:38
风飞 发表于 2021-1-31 19:54
老师，请问关于Multiwfn做promolecular近似的RDG分析帖子的链接是？

使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
作者
Author: 卡开发发    时间: 2021-2-2 01:22
本帖最后由 卡开发发 于 2021-2-2 01:26 编辑
风飞 发表于 2021-2-1 11:06
老师，您好，请问可以将plot_number=19和plot_number=20的输出文件保存为cube文件吗？然后使用http://bbs ...

20楼的做法应该是可行的，这个其实会写一点脚本就能够实现，我按照这思路写了个程序，虽然可能不是很完善。大致操作步骤如下：1、按照你的结构应该是H2O@MgO(100)，以此为例，先用QE算得RDG和sign(lambda2)rho，直接作图会得到一个糟糕的结果。
(, 下载次数 Times of downloads: 70)

2、就以你的H2O为参考，把优化好的H2O@Mg(100)结构拷贝一份，然后删除基底MgO(100)，进行promolecule的密度计算（plot_num=0），因为这样比较节约时间。将这个等值面显示出来，调整到能够覆盖到所关注的区域，比如2e-4。


(, 下载次数 Times of downloads: 75)


3、使用我写的程序 (, 下载次数 Times of downloads: 18) 来将非关注区域进行屏蔽，使用方法是nci_screen.py -i RDG文件 -r H2O密度文件 -c 密度截断值（按照上述2e-4）> new.xsf。不过这个程序速度比较慢，格点文件写入硬盘可能会消耗不少时间。
4、将产生的new.xsf文件重新导入到vesta进行作图，如果还不能满意就把密度的截断值调整一下。
(, 下载次数 Times of downloads: 89)

最后还是得吐个槽，vesta的功能还是偏弱了一些。这个程序写的可能比较随便，就凑合用一下吧。其他可能的做法可能是写个脚本把xsf文件转换成grd文件拿到M$去分析，在M$可以在Display Style中调整Field的范围。问题本身不是个复杂的问题，就看自己愿不愿意动脑，总是等着别人提供现成的是不会有什么进步的。


作者
Author: 风飞    时间: 2021-2-2 08:36
卡开发发 发表于 2021-2-2 01:22
20楼的做法应该是可行的，这个其实会写一点脚本就能够实现，我按照这思路写了个程序，虽然可能不是很完善 ...

嗯，好的，谢谢老师，之前没怎么学过python这类的程序语言，所以有些吃力， 最近正在努力学习中，再次感谢
作者
Author: annaqz    时间: 2021-5-25 19:29
请教楼主和社长，如果是VASP计算的结果，想分析一下这种相互作用，该怎么做呢？
作者
Author: 欧拉角    时间: 2021-5-26 00:35
annaqz 发表于 2021-5-25 19:29
请教楼主和社长，如果是VASP计算的结果，想分析一下这种相互作用，该怎么做呢？

也许可以暂时试试看critic2.
作者
Author: annaqz    时间: 2021-5-27 12:44
好的，那我试一下，谢谢
作者
Author: ymeng    时间: 2022-11-22 21:44
annaqz 发表于 2021-5-27 12:44
好的，那我试一下，谢谢

您好，问下您的critic2可以正常使用吗？我make的时候一直报错
作者
Author: annaqz    时间: 2022-11-23 10:41
ymeng 发表于 2022-11-22 21:44
您好，问下您的critic2可以正常使用吗？我make的时候一直报错

我后面没用这个了，我也不知道咋回事呢
作者
Author: Sancho    时间: 2023-8-31 20:07
您好，请教您一下，我是想计算Pu(111) 表面吸附一个金属原子，然后查看RDG等值面观察相互作用情况。按照您的教程，操作后出现了很多红色的区域（P1），请问这是怎么回事儿呢？SCF输入文件已上传附件（F2）
作者
Author: 978142355    时间: 2023-8-31 20:45
Sancho 发表于 2023-8-31 20:07
您好，请教您一下，我是想计算Pu(111) 表面吸附一个金属原子，然后查看RDG等值面观察相互作用情况。按照您 ...

你的信息太少暂时没办法诊断，你可以把pp.in和格点文件xsf/cube通过网盘链接带上来。

首先等值面建议按照
Set the isosurface between 0.3 and 0.6 to plot the non-covalent interactions.

现在看上去图并没有经过填色，另外你可以在vesta当中style那一栏的volumetric data把show sections关掉，可能qe的pp.x的rdg并没有专门处理遮蔽的选项，所以图可能并不那么好看，只能先试着调整等值面。
作者
Author: Sancho    时间: 2023-8-31 20:59
978142355 发表于 2023-8-31 20:45
你的信息太少暂时没办法诊断，你可以把pp.in和格点文件xsf/cube通过网盘链接带上来。

首先等值面建议 ...

您好，十分感谢您的回答，链接附上还请您查看后指教。谢谢！链接：https://pan.baidu.com/s/1cFpACaYpg1zEHfDsFIbxqw?pwd=kabb
提取码：kabb
作者
Author: Sancho    时间: 2023-8-31 21:15
本帖最后由 Sancho 于 2023-8-31 21:19 编辑

按照您所说的，调整了一下vesta里面的选项，好像是好一点了。还请您帮我看看这样是否正常呢？@978142355
作者
Author: 978142355    时间: 2023-8-31 21:47
Sancho 发表于 2023-8-31 21:15
按照您所说的，调整了一下vesta里面的选项，好像是好一点了。还请您帮我看看这样是否正常呢？@978142355

这样已经正常了。我之前做过一些金属体系，应该就是差不多的样子。
作者
Author: Sancho    时间: 2023-8-31 22:05
978142355 发表于 2023-8-31 21:47
这样已经正常了。我之前做过一些金属体系，应该就是差不多的样子。

感谢您的解答，不过金属内部的RDG画出来是这样吗？感觉等值面过于圆润了。
作者
Author: 978142355    时间: 2023-8-31 22:52
Sancho 发表于 2023-8-31 22:05
感谢您的解答，不过金属内部的RDG画出来是这样吗？感觉等值面过于圆润了。

#18和#24楼做的也是金属体系，和你的比较接近。
作者
Author: Sancho    时间: 2023-10-16 21:29
您好，我在即将发表的工作中使用了您写的脚本，请问需要如何引用？
作者
Author: Sancho    时间: 2023-10-16 21:29
您好，我在即将发表的工作中使用了您写的脚本，请问需要如何引用？



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