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标题: 计算RMSD时是否需要对轨迹周期化 [打印本页]

作者
Author: lujun 时间: 2021-1-22 13:24
标题: 计算RMSD时是否需要对轨迹周期化
各位大神，
大家好！我现在使用MD模拟液相水体系，计算轨迹的RMSD。我有一个问题，在计算RMSD的时候是否需要对位置轨迹进行周期化呢？
谢谢大家！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-22 14:07
液态水体系算RMSD没有任何实际意义

作者
Author: lujun 时间: 2021-1-23 13:23

sobereva 发表于 2021-1-22 14:07
液态水体系算RMSD没有任何实际意义

谢谢sob大神！应该是对于刚性的体系，比如溶液中的蛋白质。这样其实不用对轨迹周期化。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-23 15:21
不管轨迹是否以PBC形式记录的，你计算RMSD前总得先做一下align，做完了都一样

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