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标题: 求助MDAnalysis中帧数比gromacs中多一帧 [打印本页]

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2021-1-22 15:06
标题: 求助MDAnalysis中帧数比gromacs中多一帧
我在gromacs 中一共保存了1000个帧数，使用MDAnalysis时 len（u.trajectory）发现是1001帧，多了一帧，请问这多出来的一帧是什么？是拓扑文件吗 u.Universe(gro,xtc)

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-22 17:47
用gmx check查看gmx的轨迹，确实是1000帧？注意第0帧对应初始结构

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2021-1-23 01:10

sobereva 发表于 2021-1-22 17:47
用gmx check查看gmx的轨迹，确实是1000帧？注意第0帧对应初始结构

Item       #frames Timestep (ps)
Step       1001 1
Time       1001 1
Lambda          0
Coords       1001 1
Velocities    0
Forces          0
Box          1001 1

请问老师，我记得以前导入VMD的时候都把第0帧给删了，那么如果gromacs内部做一些分析如msd  rdf等他是否也是忽略了第0帧？我们正常要的轨迹是不是忽略第0帧呢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-23 06:46

少年爱吃地三鲜发表于 2021-1-23 01:10
Item       #frames Timestep (ps)
Step       1001 1
Time       1001 1

VMD里先载入gro，再载入轨迹。载入轨迹前手动要删的是gro里面那一帧，并不删除轨迹的帧。轨迹还是1001帧（序号是0~1000）。

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2021-1-23 09:23

sobereva 发表于 2021-1-23 06:46
VMD里先载入gro，再载入轨迹。载入轨迹前手动要删的是gro里面那一帧，并不删除轨迹的帧。轨迹还是1001帧 ...

谢谢您老师！

作者
Author: HJC 时间: 2021-12-6 16:59

sobereva 发表于 2021-1-23 06:46
VMD里先载入gro，再载入轨迹。载入轨迹前手动要删的是gro里面那一帧，并不删除轨迹的帧。轨迹还是1001帧 ...

请问sob老师：
1.如何手动删除gro里面的第0帧呢？
2.您说第0帧指初始结构，是指模拟后的结构吗？（比如我一共126帧，载入VMD后127帧（0-126）。0与126是一致的）
谢谢老师！！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-7 04:40

HJC 发表于 2021-12-6 16:59
请问sob老师：
1.如何手动删除gro里面的第0帧呢？
2.您说第0帧指初始结构，是指模拟后的结构吗？（比如 ...

载入gro后，在VMD main窗口里选中这个体系，上面点右键选删除帧

gro里的结构和轨迹文件的最后一帧相同（但pbc的考虑方式不同。gro文件里的坐标对应-pbc mol情况，而轨迹文件默认对应-pbc atoms情况）

作者
Author: charmm36 时间: 2026-2-6 16:25

sobereva 发表于 2021-12-7 04:40
载入gro后，在VMD main窗口里选中这个体系，上面点右键选删除帧

gro里的结构和轨迹文件的最后一帧相同 ...

删除gro那个轨迹是在VMD右键弹出的删除对话框里First和Last都选0吗？

作者
Author: student0618 时间: 2026-2-7 03:09

charmm36 发表于 2026-2-6 16:25
删除gro那个轨迹是在VMD右键弹出的删除对话框里First和Last都选0吗？

是的，选0。其实先删除frame再加载轨迹也可以，就是小心别删整个object

作者
Author: charmm36 时间: 6 day ago

student0618 发表于 2026-2-7 03:09
是的，选0。其实先删除frame再加载轨迹也可以，就是小心别删整个object

好的，谢谢

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