计算化学公社

标题: 在gromacs中想要使用andersen温控，在mdp文件里要怎么设置呢？ [打印本页]

作者
Author: Kimmy 时间: 2021-1-22 17:34
标题: 在gromacs中想要使用andersen温控，在mdp文件里要怎么设置呢？
请问各位老师，在gromacs中想要使用andersen温控，在mdp文件里要怎么设置呢？当我设置integrator为md，tcoupl为andersen时会报错：

ERROR 1 [file npt.mdp]:
Andersen temperature control not supported for integrator md.

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-22 17:38
手册里说了This thermostat is also currently only possible with velocity Verlet algorithms。integrator = md对应的是leap-frog

作者
Author: Kimmy 时间: 2021-1-22 17:52

sobereva 发表于 2021-1-22 17:38
手册里说了This thermostat is also currently only possible with velocity Verlet algorithms。integrato ...

谢谢sob老师!我还有一个疑问，手册里velocity Verlet algorithms指md-vv和md-vv-avek，我试过之后还是一样的报错，还有一个新的报错是
ERROR 3 [file npt.mdp]:
for md-vv and md-vv-avek, can only use Berendsen and Martyna-Tuckerman-Tobias-Klein (MTTK) equations for pressure control; MTTK is equivalent to Parrinello-Rahman.

所以还想请问老师，是不是我的velocity Verlet algorithms理解错了，以及想要andersen温控的话，integrator应该设置为什么呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-22 20:51

Kimmy 发表于 2021-1-22 17:52
谢谢sob老师!我还有一个疑问，手册里velocity Verlet algorithms指md-vv和md-vv-avek，我试过之后还是一 ...

用md-vv不可能有问题。根据提示，需要加
nstcomm = 1
nstcalcenergy = 1

此时用berendsen压浴

作者
Author: Kimmy 时间: 2021-1-22 23:34

sobereva 发表于 2021-1-22 20:51
用md-vv不可能有问题。根据提示，需要加
nstcomm = 1
nstcalcenergy = 1

谢谢老师指导，但还是要麻烦老师，在我integrator设置为md-vv，nstcomm = 1，nstcalcenergy = 1，tcoupl=andersen, pcoupl=berensen之后，又报错了：
WARNING 1 [file npt.mdp]:
Using Berendsen pressure coupling invalidates the true ensemble for the thermostat

然后我又选择了pcoupl为MTTK,报错如下：
ERROR 1 [file tip3p.top, line 29]:
Constraints are not implemented with MTTK pressure control.

我又试了pcoupl=no，报错如下：
Fatal error:
Normal Andersen is currently not supported with constraints, use massive Andersen instead
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS

所以，andersen在gromacs里面是无法跑npt和nvt 吗？还是跟我的体系有关系呢？还是我哪里设置错了呢？谢谢老师了！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-23 06:24

Kimmy 发表于 2021-1-22 23:34
谢谢老师指导，但还是要麻烦老师，在我integrator设置为md-vv，nstcomm = 1，nstcalcenergy = 1，tcoupl= ...

warning=警告
error=报错

你加上-maxwarn 1无视warning就完了

作者
Author: Kimmy 时间: 2021-1-23 12:31

sobereva 发表于 2021-1-23 06:24
warning=警告
error=报错

谢谢sob老师！

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