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标题: 分子优化时，存在虚频 [打印本页]

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Author: icc-jly 时间: 2015-11-16 09:47
标题: 分子优化时，存在虚频
请问大家：我最近做了一些有机分子的高斯计算，气相计算时opt+freq，反应物和产物，没有虚频，但是，加上溶剂化（CPCM, DMSO）和弱作用DFT-D3(BJ)时，一直有一个小虚频（-8.3），换方法，多次优化，仍然存在虚频。想问的是这个虚频不消掉的情况下，这个能量值能用吗？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-11-16 14:47
本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-11-16 14:48 编辑

我没完全看明白你具体的优化过程是怎样的。要做频率分析的话freq和opt应当使用一样的路径，opt的时候就应当“加上溶剂化（CPCM, DMSO）和弱作用DFT-D3(BJ)”

如果这一点没错的话看：

Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278

作者
Author: 琦思2007 时间: 2015-11-16 14:49
有虚频说明结构并非处于势能面的局域极小点，我认为这个结构是不可取的。消除虚频的方法：http://sobereva.com/278。如果上述方法还有虚频，看一下虚频，将在频率中产生的原子的振动坐标加到相应的输入文件中。加的时候不一定要将坐标直接相加，可以选择权重f=0.1-1.0相加等。重新优化一下再试试。

作者
Author: milkxx 时间: 2015-11-16 14:54
这种计算时很容易产生小虚频的，最好用楼上的办法消除，鉴于你小虚频（-8.3），对能量影响比较小，消除后的能量与现在的能量应该相差不大

作者
Author: icc-jly 时间: 2015-11-16 15:46

琦思2007 发表于 2015-11-16 14:49
有虚频说明结构并非处于势能面的局域极小点，我认为这个结构是不可取的。消除虚频的方法：http://sobereva. ...

您好，opt里面写上tight，gdiis等我都做过了，有的出现反复震荡，有的正常走完，都是虚频消不掉。
你说的这个：将在频率中产生的原子的振动坐标加到相应的输入文件中，怎么做，分子很大，怎么能看出来那个位置振动产生的虚频？

作者
Author: savorw 时间: 2015-11-16 17:40
有时候这种小虚频是软件自已的问题, 称之为计算人工假像,特别是对这类分子又大又不好收敛的. Gaussain可能在小虚频方面比turbomole这些更严格.

作者
Author: icc-jly 时间: 2015-11-16 20:51
有的老师说：小虚频（-8.3），对能量影响比较小，消除后的能量与现在的能量应该相差不大，所以，我能直接用这个能量值吗？我不确定

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2015-11-16 21:13

icc-jly 发表于 2015-11-16 15:46
您好，opt里面写上tight，gdiis等我都做过了，有的出现反复震荡，有的正常走完，都是虚频消不掉。
你说 ...

震荡了就去解决震荡的问题。不是震荡了就不用了。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-17 00:26
把GD3BJ改成GD3，用opt=tight int=ultrafine再试。GD3BJ优化导致最后频率计算出现虚频是正常的，因为BJ阻尼在高斯里还没有准确的Hessian。

还不行的话，再把calcall加上。

作者
Author: icc-jly 时间: 2015-11-17 08:47

sobereva 发表于 2015-11-17 00:26
把GD3BJ改成GD3，用opt=tight int=ultrafine再试。GD3BJ优化导致最后频率计算出现虚频是正常的，因为BJ阻尼 ...

您好，我是看了您的帖子，知道DFT-D3BJ的方法比DFT-D3的方法好，所以整体采用的D3BJ的方法。已经完成了大部分的优化计算，只有3个分子在能量优化时，有虚频（-8.3），并且opt=tight, calcall等都计算过，还是有这个小虚频。既然，虚频小，对能量影响比较小，消除后的能量与现在的能量应该相差不大，我能直接用这个值吗？因为重新更改方法计算量太大了，并且对于弱作用的计算也不好。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-17 09:27

icc-jly 发表于 2015-11-17 08:47
您好，我是看了您的帖子，知道DFT-D3BJ的方法比DFT-D3的方法好，所以整体采用的D3BJ的方法。已经完成了大 ...

BJ比零阻尼在能量计算上强一点，不代表几何优化它就有什么可察觉得到的优势，更何况能量对几何结构根本就不敏感。
先用零阻尼试试就看是否是这个原因造成的

作者
Author: icc-jly 时间: 2015-11-18 09:00

sobereva 发表于 2015-11-17 09:27
BJ比零阻尼在能量计算上强一点，不代表几何优化它就有什么可察觉得到的优势，更何况能量对几何结构根本就 ...

您好，我根据您的建议：用GD3的方法优化，加上opt=tight int=ultrafine,结果：虚频消失。能否在这个结构的基础上，继续用GD3BJ优化试试？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-11-18 09:13

icc-jly 发表于 2015-11-18 09:00
您好，我根据您的建议：用GD3的方法优化，加上opt=tight int=ultrafine,结果：虚频消失。能否在这个结构 ...

可以一试，但我估计还是会有虚频，主要是GD3BJ由于没有解析Hessian，算解析频率的时候实际上和几何优化不严格对应。如果你用GD3BJ继续优化发现结构也没什么改变，而且你的目的只是计算相互作用能，那么虚频就不管它就完了。

作者
Author: icc-jly 时间: 2015-11-18 09:24

sobereva 发表于 2015-11-18 09:13
可以一试，但我估计还是会有虚频，主要是GD3BJ由于没有解析Hessian，算解析频率的时候实际上和几何优化 ...

好的，我提交了几个作业，先看看结果如何。谢谢您的帮助

作者
Author: icc-jly 时间: 2015-11-18 17:08

sobereva 发表于 2015-11-18 09:13
可以一试，但我估计还是会有虚频，主要是GD3BJ由于没有解析Hessian，算解析频率的时候实际上和几何优化 ...

您好，正如您所说，优化的结果是有虚频的，但结构基本不变。

作者
Author: 珊珊来迟 时间: 2016-9-3 22:03
您好，请问您的问题解决了么？我最近也遇到了这个问题，也是一直有一个-8.3左右的虚频。我看有回复说有这个虚频能量差别不大？那我可以用这个结构继续后边的计算么？

作者
Author: lanthanum 时间: 2019-11-29 00:00
本帖最后由 lanthanum 于 2019-11-29 00:25 编辑

请问，现在的G16 A03的GD3BJ有没有解析Hessian？
如果还没有，课题从开始全部的opt freq就都用零阻尼，是否比较稳妥？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-29 09:52

lanthanum 发表于 2019-11-29 00:00
请问，现在的G16 A03的GD3BJ有没有解析Hessian？
如果还没有，课题从开始全部的opt freq就都用零阻尼，是 ...

有

作者
Author: lanthanum 时间: 2019-11-29 09:55

sobereva 发表于 2019-11-29 09:52
有

哈，太好了，谢谢！

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