计算化学公社

标题: 求助：gromacs如何生成原子受力分布图 [打印本页]

作者
Author: DwyaneWan 时间: 2021-1-22 22:40
标题: 求助：gromacs如何生成原子受力分布图
最近用gromacs研究每个原子得受力情况，看到别人论文力有这样也有类似得云图生成。我也按照sob老师在http://sobereva.com/36这篇博文中通过trr文件提取出每个原子得受力。然后我得思路是用gmx densmap得出xy轴坐标，然后将原子受力对应上，后来发现无法对应上，所以想请问sob老师和各位老师有什么办法可以得到如图中所示得原子在SMD过程中受力分布云图呢？谢谢各位老师

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-23 06:23
没现成的工具，只能自己写程序分析

作者
Author: DwyaneWan 时间: 2021-1-23 10:45

sobereva 发表于 2021-1-23 06:23
没现成的工具，只能自己写程序分析

Sob老师，如果要写的话，VMD能否实现呢

作者
Author: lyj714 时间: 2021-1-23 11:41
请问这个图是哪篇文章？另外它这个图是对一帧结构做分析，还是对整段轨迹？

作者
Author: DwyaneWan 时间: 2021-1-23 13:04

lyj714 发表于 2021-1-23 11:41
请问这个图是哪篇文章？另外它这个图是对一帧结构做分析，还是对整段轨迹？

https://doi.org/10.1073/pnas.1800098115
看他的支撑材料是对每一帧进行分析的

作者
Author: shizhao 时间: 2021-7-15 08:51
您好！想请教一下原子的力怎么输出，我的trr轨迹文件只能输出坐标x和速度v，需要改动什么地方，或者有其他什么方法，谢谢
！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-18 01:36

shizhao 发表于 2021-7-15 08:51
您好！想请教一下原子的力怎么输出，我的trr轨迹文件只能输出坐标x和速度v，需要改动什么地方，或者有其他 ...

mdp里必须设nstfout才能让trr里记录受力信息，从而之后提取

作者
Author: shizhao 时间: 2021-7-19 21:49
本帖最后由 shizhao 于 2021-7-20 15:20 编辑

谢谢老师！！没有想到改mdp了，光想着要改dump头文件什么了。

作者
Author: yjb 时间: 2022-4-2 19:47

sobereva 发表于 2021-7-18 01:36
mdp里必须设nstfout才能让trr里记录受力信息，从而之后提取

老师，原子的力是什么命令能够提取出来呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-3 20:28

yjb 发表于 2022-4-2 19:47
老师，原子的力是什么命令能够提取出来呢？

看你想以什么形式提取
gmx traj和gmx dump都可以实现

作者
Author: Plat1num 时间: 2025-11-17 22:01

sobereva 发表于 2021-7-18 01:36
mdp里必须设nstfout才能让trr里记录受力信息，从而之后提取

sob老师您好，我在mdp里设了nstxout,nstvout,nstfout,但trr里只有x，v的信息，没有受力信息是什么原因？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-18 02:28

Plat1num 发表于 2025-11-17 22:01
sob老师您好，我在mdp里设了nstxout,nstvout,nstfout,但trr里只有x，v的信息，没有受力信息是什么原因？

要么没设对，要么理解错误。说清楚具体怎么设的、怎么判断的没有受力信息

作者
Author: Plat1num 时间: 2025-11-18 08:23

sobereva 发表于 2025-11-18 02:28
要么没设对，要么理解错误。说清楚具体怎么设的、怎么判断的没有受力信息

mdp文件如下，我用"gmx trjconv -f 100ps.trr -dt 100 -o 2.trr"命令把100ps的轨迹提取出两帧出来到2.trr，然后用"gmx dump -f 2.trr > info.out"命令，从info.out里面只看到x，v的信息。由于用2.trr 生成的 info.out太大，我附件给出了只记录磷原子P的info.out文件。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-18 10:01

Plat1num 发表于 2025-11-18 08:23
mdp文件如下，我用"gmx trjconv -f 100ps.trr -dt 100 -o 2.trr"命令把100ps的轨迹提取出两帧出来到2.trr ...

先用gmx check -f [trr文件]检查里面的内容，如果显示有受力，尝试gmx dump对完整轨迹进行处理，在里面找

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