计算化学公社

标题: 求助分子动力学模拟计算沸点的原理和操作 [打印本页]

作者
Author: fwan1006 时间: 2021-1-23 11:52
标题: 求助分子动力学模拟计算沸点的原理和操作
请问一下用分子动力学模拟计算沸点是怎么样一个原理啊？
具体操作应该是什么样的呢？

我最近用苯的纯物质练手的时候发现把温度设定在快接近它的沸点时，最后算出来的密度就和实验值差距非常大。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-23 14:37
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“模拟计算沸点”改了，以后务必注意，下次将扣分处理。

作者
Author: fwan1006 时间: 2021-1-25 09:48

sobereva 发表于 2021-1-23 14:37
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，避免 ...

不好意思疏忽了。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-26 19:25
弄个气液界面体系做NVT模拟，每提升一点参考温度就重新跑一次模拟，看什么温度下分子全面气化

作者
Author: bobosiji 时间: 2021-1-27 10:19
这个模拟跑NVT的话，V是根据气化后气体的状态方程算的么？
因为有界面，所以跑NPT不合适？多谢提点~

作者
Author: fwan1006 时间: 2021-3-12 14:57

sobereva 发表于 2021-1-26 19:25
弄个气液界面体系做NVT模拟，每提升一点参考温度就重新跑一次模拟，看什么温度下分子全面气化

谢谢SOB老师，再请问一下这就是用MD模拟体系沸点的常用方法吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-13 06:00

fwan1006 发表于 2021-3-12 14:57
谢谢SOB老师，再请问一下这就是用MD模拟体系沸点的常用方法吗？

是

作者
Author: fwan1006 时间: 2021-3-15 19:47

sobereva 发表于 2021-1-26 19:25
弄个气液界面体系做NVT模拟，每提升一点参考温度就重新跑一次模拟，看什么温度下分子全面气化

SOB老师，请问一下设计这个气液界面的意义是什么？
因为我之前模拟的时候初始给的构象是液态的，没有用界面，温度高了之后跑完模拟就完全汽化了，盒子体积膨胀的特别大，所以是不是只需要用液态的初始结构然后慢慢提升参考温度这个参数看它什么时候完全气化就好了？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-16 07:01

fwan1006 发表于 2021-3-15 19:47
SOB老师，请问一下设计这个气液界面的意义是什么？
因为我之前模拟的时候初始给的构象是液态的，没有用 ...

盒子变化剧烈，很容易动力学不稳定

作者
Author: xylz6188 时间: 2022-4-30 20:46

sobereva 发表于 2021-1-26 19:25
弄个气液界面体系做NVT模拟，每提升一点参考温度就重新跑一次模拟，看什么温度下分子全面气化

Sob老师您好，气液界面的气相怎么把压力控制在100kPa，这个气体填充是根据理想气体状态方程式来估算填充的气体分子个数么？理想状况和真实情况的差别这怎么处理才更合理？

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2022-5-1 02:49

xylz6188 发表于 2022-4-30 20:46
Sob老师您好，气液界面的气相怎么把压力控制在100kPa，这个气体填充是根据理想气体状态方程式来估算填充 ...

你如果很在乎压强的影响，就用另一种模拟办法：先在NPT系综下模拟液体凝聚相，平衡后把盒子在每个方向上的尺寸都扩大一些（例如平衡后盒子尺寸8*8*8 nm^3，则可以扩大到30*30*30 nm^3），然后在NVT系综下运行不同温度的一系列模拟（相当于模拟液滴+饱和蒸汽），提取平衡时的压强，找到与你想考察的压强最接近者，即可看作沸点BP。

作者
Author: xylz6188 时间: 2022-5-1 06:51

Entropy.S.I 发表于 2022-5-1 02:49
你如果很在乎压强的影响，就用另一种模拟办法：先在NPT系综下模拟液体凝聚相，平衡后把盒子在每个方向上 ...

谢谢。我还有一点不理解，如果我们在NPT系综下模拟得常温常压下的密度，如果把晶胞尺寸从周围扩大，相当于密度变小了，那此时做NVT系综模拟后，怎样测定压力？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-1 14:44

xylz6188 发表于 2022-5-1 06:51
谢谢。我还有一点不理解，如果我们在NPT系综下模拟得常温常压下的密度，如果把晶胞尺寸从周围扩大，相当 ...

NVT模拟之后用gmx energy提取数据可以得到各个方向平均压力
不同盒子尺寸分别跑NVT，得到盒子尺寸与压力的关系曲线并拟合，就可以得知维持特定压力需要的准确盒子尺寸

作者
Author: xylz6188 时间: 2022-5-1 21:18

sobereva 发表于 2022-5-1 14:44
NVT模拟之后用gmx energy提取数据可以得到各个方向平均压力
不同盒子尺寸分别跑NVT，得到盒子尺寸与压力 ...

谢谢sob，我试试

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