计算化学公社

标题: 求助DLPNO-CCSD(T)/def2-TZVPP–CPCM(THF)计算 [打印本页]

作者
Author: 498746012 时间: 2021-1-23 12:10
标题: 求助DLPNO-CCSD(T)/def2-TZVPP–CPCM(THF)计算
sob老师打扰了，有两个问题：一是DLPNO-CCSD(T)/def2-TZVPP–CPCM(THF)计算对于100个原子有一个3d金属，需要分配多少个核，每个核多少内存呀？我的服务器是36核180G内存；二是基于DFT优化好的结构用DLPNO-CCSD(T)/def2-TZVPP–CPCM(THF)算单点，把DFT优化频率计算的Gibbs校正值加上DLPNO-CCSD(T)溶剂中的单点得到溶质的自由能，它没有计算溶解自由能，这样的计算可信吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-1-23 12:54
核分配十几个吧，每个核分配的内存乘以核数等于总内存的80%左右比较好

作者
Author: 498746012 时间: 2021-1-23 13:28

wzkchem5 发表于 2021-1-23 12:54
核分配十几个吧，每个核分配的内存乘以核数等于总内存的80%左右比较好

谢谢老师

作者
Author: biogon 时间: 2021-1-23 13:37
180g内存给18核可能都够呛

作者
Author: 498746012 时间: 2021-1-23 13:51

biogon 发表于 2021-1-23 13:37
180g内存给18核可能都够呛

谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-23 14:45
如果最终是要拿自由能说事，最好还是单点在气相下算，溶解自由能单独在M05-2X/6-31G*下结合SMD算
CPCM根本没考虑溶解自由能中的非极性部分

作者
Author: 498746012 时间: 2021-1-23 15:04

sobereva 发表于 2021-1-23 14:45
如果最终是要拿自由能说事，最好还是单点在气相下算，溶解自由能单独在M05-2X/6-31G*下结合SMD算
CPCM根本 ...

谢谢sob老师

作者
Author: niobium 时间: 2021-1-23 17:37

498746012 发表于 2021-1-23 15:04
谢谢sob老师

请问sob老师，如果要得到隐式溶剂模型下的自由能，应该是用气相下的自由能加上溶解自由能，假设气相下的自由能是用“普通人”的做法，小基组优化并做频率计算得自由能校正，再加上大基组的单点，那这时如何体现溶剂对分子结构的影响呢？

如果结构优化时加上了隐式溶剂模型，如何得到气相的自由能以及最终的自由能呢？总感觉这里不能两方面兼顾。

作者
Author: 冰释之川 时间: 2021-1-23 17:43

niobium 发表于 2021-1-23 17:37
请问sob老师，如果要得到隐式溶剂模型下的自由能，应该是用气相下的自由能加上溶解自由能，假设气相下的 ...

用溶剂下的结构做freq获得自由能校正量，再加上该结构下的高精度单点能(不加溶剂)，得到“气相下的自由能”

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-1-23 18:11

niobium 发表于 2021-1-23 17:37
请问sob老师，如果要得到隐式溶剂模型下的自由能，应该是用气相下的自由能加上溶解自由能，假设气相下的 ...

这里的逻辑是这样的
SMD等溶剂模型的参数是针对气相结构来拟合的，但是拟合时用到的benchmark分子都是气相结构和溶剂中的结构没有显著区别的分子
所以当你的分子也是气相和溶剂相没有显著区别时，用气相结构更加严格，否则和SMD溶剂模型拟合的条件不符
而如果你的分子的气相和溶剂相结构差别很大，那么忽略溶剂对结构的影响所带来的误差会大于计算条件与拟合条件不符所带来的误差，此时应该加溶剂模型优化，两害相权取其轻

作者
Author: niobium 时间: 2021-1-23 18:14

wzkchem5 发表于 2021-1-23 18:11
这里的逻辑是这样的
SMD等溶剂模型的参数是针对气相结构来拟合的，但是拟合时用到的benchmark分子都是气 ...

学习了

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