计算化学公社

标题: VMD使用Jmol风格的颜色策略 [打印本页]
作者
Author: slxc920113    时间: 2021-1-24 14:48
标题: VMD使用Jmol风格的颜色策略
关于Jmol的颜色可以参考官网的手册：http://jmol.sourceforge.net/jscolors/

VMD中使用Jmol的颜色，为了防止和默认的颜色冲突，没有直接修改原来的色号的RGB，而是直接定义了一些更高序号的颜色

  1. color change rgb 101 1.00 1.00 1.00
  2. color change rgb 102 0.85 1.00 1.00
  3. color change rgb 103 0.80 0.50 1.00
  4. color change rgb 104 0.76 1.00 0.00
  5. color change rgb 105 1.00 0.71 0.71
  6. color change rgb 106 0.56 0.56 0.56
  7. color change rgb 107 0.19 0.31 0.97
  8. color change rgb 108 1.00 0.05 0.05
  9. color change rgb 109 0.56 0.88 0.31
  10. color change rgb 110 0.70 0.89 0.96
  11. color change rgb 111 0.67 0.36 0.95
  12. color change rgb 112 0.54 1.00 0.00
  13. color change rgb 113 0.75 0.65 0.65
  14. color change rgb 114 0.94 0.78 0.63
  15. color change rgb 115 1.00 0.50 0.00
  16. color change rgb 116 1.00 1.00 0.19
  17. color change rgb 117 0.12 0.94 0.12
  18. color change rgb 118 0.50 0.82 0.89
  19. color change rgb 119 0.56 0.25 0.83
  20. color change rgb 120 0.24 1.00 0.00
  21. color change rgb 121 0.90 0.90 0.90
  22. color change rgb 122 0.75 0.76 0.78
  23. color change rgb 123 0.65 0.65 0.67
  24. color change rgb 124 0.54 0.60 0.78
  25. color change rgb 125 0.61 0.48 0.78
  26. color change rgb 126 0.88 0.40 0.20
  27. color change rgb 127 0.94 0.56 0.63
  28. color change rgb 128 0.31 0.82 0.31
  29. color change rgb 129 0.78 0.50 0.20
  30. color change rgb 130 0.49 0.50 0.69
  31. color change rgb 131 0.76 0.56 0.56
  32. color change rgb 132 0.40 0.56 0.56
  33. color change rgb 133 0.74 0.50 0.89
  34. color change rgb 134 1.00 0.63 0.00
  35. color change rgb 135 0.65 0.16 0.16
  36. color change rgb 136 0.36 0.72 0.82
  37. color change rgb 137 0.44 0.18 0.69
  38. color change rgb 138 0.00 1.00 0.00
  39. color change rgb 139 0.58 1.00 1.00
  40. color change rgb 140 0.58 0.88 0.88
  41. color change rgb 141 0.45 0.76 0.79
  42. color change rgb 142 0.33 0.71 0.71
  43. color change rgb 143 0.23 0.62 0.62
  44. color change rgb 144 0.14 0.56 0.56
  45. color change rgb 145 0.04 0.49 0.55
  46. color change rgb 146 0.00 0.41 0.52
  47. color change rgb 147 0.75 0.75 0.75
  48. color change rgb 148 1.00 0.85 0.56
  49. color change rgb 149 0.65 0.46 0.45
  50. color change rgb 150 0.40 0.50 0.50
  51. color change rgb 151 0.62 0.39 0.71
  52. color change rgb 152 0.83 0.48 0.00
  53. color change rgb 153 0.58 0.00 0.58
  54. color change rgb 154 0.26 0.62 0.69
  55. color change rgb 155 0.34 0.09 0.56
  56. color change rgb 156 0.00 0.79 0.00
  57. color change rgb 157 0.44 0.83 1.00
  58. color change rgb 158 1.00 1.00 0.78
  59. color change rgb 159 0.85 1.00 0.78
  60. color change rgb 160 0.78 1.00 0.78
  61. color change rgb 161 0.64 1.00 0.78
  62. color change rgb 162 0.56 1.00 0.78
  63. color change rgb 163 0.38 1.00 0.78
  64. color change rgb 164 0.27 1.00 0.78
  65. color change rgb 165 0.19 1.00 0.78
  66. color change rgb 166 0.12 1.00 0.78
  67. color change rgb 167 0.00 1.00 0.61
  68. color change rgb 168 0.00 0.90 0.46
  69. color change rgb 169 0.00 0.83 0.32
  70. color change rgb 170 0.00 0.75 0.22
  71. color change rgb 171 0.00 0.67 0.14
  72. color change rgb 172 0.30 0.76 1.00
  73. color change rgb 173 0.30 0.65 1.00
  74. color change rgb 174 0.13 0.58 0.84
  75. color change rgb 175 0.15 0.49 0.67
  76. color change rgb 176 0.15 0.40 0.59
  77. color change rgb 177 0.09 0.33 0.53
  78. color change rgb 178 0.82 0.82 0.88
  79. color change rgb 179 1.00 0.82 0.14
  80. color change rgb 180 0.72 0.72 0.82
  81. color change rgb 181 0.65 0.33 0.30
  82. color change rgb 182 0.34 0.35 0.38
  83. color change rgb 183 0.62 0.31 0.71
  84. color change rgb 184 0.67 0.36 0.00
  85. color change rgb 185 0.46 0.31 0.27
  86. color change rgb 186 0.26 0.51 0.59
  87. color change rgb 187 0.26 0.00 0.40
  88. color change rgb 188 0.00 0.49 0.00
  89. color change rgb 189 0.44 0.67 0.98
  90. color change rgb 190 0.00 0.73 1.00
  91. color change rgb 191 0.00 0.63 1.00
  92. color change rgb 192 0.00 0.56 1.00
  93. color change rgb 193 0.00 0.50 1.00
  94. color change rgb 194 0.00 0.42 1.00
  95. color change rgb 195 0.33 0.36 0.95

  97. #Element
  98. color Element H  101
  99. color Element He 102
  100. color Element Li 103
  101. color Element Be 104
  102. color Element B  105
  103. color Element C  106
  104. color Element N  107
  105. color Element O  108
  106. color Element F  109
  107. color Element Ne 110
  108. color Element Na 111
  109. color Element Mg 112
  110. color Element Al 113
  111. color Element Si 114
  112. color Element P  115
  113. color Element S  116
  114. color Element Cl 117
  115. color Element Ar 118
  116. color Element K  119
  117. color Element Ca 120
  118. color Element Sc 121
  119. color Element Ti 122
  120. color Element V  123
  121. color Element Cr 124
  122. color Element Mn 125
  123. color Element Fe 126
  124. color Element Co 127
  125. color Element Ni 128
  126. color Element Cu 129
  127. color Element Zn 130
  128. color Element Ga 131
  129. color Element Ge 132
  130. color Element As 133
  131. color Element Se 134
  132. color Element Br 135
  133. color Element Kr 136
  134. color Element Rb 137
  135. color Element Sr 138
  136. color Element Y  139
  137. color Element Zr 140
  138. color Element Nb 141
  139. color Element Mo 142
  140. color Element Tc 143
  141. color Element Ru 144
  142. color Element Rh 145
  143. color Element Pd 146
  144. color Element Ag 147
  145. color Element Cd 148
  146. color Element In 149
  147. color Element Sn 150
  148. color Element Sb 151
  149. color Element Te 152
  150. color Element I  153
  151. color Element Xe 154
  152. color Element Cs 155
  153. color Element Ba 156
  154. color Element La 157
  155. color Element Ce 158
  156. color Element Pr 159
  157. color Element Nd 160
  158. color Element Pm 161
  159. color Element Sm 162
  160. color Element Eu 163
  161. color Element Gd 164
  162. color Element Tb 165
  163. color Element Dy 166
  164. color Element Ho 167
  165. color Element Er 168
  166. color Element Tm 169
  167. color Element Yb 170
  168. color Element Lu 171
  169. color Element Hf 172
  170. color Element Ta 173
  171. color Element W  174
  172. color Element Re 175
  173. color Element Os 176
  174. color Element Ir 177
  175. color Element Pt 178
  176. color Element Au 179
  177. color Element Hg 180
  178. color Element Tl 181
  179. color Element Pb 182
  180. color Element Bi 183
  181. color Element Po 184
  182. color Element At 185
  183. color Element Rn 186
  184. color Element Fr 187
  185. color Element Ra 188
  186. color Element Ac 189
  187. color Element Th 190
  188. color Element Pa 191
  189. color Element U  192
  190. color Element Np 193
  191. color Element Pu 194
  192. color Element Am 195

  194. #Name
  195. color Name H  101
  196. color Name O  108
  197. color Name N  107
  198. color Name C  106
  199. color Name S  116
  200. color Name P  115
  201. color Name L  103
  202. color Name F  109

  204. #Type
  205. color Type H  101
  206. color Type O  108
  207. color Type N  107
  208. color Type C  106
  209. color Type S  116
  210. color Type P  115
  211. color Type L  103
  212. color Type F  109

  214. color change rgb 201 0.78 0.78 0.78
  215. color change rgb 202 0.08 0.35 1.00
  216. color change rgb 203 0.00 0.86 0.86
  217. color change rgb 204 0.90 0.04 0.04
  218. color change rgb 205 0.90 0.90 0.00
  219. color change rgb 206 0.00 0.86 0.86
  220. color change rgb 207 0.90 0.04 0.04
  221. color change rgb 208 0.92 0.92 0.92
  222. color change rgb 209 0.51 0.51 0.82
  223. color change rgb 210 0.06 0.51 0.06
  224. color change rgb 211 0.06 0.51 0.06
  225. color change rgb 212 0.08 0.35 1.00
  226. color change rgb 213 0.90 0.90 0.00
  227. color change rgb 214 0.20 0.20 0.67
  228. color change rgb 215 0.86 0.59 0.51
  229. color change rgb 216 0.98 0.59 0.00
  230. color change rgb 217 0.98 0.59 0.00
  231. color change rgb 218 0.71 0.35 0.71
  232. color change rgb 219 0.20 0.20 0.67
  233. color change rgb 220 0.06 0.51 0.06
  234. color change rgb 221 1.00 0.41 0.71
  235. color change rgb 222 1.00 0.41 0.71

  237. #Resname
  238. color Resname ALA 201
  239. color Resname ARG 202
  240. color Resname ASN 203
  241. color Resname ASP 204
  242. color Resname CYS 205
  243. color Resname GLN 206
  244. color Resname GLU 207
  245. color Resname GLY 208
  246. color Resname HIS 209
  247. color Resname ILE 210
  248. color Resname LEU 211
  249. color Resname LYS 212
  250. color Resname MET 213
  251. color Resname PHE 214
  252. color Resname PRO 215
  253. color Resname SER 216
  254. color Resname THR 217
  255. color Resname TRP 218
  256. color Resname TYR 219
  257. color Resname VAL 220
复制代码


在VMD的安装路径下找到vmd.rc，用记事本打开然后把上面的这些代码复制粘贴到后面，保存然后启动VMD即可生效

如果觉得内容太长影响vmd.rc的管理的化，也可以将上述内容保存为一个独立的tcl脚本，在vmd.rc中引用这个脚本。

例如我的VMD安装在D:\Software\VMD路径下，将上述脚本内容保存为JmolColor.tcl文件，然后再在vmd.rc中添加如下语句引用这个脚本。
  1. source {D:\Software\VMD\JmolColor.tcl}
复制代码


作者
Author: tjuptz    时间: 2021-3-2 20:19
本帖最后由 tjuptz 于 2021-3-6 14:50 编辑

请问，我按照楼主的方法做了后，打开vmd为啥显示Unable to change color name？已解决，加载分子后再source这个文件就可以了
作者
Author: 阳光下的尘    时间: 2021-4-24 15:24
可以把脚本中201，202和211，212这四行注释掉。这样就不会出现Unable to change color name的提示了。因为vmd的name和type预置的类型中，没有L和F
作者
Author: slxc920113    时间: 2021-8-8 13:45
阳光下的尘 发表于 2021-4-24 15:24
可以把脚本中201，202和211，212这四行注释掉。这样就不会出现Unable to change color name的提示了。因为v ...

可以增加预设的Name和Type。
进入VMD的安装路径，找到scripts/vmd文件夹下面的colordefs.dat文件，用记事本打开，然后新增自己需要的Name、Type、Element或者ResName，不过这儿只能使用程序默认的几种颜色。
  1. Name   H   white
  2. Name   O   red
  3. Name   N   blue
  4. Name   C   cyan
  5. Name   S   yellow
  6. Name   P   orange
  7. Name   L   purple
  8. Name   Z   silver
  9. Name   A   orange3
  10. Name   B   pink
  11. Name   F   lime

  13. Type   H   white
  14. Type   O   red
  15. Type   N   blue
  16. Type   C   cyan
  17. Type   S   yellow
  18. Type   P   orange
  19. Type   L   purple
  20. Type   Z   silver
  21. Type   A   orange3
  22. Type   B   pink
  23. Type   F   lime
复制代码
作者
Author: nianbin    时间: 2021-8-19 18:36
老师好，请问一般RGB都是一百多，VMD中都是0.几，荧光如何转换呢
作者
Author: cokoy    时间: 2021-8-19 20:00
nianbin 发表于 2021-8-19 18:36
老师好，请问一般RGB都是一百多，VMD中都是0.几，荧光如何转换呢

除以255
作者
Author: Aridea    时间: 2021-10-19 18:26
感谢楼主分享，我试了一下自己体系，因为里有Na原子，不知为啥这个Na显示的有点像小一号的N，小个头，深蓝色。
修改配色后，菜单里的color里elements name好像改变不了配色了。不知道怎么才能把Na显示成正常的紫色，然后个头大一些
作者
Author: hmj    时间: 2022-5-11 14:27
谢谢分享 我转了几个常用的元素就用了好长的时间
作者
Author: JohnCase    时间: 2025-8-13 11:16
请教一个问题，
一个帖子中提到“VMD自带了33种颜色, 可以改变它们的值, 但无法添加新的颜色”。
我执行了这些颜色脚本后确实也没看到大于32的colorid。应该需要其他操作？
作者
Author: sobereva    时间: 2025-8-13 16:55
JohnCase 发表于 2025-8-13 11:16
请教一个问题，
这个帖子   中提到“VMD自带了33种颜色, 可以改变它们的值, 但无法添加新的颜色”。
我执 ...

可以自定义新颜色，看北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）详细讲VMD脚本编写部分的这页幻灯片：

(, 下载次数 Times of downloads: 17)
作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-8-13 19:30
JohnCase 发表于 2025-8-13 11:16
请教一个问题，
这个帖子   中提到“VMD自带了33种颜色, 可以改变它们的值, 但无法添加新的颜色”。
我执 ...

大于32的颜色序号当然存在，colorinfo rgb {id}指令里{id}的范围不是(colorinfo num返回值减1)，而是(colorinfo max返回值减1)。我在用matplotlib或gnuplot给VMD定义渐变色标尺一帖说了，33-1056号颜色是给渐变色用的。

我觉得有必要重复另一个回答帖里我的提醒：一切像本帖1楼这样用VMD指令修改33-1056号颜色的脚本需谨慎使用，均有与其他需要渐变色的场景掺杂冲突的风险，特别是像http://sobereva.com/443那样渲染填色等值面与像http://sobereva.com/425那样按原子数值着色这两种场景。
作者
Author: nianbin    时间: 2025-10-11 15:03
请问各位老师，source了这个tcl之后，再做ESP的图，就不能识别原子的颜色了，应该如何解决，谢谢
作者
Author: pal    时间: 2025-10-11 19:25
nianbin 发表于 2025-10-11 15:03
请问各位老师，source了这个tcl之后，再做ESP的图，就不能识别原子的颜色了，应该如何解决，谢谢

换一下顺序，先ESP，后source



欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3