计算化学公社

标题: 求助：gamess 并行计算能量分解（FMO方法）出错 [打印本页]

作者
Author: zheny1379 时间: 2021-1-25 22:15
标题: 求助：gamess 并行计算能量分解（FMO方法）出错
我用FMO方法（碎片分子轨道方法）计算蛋白和配体的相互作用，在gamess计算正常，但是加上溶剂PCM溶剂模型计算时，输出文件不断写入这样的语句：DDI Process 1 (1): semop return an error performing 1 operation(s) on semid 7864326. semop errno=EINVAL.
在输出文件中出现上万条上述错误，最终有几百兆。

问题：同样的输入文件，在单核计算正常，并行出现错误，而且是加上了PCM溶剂模型。但是出错的地方是SCF自洽过程中。

以下是输入：
!*** FMO 5.2 (Gamess) INPUT generated by Facio 20.1.3 ***
$CONTRL RUNTYP=ENERGY NPRINT=-5 ISPHER=1 MAXIT=200 $END
$SYSTEM MWORDS=100 MEMDDI=6000 $END
$GDDI NGROUP=1 $END
$INTGRL NINTIC=-9000000 $END
$SCF DIRSCF=.FALSE. NPUNCH=0 diis=.f. soscf=.t. $END
$PCM SOLVNT=WATER IEF=-10 ICOMP=2 ICAV=1 IDISP=0 IFMO=2 $END
$PCMCAV RADII=SUAHF $END
$TESCAV NTSALL=240 $END
$FMOEFP NLEVEL=2 $END
$FMOPRP
NAODIR=200
NGRFMO(1)=1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0
IPIEDA=1
NPRINT=9
NPCMIT=2

尝试解决的办法：
（1）MWORDS=100 MEMDDI=6000 这两个参数都改过，不见效。
（2）网上看到另外的解决办法是跟用多少个核算有关。

不知道如何解决，请大家帮我看下问题是出在哪里

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-1-25 22:23
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-1-25 22:29 编辑

你应该把最开始的几行报错信息贴出来，用论坛上的插入代码功能，让大家看得更清楚，只给一句太少了，而且也不知道是不是最开始的报错信息。另外，应交待你的GAMESS版本.

你可以在这https://github.com/gms-bbg/faq搜semop，然后按照那个问题的回答操作一下，看管不管用。

作者
Author: zheny1379 时间: 2021-1-25 22:40

zjxitcc 发表于 2021-1-25 22:23
你应该把最开始的几行报错信息贴出来，用论坛上的插入代码功能，让大家看得更清楚，只给一句太少了，而且也 ...

最开始报错是： SCF自洽过程中，突然报错的。
  28 27  0    205.3954258100  -536.2465182273  75.487157375 0.000000000    1134006034 47847024
  29 28  0    741.6419440372 536.2465182273  75.487157375 0.000000000    1134006034 47847024
  30 29  0    205.3954258101  -536.2465182272  75.487157375 0.000000000    1134006034 47847024
DDI Process 2 (2): semop return an error performing 1 operation(s) on semid 3899397.
semop errno=EINVAL.
DDI Process 2 (2): semop return an error performing 1 operation(s) on semid 3899397.
semop errno=EINVAL.
DDI Process 2 (2): semop return an error performing 1 operation(s) on semid 3899397........
GAMESS版本：2020.1
如果我尝试在相同数量的cpu上再次发送相同的输入，作业不会出现任何问题。
只有当多个作业同时在不同的节点上运行时，才会出现错误，但是我不能选择在哪个节点上执行作业

作者
Author: IIIO_OIII 时间: 2021-3-15 01:56

zheny1379 发表于 2021-1-25 22:40
最开始报错是： SCF自洽过程中，突然报错的。
28 27 0 205.3954258100 -536.2465182273 75.48 ...

所以你的问题解决了吗？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)