计算化学公社

标题: 求助：只有单个物质建立符合MD计算的模型 [打印本页]

作者
Author: anrushan 时间: 2021-1-26 13:56
标题: 求助：只有单个物质建立符合MD计算的模型
各位老师好，我想做关于一个有机物在高温下分解机理的MD计算，本物质还没有收录在晶体库里面。
现在手头只有高斯简单优化过的单个物质，具体晶胞实验数据也没有，继续想利用CP2K进行MD计算，但是不知道该怎么利用单个物质建立合适的模型，怎样建立的模型能够符合MD计算的要求呢？请问有哪些可以参考的例子或者文献呢？计算小白请求各位老师解惑，谢谢各位老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-26 15:44
到了高温要么已经熔化了，要么气化了，本来也不需要晶胞数据

如果是已经气化后的结构的热分解动力学，用ORCA跑很容易
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sobereva.com/576（http://bbs.keinsci.com/thread-20800-1-1.html）

如果是诸如高温高压下的液相的动力学，用比如packmol建个盒子，然后CP2K跑一下AIMD
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

作者
Author: anrushan 时间: 2021-1-29 18:04

sobereva 发表于 2021-1-26 15:44
到了高温要么已经熔化了，要么气化了，本来也不需要晶胞数据

如果是已经气化后的结构的热分解动力学，用 ...

谢谢卢老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)