计算化学公社

标题: 求助：VMD载入GROMACS的轨迹后进行了一些显示的设置后如果将其保存？ [打印本页]

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Author: 邱美佳 时间: 2021-1-27 03:02
标题: 求助：VMD载入GROMACS的轨迹后进行了一些显示的设置后如果将其保存？
VMD载入GROMACS的轨迹后进行了一些显示的设置，我想将这些显示设置保存起来，方便下次直接打开调整，请问应该如何保存？

作者
Author: 牧生 时间: 2021-1-27 08:34
http://sobereva.com/545

但要自己写命令，但我也不会

作者
Author: snljty 时间: 2021-1-27 09:14
本帖最后由 snljty 于 2022-10-25 11:59 编辑

VMD main窗口 Save Visualization State

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Author: sobereva 时间: 2021-1-27 10:32
(, 下载次数 Times of downloads: 71)

作者
Author: 邱美佳 时间: 2021-1-27 12:14

sobereva 发表于 2021-1-27 10:32

老师，我按照您说的保存了一个后缀是.vmd的文件，然后重新打开vmd载入gro 和xtc后，点file-load visualization state 载入vmd之后软件老是闪退，这是什么原因呢?

作者
Author: 邱美佳 时间: 2021-1-27 17:02

邱美佳发表于 2021-1-27 12:14
老师，我按照您说的保存了一个后缀是.vmd的文件，然后重新打开vmd载入gro 和xtc后，点file-load visualiz ...

我只载入gro和.vmd文件，不载入xtc就不会出现软件闪退的问题。是不是这个保存显示设置只能保存一帧，不能保存轨迹的呀？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-29 19:29

邱美佳发表于 2021-1-27 12:14
老师，我按照您说的保存了一个后缀是.vmd的文件，然后重新打开vmd载入gro 和xtc后，点file-load visualiz ...

直接载入.vmd文件，自动就会载入gro和轨迹，不要手动载入

作者
Author: xxzj 时间: 2022-10-24 22:34

sobereva 发表于 2021-1-27 10:32

老师，您好，我想看一下分子自组装的动画，但是由于有太多轨迹分子造成的联想，导致不能看清分子的聚集情况。想请问这种情况应该如何去除这个连线并且可以看到相应的动画呢 (, 下载次数 Times of downloads: 43)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-24 23:52

xxzj 发表于 2022-10-24 22:34
老师，您好，我想看一下分子自组装的动画，但是由于有太多轨迹分子造成的联想，导致不能看清分子的聚集情 ...

看我的动力学培训的ppt

(, 下载次数 Times of downloads: 45)

作者
Author: xxzj 时间: 2022-10-25 11:46

sobereva 发表于 2022-10-24 23:52
看我的动力学培训的ppt

老师，谢谢您，但是还有一点不太清楚，具有操作时转换轨迹命令是gmx trjconv md.xtc -pbc mol fixmd.xtc实现md.xtc到fixmd.xtc轨迹转换吗，但是不能成功，所以想请问老师，是哪里的问题

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-26 14:14

xxzj 发表于 2022-10-25 11:46
老师，谢谢您，但是还有一点不太清楚，具有操作时转换轨迹命令是gmx trjconv md.xtc -pbc mol fixmd.xtc ...

显然得带上-f、-o
仔细看help

作者
Author: xxzj 时间: 2022-11-2 23:31

sobereva 发表于 2021-1-27 10:32

老师，您好，我的gromacs程序进行动力学模拟，得到的轨迹文件比较大，显示vmd无法载入1G以上的轨迹文件，想请问老师这种情况应该如何处理，辛苦您了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-3 08:48

xxzj 发表于 2022-11-2 23:31
老师，您好，我的gromacs程序进行动力学模拟，得到的轨迹文件比较大，显示vmd无法载入1G以上的轨迹文件， ...

(, 下载次数 Times of downloads: 42)

作者
Author: xxzj 时间: 2022-11-3 10:16

sobereva 发表于 2022-11-3 08:48

好滴，知道了，谢谢老师~

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