计算化学公社

标题: 求助：为什么Chem3D打开cif晶体文件，分子结构有一部分出现重复，重叠在一起？ [打印本页]

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作者
Author: 星斗如盘    时间: 2021-1-27 09:33
标题: 求助：为什么Chem3D打开cif晶体文件，分子结构有一部分出现重复，重叠在一起？
求助：为什么Chem3D打开cif晶体文件，分子结构有一部分出现重复，重叠在一起？

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作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-1-27 09:38
因为分子有无序，比如你看到两个O原子重叠的情况，那说明氧原子的位置是随机分布在这两个位置中的一个。
另外不建议用Chem3D打开cif，Chem3D喜欢自动在不该补氢的地方补氢，建议用Mercury

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作者
Author: 星斗如盘    时间: 2021-1-27 09:42

wzkchem5 发表于 2021-1-27 09:38
因为分子有无序，比如你看到两个O原子重叠的情况，那说明氧原子的位置是随机分布在这两个位置中的一个。
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那为了得到它的晶体模型可以把重叠的部分删掉吗？反正只是表达环己烷的构型，二者差别特别小

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作者
Author: 星斗如盘    时间: 2021-1-27 10:17

wzkchem5 发表于 2021-1-27 09:38
因为分子有无序，比如你看到两个O原子重叠的情况，那说明氧原子的位置是随机分布在这两个位置中的一个。
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使用Mercury打开后，有些原子附近出现x号，代表什么意思呢？

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作者
Author: liyuanhe211    时间: 2021-1-27 11:03

星斗如盘 发表于 2021-1-27 10:17
使用Mercury打开后，有些原子附近出现x号，代表什么意思呢？

https://en.wikipedia.org/wiki/Crystallographic_disorder

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作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-1-27 11:11

星斗如盘 发表于 2021-1-27 10:17
使用Mercury打开后，有些原子附近出现x号，代表什么意思呢？

也是无序的意思，把x都删掉就行了

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