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标题: 关于ORCA跑AIMD的一些基础性疑问 [打印本页]

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量化小菜鸡    时间: 2021-1-27 21:25
标题: 关于ORCA跑AIMD的一些基础性疑问
我最近按照社长的教程用ORCA的B97-3c做了一个简单的AIMD模拟。我模拟的体系是单线态methylene卡宾插入methane的C-H键以及三线态methylene对methane的C-H做abstraction。温度用的是298K,其他都是按照社长的模板来设定的。因为第一次跑AIMD,有一些基础的问题希望大家帮着解答。
(1)methylene的singlet insertion可以直接从traj里观测到,而triplet abstraction并没有出现。我是否能理解在298K下singlet insertion是自发反应并且势垒较低?而triplet pathway不是很可能出现。
(2)如果没记错,ORCA默认的是用NVT。所以跑出来的能量是不是就算内能U?
(3)如果我想得到自由能的信息,ORCA跑AIMD是否能有办法结合PMF?


谢谢大家



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biogon    时间: 2021-1-27 22:15
1 从一条轨迹的结果不能下这样的结论,要跑一定数量以后才能得出这种结论,其实找到过渡态以后算速率就大致知道什么情况了
2 总能是动能和势能的和
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量化小菜鸡    时间: 2021-1-28 06:01
biogon 发表于 2021-1-27 22:15
1 从一条轨迹的结果不能下这样的结论,要跑一定数量以后才能得出这种结论,其实找到过渡态以后算速率就大致 ...

谢谢老师。
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sobereva    时间: 2021-1-28 10:36
2 ORCA做AIMD都不支持周期性盒子,不能描述为NVT。虽然ORCA支持限制势避免粒子跑飞,但那是另一码事。

3 ORCA自己的AIMD没这功能。ORCA 5.0预计支持metadynamics,到时候可以做
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量化小菜鸡    时间: 2021-1-28 12:27
sobereva 发表于 2021-1-28 10:36
2 ORCA做AIMD都不支持周期性盒子,不能描述为NVT。虽然ORCA支持限制势避免粒子跑飞,但那是另一码事。

3 ...

谢谢社长解答
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liyunlu    时间: 2022-10-12 20:11
sobereva 发表于 2021-1-28 10:36
2 ORCA做AIMD都不支持周期性盒子,不能描述为NVT。虽然ORCA支持限制势避免粒子跑飞,但那是另一码事。

3 ...

Sob老师,我最近按照您的帖子尝试跑AIMD,希望设置压力和温度,比如1atm,298K。您的例子里面已经有温度的设置了,那压力该怎么设置呢,这个能在ORCA里面实现吗,应该怎么设置或者写输入文件呢。
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wzkchem5    时间: 2022-10-12 21:29
liyunlu 发表于 2022-10-12 13:11
Sob老师,我最近按照您的帖子尝试跑AIMD,希望设置压力和温度,比如1atm,298K。您的例子里面已经有温度 ...

orca说明书的MD章节里提到了
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liyunlu    时间: 2022-10-13 09:06
本帖最后由 liyunlu 于 2022-10-13 09:09 编辑
wzkchem5 发表于 2022-10-12 21:29
orca说明书的MD章节里提到了

您说的应该是这部分的吧.我自诩阅读了一下,没有关于压力的设置的关键词,或者与压力相关的单位的说明。不知您能够告诉我一下怎么设置这个,是在限制里面吗,我是个新手




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sobereva    时间: 2022-10-13 10:52
liyunlu 发表于 2022-10-13 09:06
您说的应该是这部分的吧.我自诩阅读了一下,没有关于压力的设置的关键词,或者与压力相关的单位的说明。 ...

(, 下载次数 Times of downloads: 40)

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liyunlu    时间: 2022-10-13 14:49
sobereva 发表于 2022-10-13 10:52

十分收益,谢谢Sob老师!期待高级班!
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Ninilol    时间: 2023-7-18 16:18
sob老师,我最近按照您的帖子尝试跑AIMD,但是我尝试跑了几条,但是每一条每一步产生的xyz都是一样的。是不是orca跑aimd也是像cp2k那样给一个随机种子?

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wzkchem5    时间: 2023-7-18 16:31
Ninilol 发表于 2023-7-18 09:18
sob老师,我最近按照您的帖子尝试跑AIMD,但是我尝试跑了几条,但是每一条每一步产生的xyz都是一样的。是不 ...

对,有一个randomize关键词,具体参见orca手册。正常来说,在%md里写randomize就够了,程序会取当前系统时间作为种子。
但是假如要往排队系统上投很多MD任务,且刚投的时候任务没有立刻开始运行、而是排上了队的话,可能有几个任务会恰好在相同的时刻排到,同时开始运行,此时这几个任务的随机种子仍然会相同,仍然会跑出相同的轨迹。所以此时需要人工给不同的任务指定不同的随机种子。这个属于orca 5.0的一个设计不尽如人意的地方,orca 6.0会修复(也就是到时候即使批量提交任务,也可以只写randomize关键词而不给随机种子的值)
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Ninilol    时间: 2023-7-18 16:39
wzkchem5 发表于 2023-7-18 16:31
对,有一个randomize关键词,具体参见orca手册。正常来说,在%md里写randomize就够了,程序会取当前系统 ...

明白了,十分感谢老师!
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嘤嘤嘤    时间: 2024-7-20 21:00
我按照sob老师的教程,跑了AIMD,结果三个分子根本不反应,请问您没有加碰撞能之类的东西吗?




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