计算化学公社

标题: 关于分子之间弱相互作用能计算中的疑问 [打印本页]

作者
Author: Jerry_Wang 时间: 2021-1-28 15:33
标题: 关于分子之间弱相互作用能计算中的疑问
各位老师，大家好，请教大家一个问题！

我们在计算两个分子之间的弱相互作用能(Binding Energy) 时，通常用的以下的公式：

Ebind= EA–B - (EA + EB) +BSSE

公式中在计算EA之前，我需要重新对A分子进行结构优化吗？还是直接用A分子在优化后的A-B复合物中的结构来计算能量就行呢？

还请各位老师不吝赐教，感谢！

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-1-28 20:17
那要看你算得是哪种相互作用能

作者
Author: Jerry_Wang 时间: 2021-1-28 20:33

喵星大佬发表于 2021-1-28 20:17
那要看你算得是哪种相互作用能

老师您好！我是想比较一个分子的羧基位点是与丙酮分子的作用力更强还是与乙腈分子的作用力更强

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-28 20:48
需要对A和B都优化。
另外，对于你的实际目的，用结合自由能来讨论更严格。

作者
Author: Jerry_Wang 时间: 2021-1-28 21:31

sobereva 发表于 2021-1-28 20:48
需要对A和B都优化。
另外，对于你的实际目的，用结合自由能来讨论更严格。

sobereva老师，非常感谢您的解答！

我还有一个疑问想请教你一下，我注意到您在许多帖子中提到的一篇您的论文 Exploring Nature and Predicting Strength of Hydrogen Bonds: A Correlation Analysis Between Atoms-in-Molecules Descriptors, Binding Energies, and Energy Components of Symmetry-Adapted Perturbation Theory.

论文里您也算了 binding energy (BE)，我注意到您在 Computational Details 中描述到The deformation energy, which is related to the monomer geometry distortion due to the formation of complexes, was not taken into account in the BE evaluations, because BE is best to exhibit intrinsic binding strength of the monomers in a complex without this component. Note that all the monomers considered in present HB set are rather rigid; hence the deformation energy is essentially negligible.

我理解的是这篇论文里的情况是不是没有对 A分子和B分子重新进行结构优化呢？
(, 下载次数 Times of downloads: 45)

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-1-29 02:47

Jerry_Wang 发表于 2021-1-28 21:31
sobereva老师，非常感谢您的解答！

我还有一个疑问想请教你一下，我注意到您在许多帖子中提到的一篇您 ...

你可以先看下这篇文章了解下不同的结合能是什么含义

Phys. Chem. Chem. Phys. 2017, 19, 5944

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-29 19:17

Jerry_Wang 发表于 2021-1-28 21:31
sobereva老师，非常感谢您的解答！

我还有一个疑问想请教你一下，我注意到您在许多帖子中提到的一篇您 ...

文中这些体系都是刚性很强的小分子，优不优化都一样，形成二聚体造成的变形能可以忽略不计

作者
Author: Jerry_Wang 时间: 2021-1-30 15:30

sobereva 发表于 2021-1-29 19:17
文中这些体系都是刚性很强的小分子，优不优化都一样，形成二聚体造成的变形能可以忽略不计

明白了！谢谢 sobereva老师！

sobereva老师，我还有一个问题想请教一下您。

我在优化A-B复合物结构时，一开始用 B97-D3/6-31G(d,p) 来优化，即使用了 opt=tight 发现也会存在虚频，而换成 B3LYP-D3/6-31G(d,p) 来优化，则不会有虚频。我是不是可以理解为，泛函的选择也会影响体系虚频的出现呢？有时候如果出现虚频，我们也可以尝试改变泛函呢？

作者
Author: Jerry_Wang 时间: 2021-1-30 15:30

喵星大佬发表于 2021-1-29 02:47
你可以先看下这篇文章了解下不同的结合能是什么含义

Phys. Chem. Chem. Phys. 2017, 19, 5944

谢谢老师，我好好研究一下！感谢！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-1-30 16:04

Jerry_Wang 发表于 2021-1-30 15:30
明白了！谢谢 sobereva老师！

sobereva老师，我还有一个问题想请教一下您。

B97可能对格点比较敏感一些，可以加大格点试试

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-31 12:31

Jerry_Wang 发表于 2021-1-30 15:30
明白了！谢谢 sobereva老师！

sobereva老师，我还有一个问题想请教一下您。

很多情况都是数值层面的巧合，不要因为个例就认为在方法层面上有什么明显差别
B97-D3算弱相互作用明显不及B3LYP-D3(BJ)

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