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标题: 跑完表面张力分子乱跑 [打印本页]

作者
Author: 二饼妹 时间: 2021-1-28 19:13
标题: 跑完表面张力分子乱跑
如图一开始盒子为6*6*6，放了150：300个氯化胆碱+乙二醇，然后修改盒子尺寸为6*6*18，运行了1ns eq和10ns prod，均为NVT，跑完的gro文件很诡异，这是为什么呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-28 20:46
哪里诡异了？

作者
Author: 二饼妹 时间: 2021-1-28 21:49

sobereva 发表于 2021-1-28 20:46
哪里诡异了？

之前跑其他物质的表面张力都如图1 所示，这次模拟（图2、3）的分子中间有个洞洞，并且z方向的分子层厚度也变小了，请问老师这是正常的么？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-29 19:19

二饼妹发表于 2021-1-28 21:49
之前跑其他物质的表面张力都如图1 所示，这次模拟（图2、3）的分子中间有个洞洞，并且z方向的分子层厚度 ...

你的体系分子数本来就少，XY方向面积又不小，出现窟窿并不意外

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