计算化学公社

标题: 有机物分子在溶剂庚烷中npt过程求助 [打印本页]

作者
Author: sun666 时间: 2021-1-28 19:44
标题: 有机物分子在溶剂庚烷中npt过程求助
请教老师。我做一个npt模拟除了很多问题
我的体系是有机物分子在溶剂庚烷中。
1.对纯庚烷模拟正常
2.对单独有机物分子真空中模拟正常
3.把有机物分子放入庚烷溶剂中和对纯有机物分子的npt模拟过程就报错
报错情况有两种

EM过程我做了两万步
温度设为0K又可以正常跑，退火将温度升高速度减慢升高到200K还是报错。

我一开始都用的RESP电荷，后来把有机物分子的电荷都改为0又可以正常运行，所以是不是电荷的问题还有压力设置有问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-28 20:43
8成是拓扑文件有问题

模拟个有机物的液体盒子看能否正常跑

并且也凭化学直觉检验下RESP电荷的合理性。

作者
Author: sun666 时间: 2021-1-28 20:59

sobereva 发表于 2021-1-28 20:43
8成是拓扑文件有问题

模拟个有机物的液体盒子看能否正常跑

谢谢社长，我使用的生成的GAFF力场文件。纯有机物液体也不能跑

作者
Author: sun666 时间: 2021-1-28 22:06

sobereva 发表于 2021-1-28 20:43
8成是拓扑文件有问题

模拟个有机物的液体盒子看能否正常跑

社长，请教您双精度的gromacs是什么意思呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-29 19:16

sun666 发表于 2021-1-28 22:06
社长，请教您双精度的gromacs是什么意思呢。

浮点数用双精度浮点变量而非单精度浮点变量的GROMACS版本，浮点数记录精度更高，但计算速度也更慢

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