计算化学公社

标题: 求助：charmm-gui产生的膜蛋白体系如何在gromacs中模拟 [打印本页]

作者
Author: zinc 时间: 2021-1-29 16:23
标题: 求助：charmm-gui产生的膜蛋白体系如何在gromacs中模拟
求助：在CHARMM-GUI网站上使用Membrane Builder制作了一个磷脂双分子膜-蛋白-水体系的pdb文件，这个文件应当如何在gromacs中进行下一步处理并模拟呢？

作者
Author: fhh2626 时间: 2021-1-29 17:23
CHARMM-GUI最后一步会让你选生成哪个软件的输入文件，你选Gromacs，所有的输入文件都做好了，你直接提交作业就行了

作者
Author: zinc 时间: 2021-1-29 18:41

fhh2626 发表于 2021-1-29 17:23
CHARMM-GUI最后一步会让你选生成哪个软件的输入文件，你选Gromacs，所有的输入文件都做好了，你直接提交作 ...

您好，在charmm-gui的最后一步选择gromacs时，输出的文件似乎不是gromacs中常见的top或者itp或者mdp文件，这个应该怎么处理呢

作者
Author: fhh2626 时间: 2021-1-30 17:33

zinc 发表于 2021-1-29 18:41
您好，在charmm-gui的最后一步选择gromacs时，输出的文件似乎不是gromacs中常见的top或者itp或者mdp文件 ...

就是常见的文件

作者
Author: zhaoshu 时间: 2021-5-12 21:15

fhh2626 发表于 2021-1-30 17:33
就是常见的文件

请教一下，charmm-gui最后一步选择产生gromacs的文件是已经平衡好了文件还是需要继续在gromacs中进行能量最小化，因为最后产生的文件夹除开有.pdb,.top文件外，还有很多.mdp文件（新手学习，有很多不明白的地方，希望得到回复，谢谢

作者
Author: namd学者 时间: 2021-5-12 22:12

zhaoshu 发表于 2021-5-12 21:15
请教一下，charmm-gui最后一步选择产生gromacs的文件是已经平衡好了文件还是需要继续在gromacs中进行能量 ...

你好，我也是这个问题，请问你解决了吗

作者
Author: fhh2626 时间: 2021-5-12 23:46

zhaoshu 发表于 2021-5-12 21:15
请教一下，charmm-gui最后一步选择产生gromacs的文件是已经平衡好了文件还是需要继续在gromacs中进行能量 ...

应该是没有平衡过的

作者
Author: Eva_Winter 时间: 2021-5-13 14:40

zhaoshu 发表于 2021-5-12 21:15
请教一下，charmm-gui最后一步选择产生gromacs的文件是已经平衡好了文件还是需要继续在gromacs中进行能量 ...

没有平衡的，CHARMM-GUI只是构建模拟的体系，需要后续跑模拟。在gromacs文件夹里面每一步的参数文件都有了。最简单的办法是直接看README文件，里面有详细的一步步的能量最小化、NVT、NPT、MD过程

更简单的，csh README

作者
Author: zhaoshu 时间: 2021-5-13 21:53

fhh2626 发表于 2021-5-12 23:46
应该是没有平衡过的

嗯嗯非常感谢

作者
Author: zhaoshu 时间: 2021-5-13 22:11

Eva_Winter 发表于 2021-5-13 14:40
没有平衡的，CHARMM-GUI只是构建模拟的体系，需要后续跑模拟。在gromacs文件夹里面每一步的参数文件都有 ...

十分感谢，还想再问一下句如果是想做细胞膜与其他分子的模拟的话，是应该先把细胞膜平衡后再与小分子模拟还是直接把小分子加到细胞膜的体系直接开始模拟呢？还有就是再想请教一下csh README是直接就会把所有的步骤跑完吗，因为刚刚提交了一下会有图片上的报错。（第一次做这个，可能问题有点过于简单，希望不吝赐教，谢谢

作者
Author: Eva_Winter 时间: 2021-5-14 19:02

zhaoshu 发表于 2021-5-13 22:11
十分感谢，还想再问一下句如果是想做细胞膜与其他分子的模拟的话，是应该先把细胞膜平衡后再与小分子模拟 ...

1. 你需要先建立小分子和细胞膜的体系。小分子的话需要自己再生成力场文件（charmm-gui好像不行，或者不够准确），然后与磷脂的合在一起，详见社长的帖子http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html

2.理论上csh README是自动一步步运行所有的步骤。你下面报错是说找不到命令里 -s后面的结构文件，后缀为.tpr。不知道是不是你README放的位置和需要调用的文件不在一起。最简单的办法是把所有的命令语句先用#注销，然后从上到下，一步步去掉#，再运行，看看运行哪一句的时候出错。不能就这么盲跑

作者
Author: zhaoshu 时间: 2021-5-15 21:52

Eva_Winter 发表于 2021-5-14 19:02
1. 你需要先建立小分子和细胞膜的体系。小分子的话需要自己再生成力场文件（charmm-gui好像不行，或者不 ...

嗯嗯谢谢你

作者
Author: 头发多多11 时间: 2021-7-29 14:13

zhaoshu 发表于 2021-5-13 22:11
十分感谢，还想再问一下句如果是想做细胞膜与其他分子的模拟的话，是应该先把细胞膜平衡后再与小分子模拟 ...

您好，我现在也是需要向膜里插入小分子，构建一个体系，想问一下当时这一步您是怎么操作的

作者
Author: zhaoshu 时间: 2021-8-3 15:20

头发多多11 发表于 2021-7-29 14:13
您好，我现在也是需要向膜里插入小分子，构建一个体系，想问一下当时这一步您是怎么操作的

我是用vmd的tcl脚本完成的，你可以去看看vmd相关内容，可能还会有其他更好的方法

作者
Author: liupeng 时间: 2021-11-15 08:45
楼主是怎么申请charmm-gui的？我总被拒绝

作者
Author: zhou-- 时间: 2021-11-20 16:07
学会了吗

作者
Author: yefan1996 时间: 2021-11-23 16:45
老哥解决了吗

作者
Author: YANGCHUANHUI 时间: 2021-11-26 16:33

Eva_Winter 发表于 2021-5-13 14:40
没有平衡的，CHARMM-GUI只是构建模拟的体系，需要后续跑模拟。在gromacs文件夹里面每一步的参数文件都有 ...

想请问您一下：
1、在CHARMM-GUI网站上使用Membrane Builder制作了一个磷脂双分子膜-蛋白-水体系的pdb文件，这个文件应当如何在gromacs中进行下一步处理并模拟呢？
2、之前有说：在gromacs文件夹里面每一步的参数文件都有了。最简单的办法是直接看README文件，里面有详细的一步步的能量最小化、NVT、NPT、MD过程；是直接拷贝README文件里面的命令从Minimization开始运行吗

3、更简单的，csh README，请问csh README是什么什么意思，具体怎么操作呀？

作者
Author: YANGCHUANHUI 时间: 2021-11-26 16:36

Eva_Winter 发表于 2021-5-13 14:40
没有平衡的，CHARMM-GUI只是构建模拟的体系，需要后续跑模拟。在gromacs文件夹里面每一步的参数文件都有 ...

想请问您一下：

2、之前有说：在gromacs文件夹里面每一步的参数文件都有了。最简单的办法是直接看README文件，里面有详细的一步步的能量最小化、NVT、NPT、MD过程；是直接拷贝README文件里面的命令从Minimization开始运行吗

3、更简单的，csh README，请问csh README是什么什么意思，具体怎么操作呀？

作者
Author: Eva_Winter 时间: 2021-11-30 11:20

YANGCHUANHUI 发表于 2021-11-26 16:36
想请问您一下：

2、之前有说：在gromacs文件夹里面每一步的参数文件都有了。最简单的办法是直接看READ ...

你看README文件开头一句是#！/bin/csh，说明它是个C shell文件，可以用csh README命令执行这个文件，这样文件里写的后续所有的gromacs语句都自动运行。你百度下这个文件的执行就知道啦，这都是Linux下的操作，你需要先熟悉下linux操作

文件向下读就可以看出后续的所有GROMACS运行的语句都写好了，就是gmx grompp以及gmx mdrun那些，直接执行就行了。

作者
Author: 常乐长乐 时间: 2022-4-20 10:50
同问，该怎么处理呢?

作者
Author: aweqar 时间: 2022-6-23 23:46

Eva_Winter 发表于 2021-11-30 11:20
你看README文件开头一句是#！/bin/csh，说明它是个C shell文件，可以用csh README命令执行这个文件，这样 ...

想问一下，我用charmmgui的nanomaterial建立了一个晶体表面，但是他是基于interfaceff力场的，而我的md需要用charmm36，这个该怎么办呢

作者
Author: Eva_Winter 时间: 2022-6-24 19:13

aweqar 发表于 2022-6-23 23:46
想问一下，我用charmmgui的nanomaterial建立了一个晶体表面，但是他是基于interfaceff力场的，而我的md需 ...

不明白你的意思，charmm36适合模拟蛋白、核酸、磷脂、糖。也不适合模拟晶体表面啊，你为啥要用charmm36?而且INTERFACE用来模拟无机固体不是正好吗

作者
Author: aweqar 时间: 2022-6-24 19:18

Eva_Winter 发表于 2022-6-24 19:13
不明白你的意思，charmm36适合模拟蛋白、核酸、磷脂、糖。也不适合模拟晶体表面啊，你为啥要用charmm36? ...

我是想做蛋白和无机晶体的相互作用，请教一下应该用什么呢

作者
Author: Eva_Winter 时间: 2022-6-24 20:46

aweqar 发表于 2022-6-24 19:18
我是想做蛋白和无机晶体的相互作用，请教一下应该用什么呢

interface力场可以与AMBER或者CHARMM力场结合起来用。那你就用charmm或者amber力场来表示蛋白就行了，然后手动改一下两者的拓扑文件将它们结合起来

作者
Author: aweqar 时间: 2022-6-27 16:47

Eva_Winter 发表于 2022-6-24 20:46
interface力场可以与AMBER或者CHARMM力场结合起来用。那你就用charmm或者amber力场来表示蛋白就行了，然 ...

好的谢谢

作者
Author: duomi 时间: 2022-11-2 15:26

liupeng 发表于 2021-11-15 08:45
楼主是怎么申请charmm-gui的？我总被拒绝

需要用学术邮箱注册

作者
Author: zhuceyu 时间: 2022-12-5 11:50
gromacs对应文件夹下的README，将他赋予可执行权限，运行他就可以

作者
Author: CHJ2841666311 时间: 2023-9-19 20:28

zhaoshu 发表于 2021-5-13 22:11
十分感谢，还想再问一下句如果是想做细胞膜与其他分子的模拟的话，是应该先把细胞膜平衡后再与小分子模拟 ...

你好，请问一下，你是怎么解决的？我现在也遇到这样的问题。

作者
Author: dcfwan 时间: 2024-2-27 20:32

Eva_Winter 发表于 2021-5-13 14:40
没有平衡的，CHARMM-GUI只是构建模拟的体系，需要后续跑模拟。在gromacs文件夹里面每一步的参数文件都有 ...

老哥，我想模拟一个多肽是否会吸附到细胞膜上，请问怎么设置初始时多肽处于细胞膜的正上方(有一定距离)，并且多肽与细胞膜不接触(最好是多肽最长的方向平行细胞膜)

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)