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标题: acpype生成氯离子top报错 [打印本页]

作者
Author: 二饼妹 时间: 2021-1-30 20:00
标题: acpype生成氯离子top报错
使用acpype生成gaff力场的拓扑，运行python acpype.py -i cl.mol2 -n -1，出现如下报错，请问大家是怎么回事？附件是我的氯离子cl.mol2文件

[root@localhost tuopu]# python acpype.py -i cl.mol2 -n -1
============================================================================
| ACPYPE: AnteChamber PYthon Parser interfacE v. 0 0 Rev: 0 (c) 2021 AWSdS |
============================================================================
WARNING: no 'babel' executable, no PDB file as input can be used!
ACPYPE FAILED: [Errno 2] No such file or directory: 'tmp'
Total time of execution: less than a second

作者
Author: 牧生 时间: 2021-1-30 20:18
本帖最后由牧生于 2021-1-30 20:21 编辑

氯离子，用ions自带的就很好了

作者
Author: snljty 时间: 2021-1-30 20:20
直接用amber力场里的ions.itp不就行了。参数就一个电荷-1

作者
Author: 二饼妹 时间: 2021-1-31 00:54
本帖最后由二饼妹于 2021-1-31 00:58 编辑

snljty发表于2021-1-30 20:20直接
用amberforce场里的ions.itp不就行了。参数就一个地点-1

我#include“ amber99.ff / ions.itp”，但是还是出现了报错，拓扑文件如下，我已经把lev_GMX.itp里的atomtypes剪切到ch_GMX.itp中的atomtypes，并且并删除了重复的原子类型，PDB文件也是按照CH，CL，lev的顺序放的，进行能量最小化这一步仍然出错了，想问一下该怎么办呢？以下是我的主top：

[ defaults ]
; nbfunc       comb-rule    gen-pairs    fudgeLJ fudgeQQ
1             2             yes          0.5    0.8333

#include "amber99.ff/ions.itp"
#include "ch_GMX.itp"
#include "lev_GMX.itp"

[system]
; Name
CH LEV

[molecules]
CH  150
Cl  150
LEV 300

以下是报错信息：

gmx grompp -f em.mdp -c mix150.pdb -p ch_lev1.top -o em.tpr

Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.16#
Setting the LD random seed to 1655614297
Generated 45 of the 45 non-bonded parameter combinations
Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5
Generated 45 of the 45 1-4 parameter combinations

ERROR 1 [file ions.itp, line 7]:
  Atomtype IB not found

-------------------------------------------------------
Program:    gmx grompp, version 2016.4
Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/toppush.cpp (line 1389)

Fatal error:
There was 1 error in input file(s)

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-4 03:30

二饼妹发表于 2021-1-31 00:54
我#include“ amber99.ff / ions.itp”，但是还是出现了报错，拓扑文件如下，我已经把lev_GMX.itp里的ato ...

你都没引入amber力场的forcefield.itp，当然找不到IB原子类型的定义

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