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标题: RASPA在centos6.4的编译安装 [打印本页]

作者
Author: youyno 时间: 2015-11-16 21:43
标题: RASPA在centos6.4的编译安装
RASPA-2.0是今年美国西北大学教授Randall Q. Snurr等人开发的针对于MC，MD，分子力学优化等用途的程序，相比于之前开发的MUSIC软件，RASPA的功能更加齐全，操作更加简便，可以在MC的吸附过程中考虑骨架的柔性，也可以想MUSIC一样先制作积分格点（music中的map）。
之前lmylmy在本版写了RASPA2.0编译安装简易流程http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=9443327&fpage=1&target=blank
是在RHEL上做的，我这里做一个centos版的补全版
（1）、安装之前要检查一下是否装了automake, autoconf, m4, libtool这些包，
   用which命令一一查看如：
[cw@BioMaterial ~]$ which automake
/usr/bin/automake
如果某些包没有装，有两种方法，一种是rpm包安装；另一种是解压从网上下载的tar.gz包。前者更方便，但是学校的服务器大多数不能连接外网所以无法从yum获取rpm包，这时可以去找一个该linux系统的镜像文件解压之后会有一个Packages文件夹找到这些安装包如 automake-1.11.1-4.el6.noarch.rpm
然后安装他们用rpm -ivh automake-1.11.1-4.el6.noarch.rpm命令，所有的这些包安装好之后特意用which检查一下，特别要注意的是要检查aclocal和libtool的安装位置必须一样，要不然安装时会报错，如：
[cw@BioMaterial ~]$ which aclocal
/usr/bin/aclocal
[cw@BioMaterial ~]$ which libtool
/usr/bin/libtool
除此之外还可以安装fftw，lapack等库文件用于加速计算，不转亦可运行，详细安装请参看lmylmy的帖子
（2）、安装RASPA
此处按照manual,  过程就可以了
1. rm -rf autom4te.cache
2. mkdir m4
3. aclocal
4. autoreconf -i  #如果aclocal和libtool安装的位置不一样，此处会报错#
5. automake --add-missing
6. autoconf
7. ./configure --prefix=${RASPA_DIR} or ./scripts/CompileScript/make-gcc-local #可以将${RASPA_DIR}替换为想要安装的文件夹路径此处我将其安装在/data/cw/simulations文件下，最好不要指定到解压文件夹#
8. make
9. make install
安装完成之后可以去查看一下cd /data/cw/simulation
[cw@BioMaterial simulation]$ ls
bin  lib  share
这是我们可以看到三个文件夹
bin #放置可执行文件#
lib #放置运行所需库文件#
share #最重要的，这是放置运行所需的力场参数forcefield，柔性骨架结构framework，吸附质分子参数molecules, 吸附剂结构structures(cif文件格式)等信息，这些都在share下的raspa文件夹下的四个文件夹内，如果之后做计算要事先产生格点文件，也会自动地产生grids的文件夹用于放置格点文件#
（3）运行RASPA
在解压文件夹RASPA-2.0下进入examples文件夹，测试一下简单的任务，进入Basic然后做一下MFI吸附甲烷的测试，进入Adsorption_of_Methane_in_MFI文件夹，会有一个run的脚本文件，如果之前另外指定了安装路径的就改为
#! /bin/sh -f
export RASPA_DIR=/data/cw/simulation/    #之前指定的路径#
$RASPA_DIR/bin/simulate $1
然后运行./run&
就OK！
整个安装测试彻底完成

作者
Author: ruanyang 时间: 2015-11-17 07:21
顶起啊

作者
Author: 鹃子 时间: 2016-3-30 21:35
环境变量中加入（vi ~/.bash_profile）:
PATH=$PATH:$HOME/bin:/home/cnpc/Research/simulation/bin/

export PATH
export RASPA_DIR=/home/cnpc/Research/simulation/

后续程序运行可以在任意文件中执行simulate simulation.input

备注（/home/cnpc/Research/simulation为软件安装路径）

作者
Author: 刘小英雄steven 时间: 2022-7-13 19:42
如何并行呢

作者
Author: youyno 时间: 2022-7-14 11:51

刘小英雄steven 发表于 2022-7-13 19:42
如何并行呢

不支持并行

作者
Author: 刘小英雄steven 时间: 2022-7-15 12:21
老师请问一下，如果我混合组分计算，但是只规定一个气体的分压，比如 MolFraction 0.000150，保持一种气体为150 ppm，不规定其他组分，那么molfraction这个命令还会生效吗？

作者
Author: honest 时间: 2022-11-1 20:27

刘小英雄steven 发表于 2022-7-15 12:21
老师请问一下，如果我混合组分计算，但是只规定一个气体的分压，比如 MolFraction 0.000150，保 ...

各个组分的摩尔分数都得定义

作者
Author: 明洋天 时间: 2023-6-19 18:19

youyno 发表于 2022-7-14 11:51
不支持并行

你好！请问RASPA程序是不支持并行运算的程序吗？
我之前搜索到这个网址上他说可以并行，但是尝试许久都不能并行

：https://tkaray.github.io/2022-08 ... C%E5%8F%82%E8%80%83

作者
Author: JianLi_2023 时间: 2023-10-18 13:18
本帖最后由 JianLi_2023 于 2023-10-18 13:19 编辑

明洋天发表于 2023-6-19 18:19
你好！请问RASPA程序是不支持并行运算的程序吗？
我之前搜索到这个网址上他说可以并行，但是尝试许久都 ...

RASPA-2单核速度也还可以。如果是超算的话，可以尝试一个cpu一个模拟，来达到可同时运行的模拟数量最大化。这也是所谓“task-farming”。
也可以通过tabular grid (VDW和Coulomb）来加速能量计算，加速效果可观，而且系统越大，unitcell越多越明显。

作者
Author: qmlearner 时间: 2023-12-28 10:58

JianLi_2023 发表于 2023-10-18 13:18
RASPA-2单核速度也还可以。如果是超算的话，可以尝试一个cpu一个模拟，来达到可同时运行的模拟数量最大化 ...

请问具体怎么用tabular grid？
在.input里加入了如下grid信息
NumberOfGrids 2
GridTypes C_co2 O_co2
SpacingVDWGrid 0.1
SpacingCoulombGrid 0.1
UseTabularGrid yes

提示找不到_shifted.grid文件，这个文件是需要自己写吗？非常感谢：）

作者
Author: HIll 时间: 2024-1-30 14:54

qmlearner 发表于 2023-12-28 10:58
请问具体怎么用tabular grid？
在.input里加入了如下grid信息
NumberOfGrids 2

需要先算出来，在raspa的手册中有 making ‘grids’ 一部分

作者
Author: a-Student 时间: 2024-7-4 20:04
您好，请问raspa安装后计算完会有非常大的临时文件，每次都会占很大内存，还得手动删除，请问老师有什么命令可以算完自动删除临时文件吗？麻烦老师了

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