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标题: Intel Parallel Studio 2020.4编译VASP 6.1.2 [打印本页]
作者Author: gog 时间: 2021-1-31 17:21
标题: Intel Parallel Studio 2020.4编译VASP 6.1.2
本帖最后由 gog 于 2021-1-31 17:23 编辑
原贴在Redhat7.9服务器系统中，使用最新版 VTST-180，准确定位main.F、chain.F 添加或修改代码的行数并编译成功；生成的可执行文件支持OMP计算。
本贴子基于未配置GPU的Intel志强（Xeon）铂金CPU、Redhat-7.9、 GCC-4.8.5、集成磁性材料计算的关键词、NEB插件，给出安装测试报告。具体步骤如下：
1、Intel parallel studio xe 2020.4编译和安装
切换到安装文件夹，输入 sh install_GUI.sh回车，具体组件，根据硬件情况和自己需求勾选，其中 ifort、mkl数学库和mpi并行库为必选项。
加载intel全家桶
source /**/intel/parallel_studio_xe_2020/psxevars.sh intel64
切换到fftw3xf文件夹，编译基于intel的fftw数学库
cd /**/intel/compilers_and_libraries_2020.4.304/linux/mkl/interfaces/fftw3xf
make libintel64
2、VASP编译
a.下载VTST脚本
http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/ 此为外链。
需要将这些文件复制到src目录中：
修改src/main.F源码：
将（第3450行）
CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &
LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)变为（注意后两行）：
CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &
TSIF,LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)
! LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)修改编译配置src/.objects，在chain.o前（大概第92、93行）添加如下内容：注意 “\”后不能有空格
bfgs.o dynmat.o instanton.o lbfgs.o sd.o cg.o dimer.o bbm.o \
fire.o lanczos.o neb.o qm.o opt.o \
b.拷贝及修改编译脚本
切换到vasp安装文件夹，查看脚本。
拷贝arch下的intel_omp
cp ./arch/makefile.include.linux_intel_omp ./makefile.include
此贴使用支持omp的脚本编译，如需编译支持GPU的，复制./arch/makefile.include.linux_intel中 # GPU_Staff部分适当修改以匹配GPU型号。
修改makefile.include
计算优化级别
如果步进不算高，就使用默认即可，针对intel CPU， FFLAGS中添加 -heap-arrays 64
OFLAG 默认是 -O2，，步进比较高的CPU（市面步进最高的cpu，有step=7）可尝试到-O3级别，以支持avx2、avx512加速计算。
OBJECTS添加基于intel的级数展开与收敛的傅里叶变换FFTW数学库
OBJECTS = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d.o \
${MKLROOT}/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a
输入 "shift+:" ".x!" 回车保存。
加载intel全家桶，输入which ifort / which mpiifort / which mpirun查看加载是否成功，$MKLROOT 检查MKLROOT路径
接着就是 make，如果之前有编译失败，记得 make veryclean。
最终，成功编译出与VASP5一样的vasp_std、vasp_gam、vasp_ncl(对应STD、GAMMA和NCL三个)。尽管没有进行GPU模块的设置，VASP-6.1依旧会自动尝试编译GPU并报错“cuda error”。
作者Author: binarec 时间: 2021-2-5 12:43
使用GPU版本的makefile，并且cuda编译环境也没问题，编译vtst版本vasp_gpu仍然报错
经检查，.objects文件里，一共有两个地方可能插入bfgs.o dynmat.o instanton.o lbfgs.o sd.o cg.o dimer.o bbm.o fire.o lanczos.o neb.o qm.o opt.o \这些文件名列表，其中文中描述的第一个位置（就是93行附近），编译普通版本没问题，编译gpu版本报错，插入在第二个位置（SOURCE_GPU条目下，352行附近）编译就没问题了
作者Author: QH1995 时间: 2021-2-23 12:44
你好，请问我的编译器安装好之后，在安装vasp时候提示
/usr/include/c++/8/bits/stl_algobase.h(59): catastrophic error: cannot open source file "bits/c++config.h"
#include <bits/c++config.h>
是什么意思？
求大神指导
作者Author: gog 时间: 2021-2-23 18:04
请问用的哪个linux哪个版本？g++是不是没有安装哦？
检查下，没有就尝试
install gcc-c++
作者Author: QH1995 时间: 2021-2-23 22:00
感谢，找到问题了。我用的是centos8系统，编译器是论坛里的Intel Parallel Studio XE 2019 Update 1 Linux。根据提示原因是c++config.h的路径没有找到，把路径放到环境变量里就行了。
具体方法是：
1. su root #输入密码（我试过了root不root都行）
2. gedit ~/.bashrc #打开环境变量
3. export CPLUS_INCLUDE_PATH=“/usr/include/c++/8/i686-redhat-linux:$CPLUS_INCLUDE_PATH"
#这个/usr/include/c++/8/i686-redhat-linux就是放c++config.h的路径，直接在图形界面里搜索一下c++config.h就行。还有就是输入的路径截止到bits/c++config.h之前就行了。
参考：https://blog.csdn.net/weixin_50987648/article/details/109035672
作者Author: kaypu 时间: 2021-2-25 09:16
感觉低版本的gcc配上高版本的intel编译器，编译出来的vasp计算速度并不是最优的。低版本的gcc4.85（centos7）用2015的intel编译器和intelmpi计算效果比较好。2018或者高版本的intel编译器，最好升级一下gcc，貌似升级到gcc7的版本，计算效果是最好的，并且优于2015intel+gcc4.85版本的。
作者Author: gog 时间: 2021-2-25 12:05
本帖最后由 gog 于 2021-2-28 22:03 编辑
可以尝试用 oracle linux。linux内核5点多。默认gcc版本和ubuntu版本中的gcc版本更新节奏一致。
作者Author: dmh1998dmh 时间: 2021-3-2 15:49
on-the-fly 机器学习力场又鸽了，不知道哪个版本才能发布。
作者Author: speedxyl 时间: 2021-7-24 19:05
非常不错，学习了。
作者Author: Miles 时间: 2022-6-3 17:38
您好，请问有Intel parallel studio xe 2017的安装包吗，linux版的
作者Author: kaypu 时间: 2022-6-24 15:02
https://downloadly.ir/ 这个网站上下载的学习版，需要梯子
作者Author: xinlixi 时间: 2022-6-24 21:35
太感谢
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