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标题: 请问使用Multiwfn考察周期性结构界面和吸附分子的弱相互作用时过程和歩骤是否得当？ [打印本页]

作者
Author: 风飞 时间: 2021-2-1 13:55
标题: 请问使用Multiwfn考察周期性结构界面和吸附分子的弱相互作用时过程和歩骤是否得当？
本帖最后由风飞于 2021-2-1 17:25 编辑

老师，您好，我想研究，例如MgO（100）表面和吸附H2O之间的弱相互作用，本想参照这个帖子来进行分析的：http://bbs.keinsci.com/thread-21376-1-1.html , 但是做出来的图不能很好的屏蔽晶胞里面的电荷密度，导致显示的杂乱无章，
因此想.参照您的帖子http://bbs.keinsci.com/thread-9472-1-1.html 《通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用》来进行分析和研究
有如下疑问：
1）请问针对我这中周期性体系这样做是否合适呢？
2）将优化好的结构保存成cif文件，然后使用高斯view将其转换成xyz格式文件，转换后出现3个不能识别的原子，请问是否可以直接删除呢，还是？
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3）将产生cube文件导入到VMD中，显示如图，请问还是否需要调节，原子之间的成键我打算手动添加
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4）我使用pbc box 添加盒子,如下图所示，感觉有些怪怪的，感觉box有些大,请问是否还要其他方式呢？
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5）对于我这样的体系，是否可以根据您帖子中所述的将：相互作用分解成原子的贡献来考察？
6）此外，是否进一步根据您帖子中的描述：《使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析》来计算原子和原子对对弱相互作用能的贡献？
我查看了您帖子：《使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析》中的例子，在选项“3 //载入原子类型和原子电荷“。时，我是否可以使用Bader电荷或者Lowdin来代替，原子类型我是否可以直接写元素符号，如果不是,水中的氧可以写成OW，HW, 那MgO中Mg和O可以怎样写合适呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-2-1 17:12
1、这样做周期体系，如果用的是promolecule的情况应该是合适的。
2、三个Tv表示的是周期性边界，是否删除看你研究的问题而定。
3、尚不能确定直接加pbc box行不行，不过看上去应该是不对的，可能是处理的时候格点的边界和原始的PBC边界不同导致。
4、Bader电荷和Lowdin电荷对静电势的重现比较一般，可以好好看下原文，很多问题都有提到：

做这种能量分解所用的原子电荷必须对分子范德华表面附近的静电势有很好的重现性

至于OW和HW也是来自于力场中的原子种类。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-1 20:29
1 没什么问题

2 Tv是Gaussian做PBC计算时候定义平移矢量用的，对于当前情况没用，删掉。

3 如果你想显示MgO的键，可以在graphics - representation里增加一个rep选中MgO部分，drawing method用dynamic bonds，然后增加成键判断阈值

4 其实没必要显示盒子，你当前感兴趣的问题和盒子也没关系

5 可以尝试

6 可以用UFF力场，就不要写原子类型了，只要定义原子电荷即可，具体看下文
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442

用AIM电荷（也被称为bader电荷）是绝对不能接受的，对静电势重新性极差，Lowdin电荷也不好，具体看《原子电荷计算方法的对比》（http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml）

我不知道你用的什么程序做的这个计算，如果是CP2K，可以对MgO板计算拟合静电势电荷用于这个能量分解目的

顺带一提，目前官网上最新的Multiwfn已经完美支持了基于CP2K波函数做周期性体系的RDG分析（一些信息见手册2.9节，之后有空时我会专门写个博文介绍），而且利用Multiwfn非常灵活的格点数据屏蔽功能，应该是可以充分屏蔽掉MgO部分的等值面的。

作者
Author: 风飞 时间: 2021-2-1 20:57

卡开发发发表于 2021-2-1 17:12
1、这样做周期体系，如果用的是promolecule的情况应该是合适的。
2、三个Tv表示的是周期性边界，是否删除 ...

嗯，好的谢谢老师

作者
Author: 风飞 时间: 2021-2-1 20:59

sobereva 发表于 2021-2-1 20:29
1 没什么问题

2 Tv是Gaussian做PBC计算时候定义平移矢量用的，对于当前情况没用，删掉。

老师，您好，我用的软件是QE，我所了解的似乎只能计算Bader电荷和Lowdin电荷。如果是这样，是不是就不能基于分子力场的做能量分解分析了？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-3 05:55

风飞发表于 2021-2-1 20:59
老师，您好，我用的软件是QE，我所了解的似乎只能计算Bader电荷和Lowdin电荷。如果是这样，是不是就不能 ...

是。
其实你这个体系拿CP2K跑很容易，速度还快，何不一用。另外，现在Multiwfn还可以基于CP2K的波函数算CM5电荷，拿来做基于力场的能量分解应该也还可以

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-3 05:55

风飞发表于 2021-2-1 20:59
老师，您好，我用的软件是QE，我所了解的似乎只能计算Bader电荷和Lowdin电荷。如果是这样，是不是就不能 ...

作者
Author: 风飞 时间: 2021-2-6 12:00

sobereva 发表于 2021-2-3 05:55
是。
其实你这个体系拿CP2K跑很容易，速度还快，何不一用。另外，现在Multiwfn还可以基于CP2K的波函数算 ...

嗯，好的谢谢老师，主要是，我现在已经用QE算出数据了，所以想先用QE，我会在接下来的时间里学习CP2K

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-6 19:11

风飞发表于 2021-2-6 12:00
嗯，好的谢谢老师，主要是，我现在已经用QE算出数据了，所以想先用QE，我会在接下来的时间里学习CP2K

Multiwfn的CP2K输入文件产生器已经基本写好了，马上就发布
像你这个体系都有了Gaussian的周期性的gjf文件，在Multiwfn里敲几下键盘就直接能转化成CP2K的输入文件，直接用预编译版CP2K非常快就能跑出波函数文件，然后在Multiwfn里做RDG分析省事极了

作者
Author: 风飞 时间: 2021-5-17 13:31
本帖最后由风飞于 2021-5-17 17:03 编辑

sobereva 发表于 2021-2-6 19:11
Multiwfn的CP2K输入文件产生器已经基本写好了，马上就发布
像你这个体系都有了Gaussian的周期性的gjf文 ...

老师，您好，我正在按照您说的使用CP2K算个单点得到结构的波函数，然后进行IGMH分析和电荷分析，我的体系分别是MgO-H2O, Al2O3-H2O, CeO2-H2O ,ZrO2-H2O， MgAl2O4-w , 其中MgO-H2O 表示MgO的100面吸附水，其他类似。此外还有MgO-Ni-W 体系，表示MgO上先吸附一个镍，然后在吸附水，原子个数在（80-140之间不等），请问我在计算的时候，选用的方法PBE，基组选择pob-TZVP ，并且进行色散矫正DFT-D3，截断能设置为（CUTOFF 350 ； REL_CUTOFF 50），您看方法、基组以及截断能的是否合适？
关于方法的选择： PBE的方法文献中查阅MgO计算得到的
关于基组，有些文献用的DZVP-MOLOPT-SR-GTH，DZVP-GTH，但是我在您这个http://bbs.keinsci.com/thread-21623-1-1.html，看到您推荐使用pob-TZVP这个基组进行单点计算，所以采用了这个基组，
截断能用的是Multiwfn中默认的

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-17 16:57

风飞发表于 2021-5-17 13:31
老师，您好，我正在按照您说的使用CP2K算个单点得到结构的波函数，然后进行IGMH分析和电荷分析，我的体 ...

pob-TZVP对于Ce没有定义。看看基组文件就知道适合哪些元素
泛函和截断能没问题
没有叫Miltiwfn的程序

作者
Author: 风飞 时间: 2021-5-17 17:04

sobereva 发表于 2021-5-17 16:57
pob-TZVP对于Ce没有定义。看看基组文件就知道适合哪些元素
泛函和截断能没问题
没有叫Miltiwfn的程序

抱歉，已经更正了

作者
Author: 风飞 时间: 2021-5-18 07:53
本帖最后由风飞于 2021-5-18 11:13 编辑

sobereva 发表于 2021-5-17 16:57
pob-TZVP对于Ce没有定义。看看基组文件就知道适合哪些元素
泛函和截断能没问题
没有叫Miltiwfn的程序

老师，您好，这个基组pob-TZVP对Zr也没有定义，为了统一，对于不同体系，涉及元素种类有Ce,Al，Zr,Mg, Ni，O， C，H
通过看文献，关于Ce和Zr的基组使用的是DZVP-MOLOPT-SR-GTH 截断能设置为500Ry U值设置为7.0 ，

请问我是把基组统一成DZVP-MOLOPT-SR-GTH合适呢，还是只对Ce和Zr使用DZVP-MOLOPT-SR-GTH合适呢？

此外对Ce和Zr的但单点计算是否需要加U呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-19 02:53

风飞发表于 2021-5-18 07:53
老师，您好，这个基组pob-TZVP对Zr也没有定义，为了统一，对于不同体系，涉及元素种类有Ce,Al，Zr,Mg, Ni ...

本来就没必要统一

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