计算化学公社

标题: ORCA锥形交叉点优化 SCF导数报错 [打印本页]
作者
Author: wxhwbh    时间: 2021-2-1 14:58
标题: ORCA锥形交叉点优化 SCF导数报错
使用TDDFT优化CI点，一直到TDDFT激发能都能正常收敛，但在计算导数的时候报错：
  1. Reading the CIS file                     ... done
  2. Norm of the CI vector                    ... 1.000000000
  3. Making the CIS (pseudo)densities         ... done
  4. Making operators G(D) and Q(T)           ... [file orca_cis/cisdens.cpp, line 1005, Process 8]: Error: Cannot retrieve the V**-1 (/C basis) matrix in CIS_BuildFock_RI

  6. [file orca_cis/cisdens.cpp, line 1005, Process 9]: Error: Cannot retrieve the V**-1 (/C basis) matrix in CIS_BuildFock_RI

  8. [file orca_cis/cisdens.cpp, line 1005, Process 10]: Error: Cannot retrieve the V**-1 (/C basis) matrix in CIS_BuildFock_RI

  10. [file orca_cis/cisdens.cpp, line 1005, Process 11]: Error: Cannot retrieve the V**-1 (/C basis) matrix in CIS_BuildFock_RI

  12. [file orca_cis/cisdens.cpp, line 1005, Process 12]: Error: Cannot retrieve the V**-1 (/C basis) matrix in CIS_BuildFock_RI

  14. [file orca_cis/cisdens.cpp, line 1005, Process 13]: Error: Cannot retrieve the V**-1 (/C basis) matrix in CIS_BuildFock_RI

  16. [file orca_cis/cisdens.cpp, line 1005, Process 14]: Error: Cannot retrieve the V**-1 (/C basis) matrix in CIS_BuildFock_RI

  18. [file orca_cis/cisdens.cpp, line 1005, Process 15]: Error: Cannot retrieve the V**-1 (/C basis) matrix in CIS_BuildFock_RI

  20. [file orca_cis/cisdens.cpp, line 1005, Process 16]: Error: Cannot retrieve the V**-1 (/C basis) matrix in CIS_BuildFock_RI

  22. [file orca_cis/cisdens.cpp, line 1005, Process 17]: Error: Cannot retrieve the V**-1 (/C basis) matrix in CIS_BuildFock_RI

  24. [file orca_cis/cisdens.cpp, line 1005, Process 18]: Error: Cannot retrieve the V**-1 (/C basis) matrix in CIS_BuildFock_RI

  26. [file orca_cis/cisdens.cpp, line 1005, Process 19]: Error: Cannot retrieve the V**-1 (/C basis) matrix in CIS_BuildFock_RI

  28. [file orca_cis/cisdens.cpp, line 1005, Process 20]: Error: Cannot retrieve the V**-1 (/C basis) matrix in CIS_BuildFock_RI
  29. [file orca_cis/cisdens.cpp, line 1005, Process 21]: Error: Cannot retrieve the V**-1 (/C basis) matrix in CIS_BuildFock_RI

  31. [file orca_cis/cisdens.cpp, line 1005, Process 22]: Error: Cannot retrieve the V**-1 (/C basis) matrix in CIS_BuildFock_RI

  33. [file orca_cis/cisdens.cpp, line 1005, Process 23]: Error: Cannot retrieve the V**-1 (/C basis) matrix in CIS_BuildFock_RI

  35. [file orca_cis/cisdens.cpp, line 1005, Process 24]: Error: Cannot retrieve the V**-1 (/C basis) matrix in CIS_BuildFock_RI
  36. [file orca_cis/cisdens.cpp, line 1005, Process 25]: Error: Cannot retrieve the V**-1 (/C basis) matrix in CIS_BuildFock_RI

  38. [file orca_cis/cisdens.cpp, line 1005, Process 26]: Error: Cannot retrieve the V**-1 (/C basis) matrix in CIS_BuildFock_RI

  40. [file orca_cis/cisdens.cpp, line 1005, Process 27]: Error: Cannot retrieve the V**-1 (/C basis) matrix in CIS_BuildFock_RI

  42. [file orca_cis/cisdens.cpp, line 1005, Process 0]: Error: Cannot retrieve the V**-1 (/C basis) matrix in CIS_BuildFock_RI

  44. [file orca_cis/cisdens.cpp, line 1005, Process 1]: Error: Cannot retrieve the V**-1 (/C basis) matrix in CIS_BuildFock_RI

  46. [file orca_cis/cisdens.cpp, line 1005, Process 2]: Error: Cannot retrieve the V**-1 (/C basis) matrix in CIS_BuildFock_RI

  48. [file orca_cis/cisdens.cpp, line 1005, Process 3]: Error: Cannot retrieve the V**-1 (/C basis) matrix in CIS_BuildFock_RI

  50. [file orca_cis/cisdens.cpp, line 1005, Process 4]: Error: Cannot retrieve the V**-1 (/C basis) matrix in CIS_BuildFock_RI

  52. [file orca_cis/cisdens.cpp, line 1005, Process 5]: Error: Cannot retrieve the V**-1 (/C basis) matrix in CIS_BuildFock_RI

  54. [file orca_cis/cisdens.cpp, line 1005, Process 6]: Error: Cannot retrieve the V**-1 (/C basis) matrix in CIS_BuildFock_RI

  56. [file orca_cis/cisdens.cpp, line 1005, Process 7]: Error: Cannot retrieve the V**-1 (/C basis) matrix in CIS_BuildFock_RI


  59. -------------------------------------------------------
  60. Primary job  terminated normally, but 1 process returned
  61. a non-zero exit code.. Per user-direction, the job has been aborted.
  62. -------------------------------------------------------
  63. --------------------------------------------------------------------------
  64. mpirun detected that one or more processes exited with non-zero status, thus causing
  65. the job to be terminated. The first process to do so was:

  67.   Process name: [[57488,1],1]
  68.   Exit code:    2
  69. --------------------------------------------------------------------------

  71. ORCA finished by error termination in SCF gradient
复制代码

不开RI也一样报错：
  1. -------------------
  2. TD-DFT/TDA GRADIENT
  3. -------------------

  5. Reference wavefunction             ... RHF
  6. State of interest                  ... 1
  7. Basis dimension                    ... 256
  8. DFT-XC contribution needed         ... YES
  9. RI-approximation                   ... OFF
  10. CIS-vectors being read from        ... cis_ciopt1.cis

  12. => Number of Vectors found: 2
  13. => Orbital Window: 14...47 -> 48...255

  15. Reading the CIS file                     ... done
  16. Norm of the CI vector                    ... 1.000000000
  17. Making the CIS (pseudo)densities         ... done
  18. Making operators G(D) and Q(T)           ... -------------------------------------------------------
  19. Primary job  terminated normally, but 1 process returned
  20. a non-zero exit code.. Per user-direction, the job has been aborted.
  21. -------------------------------------------------------
  22. --------------------------------------------------------------------------
  23. mpirun detected that one or more processes exited with non-zero status, thus causing
  24. the job to be terminated. The first process to do so was:

  26.   Process name: [[59786,1],26]
  27.   Exit code:    64
  28. --------------------------------------------------------------------------

  30. ORCA finished by error termination in SCF gradient
复制代码


输入文件参数如下：
  1. !PBE0 def2-SVP def2/J RIJCOSX
  2. !CI-Opt
  3. %maxcore 4000
  4. %pal nprocs  28 end
  5. %conical
  6. tddft_NRoots 2
  7. tddft_IRoot 1
  8. end
复制代码
想问问这个要怎么解决呢
作者
Author: wzkchem5    时间: 2021-2-1 15:39
是不是内存不够或硬盘空间不够
作者
Author: wxhwbh    时间: 2021-2-1 16:01
wzkchem5 发表于 2021-2-1 15:39
是不是内存不够或硬盘空间不够

貌似不是，内存用16个G也是一样。而且内存不足应该有其他报错吧，ORCA的TDDFT也不是什么吃内存和硬盘的任务
作者
Author: biogon    时间: 2021-2-1 19:24
TDDFT优化CI听说有bug
作者
Author: wxhwbh    时间: 2021-2-1 19:26
biogon 发表于 2021-2-1 19:24
TDDFT优化CI听说有bug

这样吗？那其他方法还有支持的吗，手册里我好像就看到TDDFT和CASSCF
作者
Author: sobereva    时间: 2021-2-1 20:13
你先用你当前的关键词跑一下ORCA手册里乙烯的CI的那个例子看是否能成功

TDDFT优化CI我倒没听说过有bug，不过ORCA目前版本的普通TDDFT优化一些体系的CI的可靠性比较有限，可能以后会支持SF-TDDFT优化CI会好很多
作者
Author: wxhwbh    时间: 2021-2-1 21:25
sobereva 发表于 2021-2-1 20:13
你先用你当前的关键词跑一下ORCA手册里乙烯的CI的那个例子看是否能成功

TDDFT优化CI我倒没听说过有bug， ...

确实，现在无论是我的关键词，还是ORCA手册里对应的关键词，计算手册里乙烯的例子同样会报错，都是计算梯度的时候报错。是我安装的问题吗？
作者
Author: biogon    时间: 2021-2-1 22:04
wxhwbh 发表于 2021-2-1 21:25
确实，现在无论是我的关键词，还是ORCA手册里对应的关键词，计算手册里乙烯的例子同样会报错，都是计算梯 ...

那先串行看看能否正常运行
作者
Author: wxhwbh    时间: 2021-2-1 23:55
biogon 发表于 2021-2-1 22:04
那先串行看看能否正常运行

试过了，串行也一样
作者
Author: sobereva    时间: 2021-2-3 05:16
wxhwbh 发表于 2021-2-1 21:25
确实，现在无论是我的关键词，还是ORCA手册里对应的关键词，计算手册里乙烯的例子同样会报错，都是计算梯 ...

我用windows ORCA 4.2.1跑过手册里的乙烯的例子，能正常完成
作者
Author: biogon    时间: 2021-2-3 23:30
wxhwbh 发表于 2021-2-1 23:55
试过了，串行也一样

重装一个orca吧，我这试了串行并行都能正常运行的
作者
Author: wxhwbh    时间: 2021-2-4 20:09
biogon 发表于 2021-2-3 23:30
重装一个orca吧，我这试了串行并行都能正常运行的

我也不明白了。我现在无论串行还是并行都无法运行这个任务。串行时也是在计算导数时报错:
  1. Reading the CIS file                     ... done
  2. Norm of the CI vector                    ... 1.000000000
  3. Making the CIS (pseudo)densities         ... done
  4. Making operators G(D) and Q(T)           ...
  5. !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
  6. !!!                        FATAL ERROR ENCOUNTERED               !!!
  7. !!!                        -----------------------               !!!
  8. !!!                          I/O OPERATION FAILED                !!!
  9. !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

  11. ORCA finished by error termination in SCF gradient
  12. Calling Command: orca_scfgrad test.scfgrad.inp
  13. [file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  14.   .... aborting the run

  16. [file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  17.   .... aborting the run
复制代码


重装了几个版本，都是一样的问题。但是运行其他的任务就能正常结束。而且我发现我以前在虚拟机安装的ORCA 4.2.0是能正常运行CI优化的这个任务的，在集群上就是死活运行不了。
作者
Author: wxhwbh    时间: 2021-2-4 20:09
sobereva 发表于 2021-2-3 05:16
我用windows ORCA 4.2.1跑过手册里的乙烯的例子，能正常完成

我也不明白了。我现在无论串行还是并行都无法运行这个任务。串行时也是在计算导数时报错:
Reading the CIS file                     ... done
Norm of the CI vector                    ... 1.000000000
Making the CIS (pseudo)densities         ... done
Making operators G(D) and Q(T)           ...
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
!!!                        FATAL ERROR ENCOUNTERED               !!!
!!!                        -----------------------               !!!
!!!                          I/O OPERATION FAILED                !!!
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

ORCA finished by error termination in SCF gradient
Calling Command: orca_scfgrad test.scfgrad.inp
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run

[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run


重装了几个版本，都是一样的问题。但是运行其他的任务就能正常结束。而且我发现我以前在虚拟机安装的ORCA 4.2.0是能正常运行CI优化的这个任务的，在集群上就是死活运行不了。
作者
Author: pwzhou    时间: 2021-2-5 10:44
wxhwbh 发表于 2021-2-4 20:09
我也不明白了。我现在无论串行还是并行都无法运行这个任务。串行时也是在计算导数时报错:
Reading the C ...

看看是不是硬盘快满了
作者
Author: wxhwbh    时间: 2021-2-5 11:20
pwzhou 发表于 2021-2-5 10:44
看看是不是硬盘快满了

不是。我重新试了一下，如果把输入文件放在orca的安装目录里直接运行，是可以正常运行的。但是配置PATH后在其他目录运行就是不行。而且不是一开始不能运行，都是在计算导数这一步出的问题。这都是串行运行的情况，PATH也正常配置了（否则一开始就不能运行）。
作者
Author: pwzhou    时间: 2021-2-5 11:26
wxhwbh 发表于 2021-2-5 11:20
不是。我重新试了一下，如果把输入文件放在orca的安装目录里直接运行，是可以正常运行的。但是配置PATH后 ...

如果orca是动态链接版本的，那么也要把orca的安装目录也添加到 LD_LIBRARY_PATH这个环境变量里面
作者
Author: wxhwbh    时间: 2021-2-5 13:59
本帖最后由 wxhwbh 于 2021-2-5 14:43 编辑

现在应该是能跑起来了。可能是原来跑失败的任务的临时文件存留没有覆盖，导致orca读取时出了问题。把临时文件删掉重跑应该是能跑了。




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