计算化学公社

标题: 求助：四聚体优化。只优化分子间的相互距离，不优化单个分子。 [打印本页]

作者
Author: bobo 时间: 2021-2-1 23:46
标题: 求助：四聚体优化。只优化分子间的相互距离，不优化单个分子。
各位老师好：
用G16优化一个四聚体。想保持单个分子的构型，仅仅优化每个分子间的相互位置。请问这种限制性优化如何操作？
提前感谢各位解答

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2021-2-2 16:32
把分子内的所有坐标都冻结住。
示例：
# opt=ModRedundant b3lyp/3-21G

Title Card Required

0 1
O                -1.29697921 -0.12122832 0.00000000
H                -0.33784377 -0.05434728 0.00000000
H                -1.67902905 0.75992273 0.00000000
O                1.18188705 -0.06834508 0.00000000
H                2.13948975 -0.00100574 0.00000000
H                0.79812032 0.81201746 0.00000000

B 1 2 F
B 1 3 F
A 2 1 3 F
B 4 5 F
B 4 6 F
A 5 4 6 F

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-2-2 17:20
自己根据具体结构建立相应的内坐标，然后冻结一些，做限制性优化

作者
Author: bobo 时间: 2021-2-2 17:35

北大-陶豫发表于 2021-2-2 16:32
把分子内的所有坐标都冻结住。
示例：
# opt=ModRedundant b3lyp/3-21G

感谢答复，以前没有接触过 ModRedundant关键词，我来研究一下具体如何操作

作者
Author: bobo 时间: 2021-2-2 17:37

喵星大佬发表于 2021-2-2 17:20
自己根据具体结构建立相应的内坐标，然后冻结一些，做限制性优化

感谢答复，我其实是想冻结所有的原子，只优化分子的相对位置，不优化分子内原子位置。当我冻结所有原子时它会报错

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-2-2 18:20

bobo 发表于 2021-2-2 17:37
感谢答复，我其实是想冻结所有的原子，只优化分子的相对位置，不优化分子内原子位置。当我冻结所有原子时 ...

冻结所有原子还怎么优化。。。。。

自己定义冗余内坐标然后优化

作者
Author: bobo 时间: 2021-2-2 18:29

喵星大佬发表于 2021-2-2 18:20
冻结所有原子还怎么优化。。。。。

自己定义冗余内坐标然后优化

好的，非常感谢。我从来没有尝试过这个，请问定义冗余内坐标麻烦吗

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2021-2-2 20:19

bobo 发表于 2021-2-2 18:29
好的，非常感谢。我从来没有尝试过这个，请问定义冗余内坐标麻烦吗

如果分子比较大的话，你或许可以先写个单个分子的输入文件给高斯提交运行，然后高斯会自动给你构建内坐标。然后你可以写个脚本，稍微改改它的格式，把这些内坐标全部冻住。

作者
Author: bobo 时间: 2021-2-2 21:17

北大-陶豫发表于 2021-2-2 20:19
如果分子比较大的话，你或许可以先写个单个分子的输入文件给高斯提交运行，然后高斯会自动给你构建内坐标 ...

好滴，非常感谢，我来尝试一下

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-3 04:54
ORCA支持在优化过程中令片段保持刚性，手册里搜ConstrainFragments

作者
Author: bobo 时间: 2021-2-3 07:55

北大-陶豫发表于 2021-2-2 20:19
如果分子比较大的话，你或许可以先写个单个分子的输入文件给高斯提交运行，然后高斯会自动给你构建内坐标 ...

你好，我尝试了一下二聚体的，因为分子体系比较庞大，每个分子有86 个原子，所以分别冻结了两个原子
末尾行添加如下关键词：
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 F
87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 F
运算之后时报错的：
The following ModRedundant input section has been read:
Unable to guess type of coordinate with centers    1    2    3    4.
Unable to guess type of coordinate with centers    5
Error termination via Lnk1e in /ccc/SOFT/g16/l101.exe at Wed Feb  3 00:50:27 2021.
请问你知道这是由于什么原因吗？

作者
Author: bobo 时间: 2021-2-3 08:03

sobereva 发表于 2021-2-3 04:54
ORCA支持在优化过程中令片段保持刚性，手册里搜ConstrainFragments

好的，非常感谢。请问只能用ORCA吗，对这个不了解，我们组主要还是用Gaussian比较多。如果用在Gaussian中用opt=ModRedundant，然后对每个单体完全冻结，这样可以优化吗。我尝试了一次二聚体，结果是报错的，不知道是不是我哪里操作有问题还是这个方法本身不可行
The following ModRedundant input section has been read:
Unable to guess type of coordinate with centers    1    2    3    4.
Unable to guess type of coordinate with centers    5
Error termination via Lnk1e in /ccc/SOFT/g16/l101.exe at Wed Feb  3 00:50:27 2021.

作者
Author: snljty 时间: 2021-2-3 08:49
细节看卢老师博文
《在Gaussian中做限制性优化的方法》
http://bbs.keinsci.com/thread-9022-1-1.html
和Gaussian手册
http://gaussian.com/opt/
options选项卡应该第一个就是ModRedundant

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2021-2-3 09:55

bobo 发表于 2021-2-3 08:03
好的，非常感谢。请问只能用ORCA吗，对这个不了解，我们组主要还是用Gaussian比较多。如果用在Gaussian ...

贴一下输入文件

作者
Author: bobo 时间: 2021-2-3 16:04

北大-陶豫发表于 2021-2-3 09:55
贴一下输入文件

你好，链接：https://pan.baidu.com/s/1-UySdsYTkzKkQvLnGhPoAQ
提取码：ozld
复制这段内容后打开百度网盘手机App，操作更方便哦
这个是我的输入文件，我先用二聚体试了一下。麻烦帮忙看看哪里有问题。非常感谢

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2021-2-3 17:50

bobo 发表于 2021-2-3 16:04
你好，链接：https://pan.baidu.com/s/1-UySdsYTkzKkQvLnGhPoAQ
提取码：ozld
复制这段内容后打开百 ...

？？看二楼我给的格式范例，你完全没有按照我给的写……
不是定义了碎片就行的，你要冻结这个碎片里的所有自由度，如何获得冻结的自由度的列表我上面也讲了

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2021-2-3 18:00

bobo 发表于 2021-2-3 16:04
你好，链接：https://pan.baidu.com/s/1-UySdsYTkzKkQvLnGhPoAQ
提取码：ozld
复制这段内容后打开百 ...

首先，让高斯自动生成一个单体的自由度。
输入文件如下（直接从你给的输入文件里取出一个单体了）：

%chk=Monomer_1.chk
# opt pm6

Monomer 1

0 1
N             -13.12265900 2.32453500 4.83503600
N             -11.42495800 -3.34386700 -4.92760000
C             -11.47230800 -1.91905300 -4.97797700
C             -11.25892800 -4.12583700 -6.22176200
C             -12.43836000 -3.83996100 -7.16885000
C             -13.16968100 3.06622700 3.61661400
C             -13.29029800 3.06172700 6.15276400
C             -14.69821700 3.67793500 6.24625700
C             -15.79227200 2.62263900 6.35931000
H             -15.62625700 1.95354200 7.21240400
H             -16.77584200 3.08761700 6.49123600
H             -15.84512000 1.99627100 5.46139900
H             -14.72917200 4.34802800 7.12956900
H             -14.88719700 4.33721500 5.37226100
H             -13.16959300 2.29290500 6.96779400
C             -12.17584200 4.11735100 6.28264500
H             -11.20221900 3.69397300 5.92638200
H             -12.37564100 4.97287300 5.60315100
C             -12.02375200 4.60022600 7.72007900
H             -11.78401600 3.77815000 8.40464300
H             -12.93770400 5.08137500 8.08809000
H             -11.21456800 5.33676200 7.79777500
C             -13.76194300 -4.37557200 -6.63524700
H             -14.56981300 -4.22139600 -7.35969200
H             -14.05756900 -3.87586300 -5.70573500
H             -13.71018000 -5.45068100 -6.42383300
H             -12.51528500 -2.75067100 -7.37066400
H             -12.21598000 -4.30271000 -8.15242200
H             -11.26595300 -5.21722400 -5.94013800
C                -9.89572900 -3.77752000 -6.84856800
H                -9.90085200 -2.73012200 -7.21544000
H                -9.10506600 -3.82891600 -6.06584900
C                -9.53014600 -4.72965600 -7.98186200
H                -8.50528500 -4.52355400 -8.33608900
H             -10.20416000 -4.62954900 -8.83919900
H                -9.55148900 -5.77674900 -7.65702100
O             -13.41716300 4.25681200 3.62099800
C             -12.89722600 2.31494100 2.35493600
C             -12.75376900 0.89444900 2.37839900
C             -12.80476900 0.17576000 3.61157900
C             -12.94985600 0.91107000 4.89977900
O             -12.91230300 0.35165500 5.98091500
C             -12.78748300 3.00685800 1.17172900
H             -12.89819700 4.10269100 1.17462400
C             -12.52861000 2.32896100 -0.06109300
C             -12.35402000 3.06623100 -1.30488100
C             -12.37377900 4.48630100 -1.32931100
H             -12.51305500 5.04267900 -0.38900900
C             -12.20272300 5.18101400 -2.50966500
H             -12.21203400 6.27160300 -2.51621600
C             -12.00475900 4.47904100 -3.72021600
H             -11.87919000 5.03640000 -4.64817800
C             -11.96962700 3.09899100 -3.71952100
H             -11.80763700 2.55822400 -4.65585500
C             -12.13563000 2.36366700 -2.51453200
C             -12.06296200 0.90952000 -2.50507500
C             -11.82877900 0.17381100 -3.70918800
H             -11.71313000 0.71777400 -4.65861400
C             -11.73616100 -1.19861100 -3.69869200
O             -11.28993000 -1.32911600 -6.02663600
C             -11.87686100 -1.92369500 -2.47675400
C             -11.78108600 -3.34843900 -2.45886100
C             -11.56892900 -4.10040200 -3.72700700
O             -11.50391000 -5.31609900 -3.76373400
C             -11.88671100 -4.04031500 -1.27457800
H             -11.81011100 -5.13797900 -1.27789300
C             -12.09250200 -3.35719900 -0.03512900
C             -12.17261800 -4.08822500 1.22166700
C             -12.02942300 -5.50176000 1.26061800
H             -11.84964000 -6.04760000 0.32990300
C             -12.10916100 -6.19083900 2.45419100
H             -11.99817500 -7.27528400 2.47493000
C             -12.33585300 -5.49094700 3.66094000
H             -12.40445100 -6.04541500 4.59657700
C             -12.46975300 -4.11697300 3.64778000
H             -12.63986700 -3.57740700 4.58301700
C             -12.38710900 -3.38582900 2.43166900
C             -12.50983100 -1.93484000 2.41501500
C             -12.69219900 -1.19480000 3.62590900
H             -12.73153000 -1.73248400 4.58452900
C             -12.42727400 -1.23890000 1.19918200
C             -12.54463700 0.19402500 1.17178400
C             -12.43233400 0.92858400 -0.05903200
C             -12.20045800 0.20971100 -1.29645700
C             -12.10164400 -1.22452800 -1.27200500
C             -12.21047900 -1.95853200 -0.04062000

然后提交。优化了一步之后就可以杀掉了。在输出文件中可以看到如下内容：

GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Initialization pass.
                        ----------------------------
                        ! Initial Parameters !
                        ! (Angstroms and Degrees)  !
--------------------------                         --------------------------
! Name  Definition             Value       Derivative Info.             !
--------------------------------------------------------------------------------
! R1 R(1,6)                1.4272       estimate D2E/DX2             !
! R2 R(1,7)                1.5192       estimate D2E/DX2             !
! R3 R(1,41)                1.4255       estimate D2E/DX2             !

......
! D268  D(82,83,84,85)       0.6703       estimate D2E/DX2             !
! D269  D(56,84,85,61)       -0.5604       estimate D2E/DX2             !
! D270  D(56,84,85,86)       178.6331       estimate D2E/DX2             !
! D271  D(83,84,85,61)       179.9578       estimate D2E/DX2             !
! D272  D(83,84,85,86)       -0.8488       estimate D2E/DX2             !
! D273  D(61,85,86,67)       0.0929       estimate D2E/DX2             !
! D274  D(61,85,86,81)       179.3492       estimate D2E/DX2             !
! D275  D(84,85,86,67)    -179.1008       estimate D2E/DX2             !
! D276  D(84,85,86,81)       0.1555       estimate D2E/DX2             !
--------------------------------------------------------------------------------

这些就是你要的自由度！之后把它们冻结即可。例如：
上面写的R(1,6)，你输入文件里冻结是这么写：B 1 6 F
上面写的D(84,85,86,81)，你输入文件里冻结是这么写：D 84 85 86 81 F
你可以写个脚本，或者用文本编辑器的替换功能，或者什么别的方法，批量替换一下。

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2021-2-3 18:03

北大-陶豫发表于 2021-2-3 18:00
首先，让高斯自动生成一个单体的自由度。
输入文件如下（直接从你给的输入文件里取出一个单体了）：

然后你把这个片段复制几次（要保持原子相对编号不变），同时把前面得到的自由度也复制给新的片段。比如你一个片段里有N个原子，冻结了坐标 B i j F，那么你还要对你新复制出来的片段 B i+N j+N F，写个脚本做这件事就行了。

作者
Author: bobo 时间: 2021-2-3 21:58

北大-陶豫发表于 2021-2-3 18:03
然后你把这个片段复制几次（要保持原子相对编号不变），同时把前面得到的自由度也复制给新的片段。比如你 ...

非常感谢。刚接触理论计算，对这些了解不够。你的描述非常详细。再次感谢

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2021-2-3 22:03

bobo 发表于 2021-2-3 21:58
非常感谢。刚接触理论计算，对这些了解不够。你的描述非常详细。再次感谢

不客气很高兴能帮到你

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)