计算化学公社

标题: XTB能否模拟化学反应？ [打印本页]

作者
Author: CYQ@ 时间: 2021-2-2 21:35
标题: XTB能否模拟化学反应？
各位老师好！我想请教一下：我能否用xtb来模拟Au-S键的形成？如果我想通过Au-S键将一个烷烃嫁接到金底板上，S端如果带H的话，xtb跑omd的时候，能不能模拟Au-S键形成和H脱离的化学过程？xtb能否模拟化学键的形成和断裂？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2021-2-3 00:00
tight-binding的框架可以模拟成键和断键过程，但具体有多可靠那就得看测试的情况了。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-3 04:52
模拟是可以模拟，但为了证明可靠性，特别是对于牵扯过渡金属的情况，最好对简单的类似体系对比GFN-xTB和DFT优化的结果、势能面扫描的结果，以增加动力学跑出来的结果的可靠性的说服力

作者
Author: CYQ@ 时间: 2021-2-3 10:25

卡开发发发表于 2021-2-3 00:00
tight-binding的框架可以模拟成键和断键过程，但具体有多可靠那就得看测试的情况了。

谢谢解惑，我试一试

作者
Author: CYQ@ 时间: 2021-2-3 10:26

sobereva 发表于 2021-2-3 04:52
模拟是可以模拟，但为了证明可靠性，特别是对于牵扯过渡金属的情况，最好对简单的类似体系对比GFN-xTB和DFT ...

谢谢sob老师

作者
Author: CYQ@ 时间: 2021-2-3 12:17

卡开发发发表于 2021-2-3 00:00
tight-binding的框架可以模拟成键和断键过程，但具体有多可靠那就得看测试的情况了。

您好，我想请教下，tight-binding的框架是指opt的优化级别tight吗？md能设置tight-binding框架吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-2-3 12:49

CYQ@ 发表于 2021-2-3 12:17
您好，我想请教下，tight-binding的框架是指opt的优化级别tight吗？md能设置tight-binding框架吗？

不是，tight-binding是半经验方法的一种，xTB、DFTB等属于tight-binding方法，其他的一些半经验方法比如AM1、PM3、PM6不属于tight-binding方法。tight-binding（紧束缚近似）是一个从凝聚态物理里面来的概念，指的是假设电子都紧紧束缚在原子周围，总电子密度可以近似表示成各个中性原子的密度和，加上一个小的校正，然后对这个校正做微扰处理。和收敛限的tight毫无关系。

作者
Author: CYQ@ 时间: 2021-2-3 16:05

wzkchem5 发表于 2021-2-3 12:49
不是，tight-binding是半经验方法的一种，xTB、DFTB等属于tight-binding方法，其他的一些半经验方法比如A ...

好的，谢谢解惑

作者
Author: lonemen 时间: 2021-2-4 21:54

sobereva 发表于 2021-2-3 04:52
模拟是可以模拟，但为了证明可靠性，特别是对于牵扯过渡金属的情况，最好对简单的类似体系对比GFN-xTB和DFT ...

请问社长，动力学是指的是什么样的动力学呢？是量化动力学或者牛顿动力学吗（我知道我用得术语对不对）？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-6 03:45

lonemen 发表于 2021-2-4 21:54
请问社长，动力学是指的是什么样的动力学呢？是量化动力学或者牛顿动力学吗（我知道我用得术语对不对）？

LZ说要用xtb跑MD，xtb可以基于GFN-FF力场、GFN-xTB半经验DFT理论做牛顿形式的动力学（AIMD范畴里叫BOMD）

作者
Author: lonemen 时间: 2021-2-6 20:01

sobereva 发表于 2021-2-6 03:45
LZ说要用xtb跑MD，xtb可以基于GFN-FF力场、GFN-xTB半经验DFT理论做牛顿形式的动力学（AIMD范畴里叫BOMD）

好的，谢谢社长专业的解惑！

作者
Author: hdhxx123 时间: 2021-3-7 09:07
实践后发现，至少对于镧系水合离子而言，xtb跑omd后找到的能量最低结构5kcal/mol能量差范围内的结构中（配位结构也不同，成键情况也有出入），用DFT优化后，其顺序基本都是不合理的，即最低能量结构并非xtb寻找到的最低能量，DFT计算很有必要

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