计算化学公社

标题: 关于螺手性分子手性翻转过渡态的寻找问题 [打印本页]

作者
Author: Jacob 时间: 2021-2-3 21:47
标题: 关于螺手性分子手性翻转过渡态的寻找问题

想得到螺烯类手性分子的消旋壁垒，类似图1。我想算的分子是图2，这样已知手性的P型和M型，要计算他的中间过渡态，搜索文献，找到了最早的一篇介绍螺烯消旋能垒计算的文献（J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 25, 6031–6035）。图3文献所说的是这类分子的过渡态应该都是Cs对称的，我按照他所说的手动搭了一个平面（Cs）对称的构象做TS寻找过渡态图4，但是最后回到了我目标分子的构象，失败了。我觉得这样盲目的猜对于寻找过渡态成功率不高，还是想做柔性扫描，在做TS和IRC，但我不知道如何下手。（QST2已经试过不成功）具体问题如下：

应该固定什么键长或键角来做柔性扫描找到合适过渡态，图5有原子标号？
是否还有更好的方法来算消旋壁垒？

(, 下载次数 Times of downloads: 29)
图1
(, 下载次数 Times of downloads: 28)
图2
(, 下载次数 Times of downloads: 47)
图3
(, 下载次数 Times of downloads: 25)
图4
(, 下载次数 Times of downloads: 43)
图5

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-3 22:51
看清楚板块再发贴！学术问题求助帖不得发到与此毫无关系的“公社大厅”板块，这次给你移动了，下次直接删帖+扣分+记违规处理

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-2-3 23:08
如果完全确定过渡态是Cs对称性，只要初猜严格满足Cs对称性（用gaussview做过symmetrize），并且算了第一步的Hessian，就不会有什么问题。

作者
Author: Jacob 时间: 2021-2-3 23:43

sobereva 发表于 2021-2-3 22:51
看清楚板块再发贴！学术问题求助帖不得发到与此毫无关系的“公社大厅”板块，这次给你移动了，下次直接删帖 ...

实在抱歉sob老师，第一次发帖，注意了发帖格式却忽略了发帖板块。真的抱歉！

作者
Author: Freeman 时间: 2021-2-4 09:59
或许可以用ORCA的NEB试试？如果要用的话，一定记得把SCF、CI和TS的收敛限射严格，大致比默认收敛限小一个数量级，并且起点终点两个分子的原子编号要一致。
柔性扫描的话，感觉这个分子找不到一个适合扫描的变量。
另外，如果一定要用高斯找过渡态，最好先考虑没有那三个甲基的情况。这样一方面分子变小了，算得快；另一方面能防止优化成甲基旋转的过渡态了。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)