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标题: 使用文献中有机物分子参数求助 [打印本页]

作者
Author: sun666 时间: 2021-2-6 15:14
标题: 使用文献中有机物分子参数求助
社长好，我想用一篇文献中的有机物分子的参数，有一些问题请教
1.他的力场形式如下图一。这个形式是CHARMM力场吗，文章说的是用charmm的原子类型。
2.我想在体系中利用Merz的离子参数加入离子，按照文章中这个势能的非键作用项用对Merz参数算出的epsilon与sigma进行变化吗（文献中的静电作用项比平时所见的静电项的分母中少了4πε系数，所以不确定范德华参数改如何设置）
3.CHARMM力场中含有Urey-Bradley项，但是用www.swissparam.ch自动生成的itp中没有Urey-Bradley项，如何加上呢。因为文献中的有Kub S0参数，网站自动生成的itp的[angles]项中
[angles];
ai aj ak fu th0 kth ub0 kub th0 kth ub0 kub 重复两次th0 kth但是没有ub0 kub

4.由于文章使用的是NAMD，因此我要把他的力场转化一下，他在拓扑结构部分只给出了ATOM和BOND但是没有给angles和dihedrals，在力场参数部分又给了这两部分的参数，自己写itp的时候需要这两部分吗
我没有找到所给参数中没有给14作用的[paris]，是说明他没有设置吗。
另外他给的NONBONDED参数中不太理解他的意思：
om ignored eq Rmin/2 ignored eps,1-4 Rmin/2,1-4分别是什么意思（如图二）

原文件见附件。问题较多，辛苦社长

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-6 22:29
1 是
2 如果式子里没4π，那应该是等效体现在epsilon里了
3 手动加上
4 我对NAMD、CHARMM派系的东西不熟。NAMD网站上应该有力场参数文件格式的解释

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