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标题: g_sdf输出.dat文件如何读取？ [打印本页]

作者
Author: ShTa 时间: 2021-2-6 18:08
标题: g_sdf输出.dat文件如何读取？
大家好，
我最近用Gromacs 4的版本的个g_sdf计算空间分布函数，但是他只能输出 .dat格式文件，根据说明推荐使用gOpenMol软件打开。

[size=14.6667px]The output will be a binary 3D-grid file (gom_plt.dat) in the .plt format that can be read directly by gOpenMol.

请问大家有没有用过该版本Gromacs或者了解VMD是否可以打开该文件，或者有什么其他的软件可以打开该文件呢？

谢谢各位！

作者
Author: ShTa 时间: 2021-2-6 19:18
可以通过更改dat格式为plt格式文件读取谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-6 20:39
直接就能输出cub文件，用VMD看等值面就完了。VMD也自带了volmap可以产生空间分布函数，还支持高斯函数平滑化，比g_spatial效果更好。

作者
Author: ShTa 时间: 2021-2-6 22:33

sobereva 发表于 2021-2-6 20:39
直接就能输出cub文件，用VMD看等值面就完了。VMD也自带了volmap可以产生空间分布函数，还支持高斯函数平滑 ...

Gromacs 4也可以输出cub文件吗？老师
VMD自带的volmap听上去很有意思，我试试

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-7 01:18

ShTa 发表于 2021-2-6 22:33
Gromacs 4也可以输出cub文件吗？老师
VMD自带的volmap听上去很有意思，我试试

就连3.x那个年代的版本都可以
VMD显示轨迹中粒子的空间密度分布的两种方法
http://sobereva.com/14

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